ISO/TS 5354-2:2024
(Main)Molecular biomarkers — Detection of DNA in cotton used for textile production — Part 2: Overview of target sequences for use in polymerase chain reaction (PCR)-based detection methods for cotton genetically modified (GM) events
Molecular biomarkers — Detection of DNA in cotton used for textile production — Part 2: Overview of target sequences for use in polymerase chain reaction (PCR)-based detection methods for cotton genetically modified (GM) events
This document provides a list of target sequences that can be used to screen for the presence of genetically modified (GM) material in cotton and cotton products. This document is applicable to cottonseed, cotton leaf, cotton fibre and cotton fibre-derived materials from which sufficiently high-quality PCR amplifiable DNA can be extracted. Methods describing the extraction of DNA from different cotton samples can be found in ISO 5354-1[1]. NOTE 1 The list of target sequences provides guidance for the screening of all currently known GM cotton events and GM cotton events that contain the same DNA sequences. Further guidance on screening of foodstuffs is provided in CEN/TS 16707[2]. NOTE 2 Sampling is outside of the scope of this document. Information on sampling cotton products can be found in ISO 1130:1975[3] and in ASTM D1441-12[4].
Biomarqueurs moléculaires — Détection d’ADN dans le coton utilisé pour la production textile — Partie 2: Présentation des séquences cibles à utiliser dans les méthodes de détection reposant sur une réaction de polymérisation en chaîne (PCR) des événements de coton génétiquement modifié (GM)
Le présent document fournit une liste de séquences cibles qui peuvent être utilisées dans le cadre d’un criblage visant à déceler la présence de matériau génétiquement modifié (GM) dans du coton et des produits de coton. Le présent document est applicable aux graines de coton, aux feuilles de coton, aux fibres de coton et aux matériaux dérivés de fibres de coton à partir desquels une quantité suffisante d’ADN amplifiable par PCR de haute qualité peut être extraite. Les méthodes d’extraction d’ADN à partir de différents échantillons de coton peuvent être trouvées dans l’ISO 5354-1[1]. NOTE 1 La liste des séquences cibles fournit des recommandations pour le criblage de tous les événements du coton GM actuellement connus et des événements de coton GM qui contiennent les mêmes séquences d’ADN. Des recommandations supplémentaires concernant le criblage des produits alimentaires sont données dans la CEN/TS 16707[2]. NOTE 2 L’échantillonnage ne relève pas du domaine d’application du présent document. Les informations sur l’échantillonnage des produits de coton peuvent être obtenues dans l’ISO 1130:1975[3] et dans l’ASTM D1441-12[4].
General Information
Relations
Standards Content (Sample)
Technical
Specification
ISO/TS 5354-2
First edition
Molecular biomarkers — Detection
of DNA in cotton used for textile
2024-04
production —
Part 2:
Overview of target sequences for use
in polymerase chain reaction (PCR)-
based detection methods for cotton
genetically modified (GM) events
Biomarqueurs moléculaires — Détection d’ADN dans le coton
utilisé pour la production textile —
Partie 2: Présentation des séquences cibles à utiliser dans
les méthodes de détection reposant sur une réaction de
polymérisation en chaîne (PCR) des événements de coton
génétiquement modifié (GM)
Reference number
© ISO 2024
All rights reserved. Unless otherwise specified, or required in the context of its implementation, no part of this publication may
be reproduced or utilized otherwise in any form or by any means, electronic or mechanical, including photocopying, or posting on
the internet or an intranet, without prior written permission. Permission can be requested from either ISO at the address below
or ISO’s member body in the country of the requester.
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CP 401 • Ch. de Blandonnet 8
CH-1214 Vernier, Geneva
Phone: +41 22 749 01 11
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Website: www.iso.org
Published in Switzerland
ii
Contents Page
Foreword .iv
Introduction .v
1 Scope . 1
2 Normative references . 1
3 Terms and definitions . 1
4 Abbreviated terms . 2
5 GM element screening . 2
5.1 Principle .2
5.2 Procedure .3
5.3 Primers and probes .3
5.4 Reference materials .6
5.5 GM cotton events .6
5.6 Validation .9
5.7 Interpretation and expression of results .9
5.8 Results . .9
5.9 Reporting .9
6 Test report . 9
Bibliography .11
iii
Foreword
ISO (the International Organization for Standardization) is a worldwide federation of national standards
bodies (ISO member bodies). The work of preparing International Standards is normally carried out through
ISO technical committees. Each member body interested in a subject for which a technical committee
has been established has the right to be represented on that committee. International organizations,
governmental and non-governmental, in liaison with ISO, also take part in the work. ISO collaborates closely
with the International Electrotechnical Commission (IEC) on all matters of electrotechnical standardization.
The procedures used to develop this document and those intended for its further maintenance are described
in the ISO/IEC Directives, Part 1. In particular, the different approval criteria needed for the different types
of ISO document should be noted. This document was drafted in accordance with the editorial rules of the
ISO/IEC Directives, Part 2 (see www.iso.org/directives).
ISO draws attention to the possibility that the implementation of this document may involve the use of (a)
patent(s). ISO takes no position concerning the evidence, validity or applicability of any claimed patent
rights in respect thereof. As of the date of publication of this document, ISO had not received notice of (a)
patent(s) which may be required to implement this document. However, implementers are cautioned that
this may not represent the latest information, which may be obtained from the patent database available at
www.iso.org/patents. ISO shall not be held responsible for identifying any or all such patent rights.
Any trade name used in this document is information given for the convenience of users and does not
constitute an endorsement.
For an explanation of the voluntary nature of standards, the meaning of ISO specific terms and expressions
related to conformity assessment, as well as information about ISO’s adherence to the World Trade
Organization (WTO) principles in the Technical Barriers to Trade (TBT), see www.iso.org/iso/foreword.html.
This document was prepared by Technical Committee ISO/TC 34, Food products, Subcommittee SC 16,
Horizontal methods for molecular biomarker analysis.
This first edition, along with ISO 5354-1, cancels and replaces IWA 32:2019, which has been technically
revised throughout.
A list of all parts in the ISO 5354 series can be found on the ISO website.
Any feedback or questions on this document should be directed to the user’s national standards body. A
complete listing of these bodies can be found at www.iso.org/members.html.
iv
Introduction
Detection and identification of genetically modified (GM) cotton materials are typically accomplished using
polymerase chain reaction (PCR) based screening methods followed by more specific event-based analyses
of the materials. Based on targets that are detected or not-detected during screening, the presence or
absence of specific cotton GM events can be determined and confirmed with event-specific methods. Target
sequences used with screening and event-based methods can provide reproducible data across a variety
of equipment, chemistries, and reagents. In this way, DNA sequences associated with GM events can be
assessed in order to economically and reliably determine whether GM material is present.
This document provides examples of screening and event-based target sequences that are found in GM
cotton. PCR methods that amplify these target sequences for detection and identification can be used to
determine the presence of GM events in cottonseed and some cotton products. Six primer and probe pairs
are recommended for determining the presence of most GM cottons events. Only those elements for which a
detection method is available are listed.
1)[1]
ISO 5354-1 describes methods for extraction of PCR amplifiable DNA from cotton matrices that can
subsequently be analysed for the target sequences described within this document and a taxon specific PCR
reference detection method for cotton.
1) Under preparation. Stage at the time of publication: ISO/DIS 5354-1:2023
v
Technical Specification ISO/TS 5354-2:2024(en)
Molecular biomarkers — Detection of DNA in cotton used for
textile production —
Part 2:
Overview of target sequences for use in polymerase
chain reaction (PCR)-based detection methods for cotton
genetically modified (GM) events
1 Scope
This document provides a list of target sequences that can be used to screen for the presence of genetically
modified (GM) material in cotton and cotton products.
This document is applicable to cottonseed, cotton leaf, cotton fibre and cotton fibre-derived materials from
which sufficiently high-quality PCR amplifiable DNA can be extracted.
[1]
Methods describing the extraction of DNA from different cotton samples can be found in ISO 5354-1 .
NOTE 1 The list of target sequences provides guidance for the screening of all currently known GM cotton events
and GM cotton events that contain the same DNA sequences. Further guidance on screening of foodstuffs is provided
[2]
in CEN/TS 16707 .
NOTE 2 Sampling is outside of the scope of this document. Information on sampling cotton products can be found in
[3] [4]
ISO 1130:1975 and in ASTM D1441-12 .
2 Normative references
The following documents are referred to in the text in such a way that some or all of their content constitutes
requirements of this document. For dated references, only the edition cited applies. For undated references,
the latest edition of the referenced document (including any amendments) applies.
ISO 16577, Molecular biomarker analysis — Vocabulary for molecular biomarker analytical methods in
agriculture and food production
ISO 21569 (all parts), Horizontal methods for molecular biomarker analysis — Methods of analysis for the
detection of genetically modified organisms and derived products
ISO 21570, Foodstuffs — Methods of analysis for the detection of genetically modified organisms and derived
products — Quantitative nucleic acid based methods
3 Terms and definitions
For the purposes of this document, the terms and definitions given in ISO 16577 and the following apply.
ISO and IEC maintain terminology databases for use in standardization at the following addresses:
— ISO Online browsing platform: available at https:// www .iso .org/ obp
— IEC Electropedia: available at https:// www .electropedia .org/
3.1
cottonseed
seed from cotton plants
3.2
cotton lint
raw fibre that has gone through the ginning process
4 Abbreviated terms
T-nos Agrobacterium tumefaciens nopaline synthase terminator
P-35S cauliflower mosaic virus 35S promoter sequence
cry1Ab/Ac synthetic fusion gene derived from Bacillus thuringiensis produces Cry1Ab-Ac delta
endotoxin (fusion protein)
pat synthetic form of the phosphinothricin N-acetyltransferase (PAT) enzyme derived from
Streptomyces viridochromogenes strain Tu494
P-FMV figwort mosaic virus promoter
otp/mepsps optimized transport peptide/modified 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase
(mEPSPS) gene
cry1Ac crystal delta endotoxin insecticide produced by Bacillus thuringiensis (Bt) during
sporulation.
nptII Escherichia coli Tn5 transposon gene that encodes an enzyme for neomycin
phosphotransferase II
cry-1Ab crystal delta endotoxin insecticide produced by Bacillus thuringiensis (Bt) during
sporulation.
T-35S cauliflower mosaic virus 35S terminator (CaMV T-35S) in pCAMBIA vector
P-Ubi1 maize polyubiquitin-1 promoter
cp4-epsps bacterial 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase (EPSP synthase, EPSPS) enzyme
from Agrobacterium sp. strain CP4
cry-2AB2 crystal delta endotoxin insecticide produced by Bacillus thuringiensis (Bt) that is
expressed in cotton
cry1C crystal delta endotoxin insecticide produced by Bacillus thuringiensis (Bt)
tE9 terminator derived from pea ribulose diphosphate carboxylase gene
Cry1F crystal delta endotoxin insecticide produced by Bacillus thuringiensis (Bt)
5 GM element screening
5.1 Principle
The PCR screening strategy described in this document is based on a method developed for detecting a
minimum of two or more events known to occur in GM cotton. Transgene target sequences for analysis can
be chosen from Table 1. Targets can also be selected from other references based on the anticipated events
or as a strategy to provide the most information with the least use of resources. Common genetic sequences,
or elements, present across multiple GM constructs can be initially targeted. The combined presence or
absence of individual elements can be used to determine the presence of one or more GM events.
The European GMO database is available to aid in the process of determining anticipated the targets and
[5]
their respective PCR primers to be used in detecting GM cotton. Event-specific detection methods are also
[6] [7]
described in the CropLife International database and the EURL GMFF GMO methods database .
5.2 Procedure
Screening with the six target sequences: T-nos, P-35S, cry1Ab/Ac, pat, otp/mepsps, and P-FMV; can detect
most known cotton GM events if they are present (see Table 1). A method using all or a minimum of two or
more of these target sequences can also be chosen for the analysis based on information that a GM event may
be present, how the method will be performed, e.g., multiplexed, separate reactions, microarray, etc., the
time and labour required and cost of materials. If the target is detected using less than six target sequences,
no further testing will be required. If the target is not-detected, additional targets up to the six suggested
can be added to the method. Respectively, qualitative and quantitative PCR methods should be designed and
developed according to the ISO 21569 series and ISO 21570.
5.3 Primers and probes
5.3.1 General
Primers and probes that have been listed in this section have been collaboratively validated in at least one
agricultural matrix. In most cases, cotton has been considered in a collaborative trial.
5.3.2 T-nos
PCR screening for the biomarker T-nos using the following primers and probes is described in
[8]
ISO 21569:2005/Amd 1:2013 , Clause B.6.
180-F 5 ́-CATGTAATGCATGACGTTATTTATG - 3′
180-R 5 ́-TTGTTTTCTATCGCGTATTAAATGT - 3′
Tm-180 5 ́-FAM-ATGGGTTTTTATGATTAGAGTCCCGCAA-TAMRA - 3′
5.3.3 P-35S
Quantitative PCR determination for the biomarker for P-35S using the following primers and probe is
[9]
described in ISO 21570:2005 , Clause B.1.
35S-F 5 ́-GCCTCTGCCGACAGTGGT - 3′
35S-R 5 ́-AAGACGTGGTTGGAACGTCTTC - 3′
35S-TMP 5 ́-FAM-CAAAGATGGACCCCCACCCACG-TAMRA - 3′
5.3.4 cry1Ab/Ac
PCR screening for biomarker cry1Ac/Ab using the following primers and probes is described in
[10]
ISO/TS 21569-6 .
Bt-F1(mod) 5 ́-GAGGAAATGCGTATTCAATTCAAC - 3′
Bt-R 5 ́-TTCTGGACTGCGAACAATGG - 3′
Bt-P 5 ́-FAM-ACATGAACAGCGCCTTGACCACAGC-TAMRA - 3′
5.3.5 pat
[11]
PCR screening for biomarker pat is described using the following primers and probes and in
[12]
ISO/TS 21569-3 with different primers and probes.
pat-F 5 ́-CGCGGTTTGTGATATCGTTAAC - 3′
pat-R 5 ́-TCTTGCAACCTCTCTAGATCATCAA - 3′
pat-P 5 ́-FAM-AGGACAGAGCCACAAACACCACAAGAGTG-TAMRA - 3′
5.3.6 P-FMV
[13]
PCR screening for biomarker P-FMV using the following primers and probes is described in ISO/TS 21569-5 .
pFMV-F 5 ́-CAAAATAACGTGGAAAAGAGCT - 3′
pFMV-R 5 ́-TCTTTTGTGGTCGTCACTGC - 3′
Probe pFMV 5 ́-FAM-CTGACAGCCCACTCACTAATGC-BHQ1 - 3′
5.3.7 otp/mepsps
The junction region between the optimized transit peptide sequence (otp) and the point mutated
5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase (mEPSPS) gene from maize has served as the biomarker to
[14]
detect maize event GA21. The use of the following primers and probes fo
...
Spécification
technique
ISO/TS 5354-2
Première édition
Biomarqueurs moléculaires —
2024-04
Détection d’ADN dans le coton
utilisé pour la production textile —
Partie 2:
Présentation des séquences cibles
à utiliser dans les méthodes de
détection reposant sur une réaction
de polymérisation en chaîne
(PCR) des événements de coton
génétiquement modifié (GM)
Molecular biomarkers — Detection of DNA in cotton used for
textile production —
Part 2: Overview of target sequences for use in polymerase chain
reaction (PCR)-based detection methods for cotton genetically
modified (GM) events
Numéro de référence
DOCUMENT PROTÉGÉ PAR COPYRIGHT
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publication ne peut être reproduite ni utilisée sous quelque forme que ce soit et par aucun procédé, électronique ou mécanique,
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être demandée à l’ISO à l’adresse ci-après ou au comité membre de l’ISO dans le pays du demandeur.
ISO copyright office
Case postale 401 • Ch. de Blandonnet 8
CH-1214 Vernier, Genève
Tél.: +41 22 749 01 11
E-mail: copyright@iso.org
Web: www.iso.org
Publié en Suisse
ii
Sommaire Page
Avant-propos .iv
Introduction .v
1 Domaine d’application . 1
2 Références normatives . 1
3 Termes et définitions . 1
4 Termes abrégés . 2
5 Criblage des éléments GM . 2
5.1 Principe .2
5.2 Mode opératoire .3
5.3 Amorces et sondes .3
5.4 Matériaux de référence .6
5.5 Événements du coton GM .6
5.6 Validation .10
5.7 Interprétation et expression des résultats .10
5.8 Résultats .10
5.9 Enregistrement .10
6 Rapport d’essai . 10
Bibliographie .12
iii
Avant-propos
L’ISO (Organisation internationale de normalisation) est une fédération mondiale d’organismes nationaux
de normalisation (comités membres de l’ISO). L’élaboration des Normes internationales est en général
confiée aux comités techniques de l’ISO. Chaque comité membre intéressé par une étude a le droit de faire
partie du comité technique créé à cet effet. Les organisations internationales, gouvernementales et non
gouvernementales, en liaison avec l’ISO participent également aux travaux. L’ISO collabore étroitement avec
la Commission électrotechnique internationale (IEC) en ce qui concerne la normalisation électrotechnique.
Les procédures utilisées pour élaborer le présent document et celles destinées à sa mise à jour sont
décrites dans les Directives ISO/IEC, Partie 1. Il convient, en particulier, de prendre note des différents
critères d’approbation requis pour les différents types de documents ISO. Le présent document a
été rédigé conformément aux règles de rédaction données dans les Directives ISO/IEC, Partie 2 (voir
www.iso.org/directives).
L’ISO attire l’attention sur le fait que la mise en application du présent document peut entraîner l’utilisation
d’un ou de plusieurs brevets. L’ISO ne prend pas position quant à la preuve, à la validité et à l’applicabilité de
tout droit de brevet revendiqué à cet égard. À la date de publication du présent document, l’ISO n’avait pas
reçu notification qu’un ou plusieurs brevets pouvaient être nécessaires à sa mise en application. Toutefois,
il y a lieu d’avertir les responsables de la mise en application du présent document que des informations
plus récentes sont susceptibles de figurer dans la base de données de brevets, disponible à l’adresse
www.iso.org/brevets. L’ISO ne saurait être tenue pour responsable de ne pas avoir identifié tout ou partie de
tels droits de propriété.
Les appellations commerciales éventuellement mentionnées dans le présent document sont données pour
information, par souci de commodité, à l’intention des utilisateurs et ne sauraient constituer un engagement.
Pour une explication de la nature volontaire des normes, la signification des termes et expressions
spécifiques de l’ISO liés à l’évaluation de la conformité, ou pour toute information au sujet de l’adhésion de
l’ISO aux principes de l’Organisation mondiale du commerce (OMC) concernant les obstacles techniques au
commerce (OTC), voir www.iso.org/avant-propos.
Le présent document a été élaboré par le comité technique ISO/TC 34, Produits alimentaires, sous-comité
SC 16, Méthodes horizontales pour l’analyse de biomarqueurs moléculaires.
Cette première édition, conjointement avec l’ISO 5354-1, annule et remplace l’IWA 32:2019, qui a fait l’objet
d’une révision technique.
Une liste de toutes les parties de la série ISO 5354 se trouve sur le site web de l’ISO.
Il convient que l’utilisateur adresse tout retour d’information ou toute question concernant le présent
document à l’organisme national de normalisation de son pays. Une liste exhaustive desdits organismes se
trouve à l’adresse www.iso.org/fr/members.html.
iv
Introduction
La détection et l’identification de matériaux de coton génétiquement modifié (GM) sont typiquement
réalisées à l’aide de méthodes de criblage fondées sur une réaction de polymérisation en chaîne (PCR)
suivies d’analyses plus spécifiques des matériaux basées sur les événements. En fonction des cibles qui sont
détectées ou non détectées lors du criblage, la présence ou l’absence d’événements spécifiques du coton GM
peut être déterminée et confirmée avec des méthodes événement-spécifiques. Les séquences cibles utilisées
avec des méthodes de criblage et basées sur les événements peuvent fournir des données reproductibles
à travers un éventail d’équipements, produits chimiques et réactifs. De cette façon, les séquences d’ADN
associées à des événements GM peuvent être évaluées afin de déterminer de manière fiable et économique si
un matériau GM est présent.
Le présent document fournit des exemples de séquences cibles de criblage et basées sur les événements
identifiées au sein de coton GM. Des méthodes PCR qui amplifient ces séquences cibles pour la détection et
l’identification peuvent être utilisées pour déterminer la présence d’événements GM dans des graines de
coton et certains produits de coton. Six paires d’amorces et de sondes sont recommandées pour déterminer
la présence de la plupart des événements de coton GM. Seuls les éléments pour lesquels une méthode de
détection est disponible sont répertoriés.
1)[1]
L’ISO 5354-1 décrit des méthodes pour l’extraction d’ADN amplifiable par PCR à partir de matrices de
coton pouvant être ensuite analysé à la recherche des séquences cibles décrites dans le présent document
ainsi qu’une méthode de détection de référence par PCR spécifique au taxon pour le coton.
1) En cours d’élaboration. Stade au moment de la publication: ISO/DIS 5354-1:2023.
v
Spécification technique ISO/TS 5354-2:2024(fr)
Biomarqueurs moléculaires — Détection d’ADN dans le coton
utilisé pour la production textile —
Partie 2:
Présentation des séquences cibles à utiliser dans les
méthodes de détection reposant sur une réaction de
polymérisation en chaîne (PCR) des événements de coton
génétiquement modifié (GM)
1 Domaine d’application
Le présent document fournit une liste de séquences cibles qui peuvent être utilisées dans le cadre d’un
criblage visant à déceler la présence de matériau génétiquement modifié (GM) dans du coton et des produits
de coton.
Le présent document est applicable aux graines de coton, aux feuilles de coton, aux fibres de coton et aux
matériaux dérivés de fibres de coton à partir desquels une quantité suffisante d’ADN amplifiable par PCR de
haute qualité peut être extraite.
Les méthodes d’extraction d’ADN à partir de différents échantillons de coton peuvent être trouvées dans
[1]
l’ISO 5354-1 .
NOTE 1 La liste des séquences cibles fournit des recommandations pour le criblage de tous les événements
du coton GM actuellement connus et des événements de coton GM qui contiennent les mêmes séquences d’ADN.
Des recommandations supplémentaires concernant le criblage des produits alimentaires sont données dans la CEN/
[2]
TS 16707 .
NOTE 2 L’échantillonnage ne relève pas du domaine d’application du présent document. Les informations sur
[3] [4]
l’échantillonnage des produits de coton peuvent être obtenues dans l’ISO 1130:1975 et dans l’ASTM D1441-12 .
2 Références normatives
Les documents suivants sont cités dans le texte de sorte qu’ils constituent, pour tout ou partie de leur
contenu, des exigences du présent document. Pour les références datées, seule l’édition citée s’applique. Pour
les références non datées, la dernière édition du document de référence s’applique (y compris les éventuels
amendements).
ISO 16577, Analyse de biomarqueurs moléculaires — Vocabulaire pour les méthodes d’analyse de biomarqueurs
moléculaires dans l’agriculture et la production agroalimentaire
ISO 21569 (toutes les parties), Méthodes horizontales d’analyse moléculaire de biomarqueurs — Méthodes
d’analyse pour la détection des organismes génétiquement modifiés et des produits dérivés
ISO 21570, Produits alimentaires — Méthodes d’analyse pour la détection des organismes génétiquement
modifiés et des produits dérivés — Méthodes quantitatives basées sur l’utilisation des acides nucléiques
3 Termes et définitions
Pour les besoins du présent document, les termes et les définitions de l’ISO 16577 ainsi que les suivants
s’appliquent.
L’ISO et l’IEC tiennent à jour des bases de données terminologiques destinées à être utilisées en normalisation,
consultables aux adresses suivantes:
— ISO Online browsing platform: disponible à l’adresse https:// www .iso .org/ obp
— IEC Electropedia: disponible à l’adresse https:// www .electropedia .org/
3.1
graine de coton
graine du cotonnier
3.2
bourre de coton
fibre brute obtenue après égrenage
4 Termes abrégés
Abréviation Terme
T-nos terminateur de la nopaline synthase d’Agrobacterium tumefaciens
P-35S séquence de promoteur 35S du virus de la mosaïque du chou-fleur
cry1Ab/Ac gène de fusion synthétique dérivé de Bacillus thuringiensis qui produit une endotoxine delta
Cry1Ab-Ac (protéine de fusion)
pat forme synthétique de l’enzyme phosphinothricine N-acétyltransférase (PAT) dérivée de la souche
Tu494 de Streptomyces viridochromogenes
P-FMV promoteur du virus de la mosaïque du figuier
otp/mepsps peptide de transport optimisé/gène modifié de la 5-énolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase
(mEPSPS)
cry1Ac insecticide à delta-endotoxines cristallines produit par le Bacillus thuringiensis (Bt) pendant la
sporulation
nptII gène du transposon Tn5 d’Escherichia coli qui code une enzyme pour la néomycine phosphotransfé-
rase II
cry-1Ab insecticide à delta-endotoxines cristallines produit par le Bacillus thuringiensis (Bt) pendant la
sporulation
T-35S terminateur 35S du virus de la mosaïque du chou-fleur (CaMV T-35S) dans le vecteur pCAMBIA
P-Ubi1 promoteur de la polyubiquitine-1 du maïs
cp4-epsps enzyme bactérienne 5-énolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase (EPSP synthase, EPSPS) de la
souche CP4 d’Agrobacterium sp.
cry-2AB2 insecticide à delta-endotoxines cristallines produit par le Bacillus thuringiensis (Bt) qui est exprimé
dans le coton
cry1C insecticide à delta-endotoxines cristallines produit par le Bacillus thuringiensis (Bt)
tE9 terminateur dérivé du gène ribulose diphosphate carboxylase du pois
cry1F insecticide à delta-endotoxines cristallines produit par le Bacillus thuringiensis (Bt)
5 Criblage des éléments GM
5.1 Principe
La stratégie de criblage par PCR décrite dans le présent document s’appuie sur une méthode mise au point
pour détecter au moins deux événements connus dans le coton GM. Les séquences cibles transgéniques pour
analyse peuvent être choisies dans le Tableau 1. Les cibles peuvent également être sélectionnées à partir
d’autres références en fonction des événements anticipés ou comme une stratégie pour obtenir le maximum
d’informations en utilisant un minimum de ressources. Dans un premier temps, les séquences génétiques
(encore appelées éléments) communes présentes dans plusieurs construits GM peuvent être ciblées.
La présence combinée ou l’absence d’éléments individuels peut être utilisée pour déterminer la présence
d’un ou plusieurs événements GM.
La base de données européenne sur les OGM est disponible pour faciliter le processus de détermination
[5]
des cibles anticipées et de leurs amorces PCR respectives à utiliser pour détecter le coton GM . Des
méthodes de détection événement-spécifiques sont également décrites dans la base de données de CropLife
[6] [7]
International et la base de données GMOMETHODS de l’EURL GMFF .
5.2 Mode opératoire
Le criblage avec les six séquences cibles: T-nos, P-35S, cry1Ab/Ac, pat, otp/mepsps et P-FMV peut détecter
la plupart des événements de coton GM s’ils sont présents (voir Tableau 1). Sur la base des informations
selon lesquelles un événement GM peut être présent, de la manière dont la méthode sera mise en œuvre
(par exemple, des réactions multiplexées, séparées, des microréseaux, etc.), du temps et de la main-d’œuvre
exigés, et du coût des matériaux, une méthode utilisant la totalité ou un minimum de deux ou plusieurs
de ces séquences cibles peut également être choisie pour l’analyse. Si la cible est détectée en utilisant
moins de six séquences cibles, aucun essai supplémentaire ne sera exigé. Si la cible n’est pas détectée,
des cibles supplémentaires allant jusqu’aux six suggérées peuvent être ajoutées à la méthode. Il convient
respectivement de concevoir et de développer des méthodes PCR qualitatives et quantitatives conformément
à la série ISO 21569 et à l’ISO 21570.
5.3 Amorces et sondes
5.3.1 Généralités
Les amorces et les sondes qui ont été répertoriées dans cette section ont été validées dans le cadre d’un
essai interlaboratoires dans au moins une matrice agricole. Dans la plupart des cas, le coton a été pris en
compte dans un essai interlaboratoires.
5.3.2 T-nos
Le criblage par PCR pour le biomarqueur T-nos à l’aide des amorces et sondes suivantes est décrit dans
[8]
l’ISO 21569:2005/Amd 1:2013 , Article B.6.
180-F 5 ́-CATGTAATGCATGACGTTATTTATG - 3′
180-R 5 ́-TTGTTTTCTATCGCGTATTAAATGT - 3′
Tm-180 5 ́-FAM-ATGGGTTTTTATGATTAGAGTCCCGCAA-TAMRA - 3′
5.3.3 P-35S
Le criblage par PCR quantitative pour le biomarqueur P-35S à l’aide des amorces et sondes suivantes est
[9]
décrit dans l’ISO 21570:2005 , Article B.1.
35S-F 5 ́-GCCTCTGCCGACAGTGGT - 3′
35S-R 5 ́-AAGACGTGGTTGGAACGTCTTC - 3′
35S-TMP 5 ́-FAM-CAAAGATGGACCCCCACCCACG-TAMRA - 3′
5.3.4 cry1Ab/Ac
Le criblage par PCR pour le biomarqueur cry1Ac/Ab à l’aide des amorces et sondes suivantes est décrit dans
[10]
l’ISO/TS 21569-6 .
Bt-F1(mod) 5 ́-GAGGAAATGCGTATTCAATTCAAC - 3′
Bt-R 5 ́-TTCTGGACTGCGAACAATGG - 3′
Bt-P 5 ́-FAM-ACATGAACAGCGCCTTGACCACAGC-TAMRA - 3′
5.3.5 pat
[11]
Le criblage par PCR pour le biomarqueur pat est décrit à l’aide des amorces et sondes suivantes et dans
[12]
l’ISO/TS 21569-3 avec différentes amorces et sondes.
pat-F 5 ́-CGCGGTTTGTGATATCGTTAAC - 3′
pat-R 5 ́-TCTTGCAACCTCTCTAGATCATCAA - 3′
pat-P 5 ́-FAM-AGGACAGAGCCACAAACACCACAAGAGTG-TAMRA - 3′
5.3.6 P-FMV
Le criblage par PCR pour le biomarqueur P-FMV à l’aide des amorces et sondes suivantes est décrit dans
[13]
l’ISO/TS 21569-5 .
pFMV-F 5 ́-CAAAATAACGTGGAAAAGAGCT - 3′
pFMV-R 5 ́-TCTTTTGTGGTC
...
ISO/TC 34/SC 16
Date : 2024-03-15
ISO/DTSTS 5354-2.2:2024(fr)
Secrétariat : ANSI
Première édition
2024-04
Date: 2024-05-02
Biomarqueurs moléculaires — Détection d’ADN dans le coton utilisé
pour la production textile —
Partie 2 : :
Présentation des séquences cibles à utiliser dans les méthodes de
détection reposant sur une réaction de polymérisation en chaîne
(PCR) des événements de coton génétiquement modifié (GM)
Molecular biomarkers — Detection of DNA in cotton used for textile production — Part 2: Overview of target
sequences for use in polymerase chain reaction (PCR)-based detection methods for cotton genetically modified
(GM) events
Part 2: Overview of target sequences for use in polymerase chain reaction (PCR)-based detection methods for
cotton genetically modified (GM) events
ICS : 59.080.01
DOCUMENT PROTÉGÉ PAR COPYRIGHT
Tous droits réservés. Sauf prescription différente ou nécessité dans le contexte de sa mise en œuvreoeuvre, aucune partie
de cette publication ne peut être reproduite ni utilisée sous quelque forme que ce soit et par aucun procédé, électronique
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Une autorisation peut être demandée à l’ISO à l’adresse ci-après ou au comité membre de l’ISO dans le pays du
demandeur.
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CH-1214 Vernier, Genève Geneva
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E-mail: copyright@iso.org
Web Website: www.iso.org
Publié en Suisse
ii
Sommaire Page
Avant-propos . iv
Introduction . v
1 Domaine d’application . 1
2 Références normatives . 1
3 Termes et définitions . 2
4 Termes abrégés . 2
5 Criblage des éléments GM . 3
5.1 Principe . 3
5.2 Mode opératoire . 3
5.3 Amorces et sondes . 3
5.4 Matériaux de référence . 6
5.5 Événements du coton GM . 7
5.6 Validation . 10
5.7 Interprétation et expression des résultats . 10
5.8 Résultats . 10
5.9 Enregistrement . 10
6 Rapport d’essai . 10
Bibliographie . 12
iii
Avant-propos
L’ISO (Organisation internationale de normalisation) est une fédération mondiale d’organismes nationaux de
normalisation (comités membres de l’ISO). L’élaboration des Normes internationales est en général confiée
aux comités techniques de l’ISO. Chaque comité membre intéressé par une étude a le droit de faire partie du
comité technique créé à cet effet. Les organisations internationales, gouvernementales et non
gouvernementales, en liaison avec l’ISO participent également aux travaux. L’ISO collabore étroitement avec
la Commission électrotechnique internationale (IEC) en ce qui concerne la normalisation électrotechnique.
Les procédures utilisées pour élaborer le présent document et celles destinées à sa mise à jour sont décrites
dans les Directives ISO/IEC, Partie 1. Il convient, en particulier, de prendre note des différents critères
d’approbation requis pour les différents types de documents ISO. Le présent document a été rédigé
conformément aux règles de rédaction données dans les Directives ISO/IEC, Partie 2 (voir
www.iso.org/directives).
Field Code Changed
L’attention est attiréeL’ISO attire l’attention sur le fait que certains des élémentsla mise en application du
présent document peuvent faire l’objet de droits de propriété intellectuellepeut entraîner l’utilisation d’un ou
de plusieurs brevets. L’ISO ne prend pas position quant à la preuve, à la validité et à l’applicabilité de tout droit
de brevet revendiqué à cet égard. À la date de publication du présent document, l’ISO n’avait pas reçu
notification qu’un ou plusieurs brevets pouvaient être nécessaires à sa mise en application. Toutefois, il y a
lieu d’avertir les responsables de la mise en application du présent document que des informations plus
récentes sont susceptibles de figurer dans la base de données de brevets, disponible à l’adresse
www.iso.org/brevetsdroits analogues. L’ISO ne saurait être tenue pour responsable de ne pas avoir identifié
tout ou partie de tels droits de brevet. Les détails concernant les références aux droits de propriété
intellectuelle ou autres droits analogues identifiés lors de l’élaboration du document sont indiqués dans
l’Introduction et/ou dans la liste des déclarations de brevets reçues par l’ISO (voir ).propriété.
Les appellations commerciales éventuellement mentionnées dans le présent document sont données pour
information, par souci de commodité, à l’intention des utilisateurs et ne sauraient constituer un engagement.
Pour une explication de la nature volontaire des normes, la signification des termes et expressions spécifiques
de l’ISO liés à l’évaluation de la conformité, ou pour toute information au sujet de l’adhésion de l’ISO aux
principes de l’Organisation mondiale du commerce (OMC) concernant les obstacles techniques au commerce
(OTC), voir www.iso.org/avant-propos.
Le présent document a été élaboré par le comité technique ISO/TC 34, Produits alimentaires, sous-comité
SC 16, Méthodes horizontales pour l’analyse de biomarqueurs moléculaires.
1)
Cette première édition, conjointement avec l’ISO 5354-1 ,, annule et remplace l’IWA 32:2019, qui a fait l’objet
d’une révision technique.
Une liste de toutes les parties de la série ISO 5354 se trouve sur le site web de l’ISO.
Il convient que l’utilisateur adresse tout retour d’information ou toute question concernant le présent
document à l’organisme national de normalisation de son pays. Une liste exhaustive desdits organismes se
trouve à l’adresse www.iso.org/fr/members.html.
1) En cours d’élaboration. Stade au moment de la publication : ISO/DIS 5354-1:2023
iv
Introduction
La détection et l’identification de matériaux de coton génétiquement modifié (GM) sont typiquement réalisées
à l’aide de méthodes de criblage fondées sur une réaction de polymérisation en chaîne (PCR) suivies d’analyses
plus spécifiques des matériaux basées sur les événements. En fonction des cibles qui sont détectées ou non
détectées lors du criblage, la présence ou l’absence d’événements spécifiques du coton GM peut être
déterminée et confirmée avec des méthodes événement-spécifiques. Les séquences cibles utilisées avec des
méthodes de criblage et basées sur les événements peuvent fournir des données reproductibles à travers un
éventail d’équipements, produits chimiques et réactifs. De cette façon, les séquences d’ADN associées à des
événements GM peuvent être évaluées afin de déterminer de manière fiable et économique si un matériau GM
est présent.
Le présent document fournit des exemples de séquences cibles de criblage et basées sur les événements
identifiées au sein de coton GM. Des méthodes PCR qui amplifient ces séquences cibles pour la détection et
l’identification peuvent être utilisées pour déterminer la présence d’événements GM dans des graines de coton
et certains produits de coton. Six paires d’amorces et de sondes sont recommandées pour déterminer la
présence de la plupart des événements de coton GM. Seuls les éléments pour lesquels une méthode de
détection est disponible sont répertoriés.
1)[1]
L’ISO 5354-1 décrit des méthodes pour l’extraction d’ADN amplifiable par PCR à partir de matrices de
coton pouvant être ensuite analysé à la recherche des séquences cibles décrites dans le présent document
[]
ainsi qu’une méthode de détection de référence par PCR spécifique au taxon pour le coton .
1)
En cours d’élaboration. Stade au moment de la publication: ISO/DIS 5354-1:2023.
v
Biomarqueurs moléculaires — Détection d’ADN dans le coton utilisé
pour la production textile —
Partie 2:
Présentation des séquences cibles à utiliser dans les méthodes de
détection reposant sur une réaction de polymérisation en chaîne
(PCR) des événements de coton génétiquement modifié (GM)
1 Domaine d’application
Le présent document fournit une liste de séquences cibles qui peuvent être utilisées dans le cadre d’un criblage
visant à déceler la présence de matériau génétiquement modifié (GM) dans du coton et des produits de coton.
Le présent document est applicable aux graines de coton, aux feuilles de coton, aux fibres de coton et aux
matériaux dérivés de fibres de coton à partir desquels une quantité suffisante d’ADN amplifiable par PCR de
haute qualité peut être extraite.
Les méthodes d’extraction d’ADN à partir de différents échantillons de coton peuvent être trouvées dans
[1]
l’ISO 5354-1 .
NOTE 1 La liste des séquences cibles fournit des recommandations pour le criblage de tous les événements du coton
GM actuellement connus et des événements de coton GM qui contiennent les mêmes séquences d’ADN.
Des recommandations supplémentaires concernant le criblage des produits alimentaires sont données dans la
[32]
CEN/TS 16707 .
NOTE 2 L’échantillonnage ne relève pas du domaine d’application du présent document. Les informations sur
[3] [54]
l’échantillonnage des produits de coton peuvent être obtenues dans l’ISO 1130:1975 et dans l’ASTM D1441-12 .
2 Références normatives
Les documents suivants sont cités dans le texte de sorte qu’ils constituent, pour tout ou partie de leur contenu,
des exigences du présent document. Pour les références datées, seule l’édition citée s’applique. Pour les
références non datées, la dernière édition du document de référence s’applique (y compris les éventuels
amendements).
ISO 16577, Analyse de biomarqueurs moléculaires — Vocabulaire pour les méthodes d’analyse de biomarqueurs
moléculaires dans l’agriculture et la production agroalimentaire.
Type du document : Spécification technique
Sous-type du document :
Stade du document : (50) Approbation
Langue du document : F
ISO 21569 (toutes les parties), Méthodes horizontales d’analyse moléculaire de biomarqueurs - — Méthodes
d’analyse pour la détection des organismes génétiquement modifiés et des produits dérivés.
ISO 21570, Produits alimentaires — Méthodes d’analyse pour la détection des organismes génétiquement
modifiés et des produits dérivés — Méthodes quantitatives basées sur l’utilisation des acides nucléiques.
3 Termes et définitions
Pour les besoins du présent document, les termes et les définitions de l’ISO 16577 ainsi que les suivants
s’appliquent.
L’ISO et l’IEC tiennent à jour des bases de données terminologiques destinées à être utilisées en normalisation,
consultables aux adresses suivantes:
— ISO Online browsing platform: disponible à l’adresse https://www.iso.org/obp
— IEC Electropedia: disponible à l’adresse https://www.electropedia.org/
3.1
graine de coton
graine du cotonnier
3.2
bourre de coton
fibre brute obtenue après égrenage
4 Abréviations
4 Termes abrégés
Abréviation Terme
T-nos terminateur de la nopaline synthase d’Agrobacterium tumefaciens
P-35S séquence de promoteur 35S du virus de la mosaïque du chou-fleur
cry1Ab/Ac gène de fusion synthétique dérivé de Bacillus thuringiensis qui produit une endotoxine delta
Cry1Ab-Ac (protéine de fusion)
pat forme synthétique de l’enzyme phosphinothricine N-acétyltransférase (PAT) dérivée de la souche
Tu494 de Streptomyces viridochromogenes
P-FMV promoteur du virus de la mosaïque du figuier
otp/mepsps peptide de transport optimisé/gène modifié de la 5-énolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase
(mEPSPS)
cry1Ac insecticide à delta-endotoxines cristallines produit par le Bacillus thuringiensis (Bt) pendant la
sporulation
nptII gène du transposon Tn5 d’Escherichia coli qui code une enzyme pour la néomycine
phosphotransférase II
cry-1Ab insecticide à delta-endotoxines cristallines produit par le Bacillus thuringiensis (Bt) pendant la
sporulation
T-35S terminateur 35S du virus de la mosaïque du chou-fleur (CaMV T-35S) dans le vecteur pCAMBIA
P-Ubi1 promoteur de la polyubiquitine-1 du maïs
Abréviation Terme
cp4-epsps enzyme bactérienne 5-énolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase (EPSP synthase, EPSPS) de la
souche CP4 d’Agrobacterium sp.
cry-2AB2 insecticide à delta-endotoxines cristallines produit par le Bacillus thuringiensis (Bt) qui est exprimé
dans le coton
cry1C insecticide à delta-endotoxines cristallines produit par le Bacillus thuringiensis (Bt)
tE9 terminateur dérivé du gène ribulose diphosphate carboxylase du pois
cry1F insecticide à delta-endotoxines cristallines produit par le Bacillus thuringiensis (Bt)
5 Criblage des éléments GM
5.1 Principe
La stratégie de criblage par PCR décrite dans le présent document s’appuie sur une méthode mise au point
pour détecter au moins deux événements connus dans le coton GM. Les séquences cibles transgéniques pour
analyse peuvent être choisies dans le Tableau 1. Les cibles peuvent également être sélectionnées à partir
d’autres références en fonction des événements anticipés ou comme une stratégie pour obtenir le maximum
d’informations en utilisant un minimum de ressources. Dans un premier temps, les séquences génétiques
(encore appelées éléments) communes présentes dans plusieurs construits GM peuvent être ciblées.
La présence combinée ou l’absence d’éléments individuels peut être utilisée pour déterminer la présence d’un
ou plusieurs événements GM.
La base de données européenne sur les OGM est disponible pour faciliter le processus de détermination des
[5 ]
cibles anticipées et de leurs amorces PCR respectives à utiliser pour détecter le coton GM [6]. . Des méthodes
de détection événement-spécifiques sont également décrites dans la base de données de CropLife
[6] [87]
International et la base de données GMOMETHODS de l’EURL GMFF .
5.2 Mode opératoire
Le criblage avec les six séquences cibles: T-nos, P-35S, cry1Ab/Ac, pat, otp/mepsps et P-FMV peut détecter la
plupart des événements de coton GM s’ils sont présents (voir Tableau 1). Sur la base des informations selon
lesquelles un événement GM peut être présent, de la manière dont la méthode sera mise en œuvre
(par exemple, des réactions multiplexées, séparées, des microréseaux, etc.), du temps et de la main-d’œuvre
exigés, et du coût des matériaux, une méthode utilisant la totalité ou un minimum de deux ou plusieurs de ces
séquences cibles peut également être choisie pour l’analyse. Si la cible est détectée en utilisant moins de six
séquences cibles, aucun essai supplémentaire ne sera exigé. Si la cible n’est pas détectée, des cibles
supplémentaires allant jusqu’aux six suggérées peuvent être ajoutées à la méthode. Il convient respectivement
de concevoir et de développer des méthodes PCR qualitatives et quantitatives conformément à la série
ISO 21569 et à l’ISO 21570.
5.3 Amorces et sondes
5.3.1 Généralités
Les amorces et les sondes qui ont été répertoriées dans cette section ont été validées dans le cadre d’un essai
interlaboratoires dans au moins une matrice agricole. Dans la plupart des cas, le coton a été pris en compte
dans un essai interlaboratoires.
5.3.2 T-nos
Le criblage par PCR pour le biomarqueur T-nos à l’aide des amorces et sondes suivantes est décrit dans
[8 ] []
l’ISO 21569:2005/Amd 1:2013 , Annexe , Article B.6 .
180-F 5 ́-CATGTAATGCATGACGTTATTTATG - 3′
180-R 5 ́-TTGTTTTCTATCGCGTATTAAATGT - 3′
Tm-180 5 ́-FAM-ATGGGTTTTTATGATTAGAGTCCCGCAA-TAMRA - 3′
5.3.3 P-35S
Le criblage par PCR quantitative pour le biomarqueur P-35S à l’aide des amorces et sondes suivantes est décrit
[9 ] []
dans l’ISO 21570:2005 Annexe , Article B.1 .
35S-F 5 ́-GCCTCTGCCGACAGTGGT - 3′
35S-R 5 ́-AAGACGTGGTTGGAACGTCTTC - 3′
35S-TMP 5 ́-FAM-CAAAGATGGACCCCCACCCACG-TAMRA - 3′
5.3.4 cry1Ab/Ac
Le criblage par PCR pour le biomarqueur cry1Ac/Ab à l’aide des amorces et sondes suivantes est décrit dans
[1210]
l’ISO/TS 21569-6 .
Bt-F1(mod) 5 ́-GAGGAAATGCGTATTCAATTCAAC - 3′
Bt-R 5 ́-TTCTGGACTGCGAACAATGG - 3′
Bt-P 5 ́-FAM-ACATGAACAGCGCCTTGACCACAGC-TAMRA - 3′
5.3.5 pat
[11]
Le criblage par PCR pour le biomarqueur pat est décrit à l’aide des amorces et sondes suivantes et dans
[1412]
l’ISO/TS 21569-3 avec différentes amorces et sondes.
pat-F 5 ́-CGCGGTTTGTGATATCGTTAAC - 3′
pat-R 5 ́-TCTTGCAACCTCTCTAGATCATCAA - 3′
pat-P 5 ́-FAM-AGGACAGAGCCACAAACACCACAAGAGTG-TAMRA - 3′
5.3.6 P-FMV
Le criblage par PCR pour le biomarqueur P-FMV à l’aide des amorces et sondes suivantes est décrit dans
[13]
l’ISO/TS 21569-5 .
pFMV-F 5 ́-CAAAATAACGTGGAAAAGAGCT - 3′
pFMV-R 5 ́-TCTTTTGTGGTCGTCACTGC - 3′
Sonde pFMV 5 ́-FAM-CTGACAGCCCACTCACTAATGC-BHQ1 - 3′
5.3.7 otp/mepsps
La région de jonction entre la séquence de peptide de transport optimisé (otp) et le gène 5-
énolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase muté ponctuellement (mEPSPS) du maïs sert de biomarqueur
[14 []]
pour détecter l’événement GA21 du maïs . . L’utilisation des amorces et sondes suivantes pour la
[9 [] ]
détermination quantitative est également décrite dans l’ISO 21570:2005 . , Article C.8.
GA21 3-5′ 5 ́-GAAGCCTCGGCAACGTCA - 3′
GA21 3-3′ 5 ́-ATCCGGTTGGAAAGCGACTT - 3′
GA21-2-Taq 5 ́-FAM-AAGGATCCGGTGCATGGCCG-TAMRA - 3′
5.3.8 cry1Ac
Le criblage par PCR pour le biomarqueur cry-1Ac à l’aide des amorces et sondes suivantes est décrit
en Référence [15].
Cry1Ac-F(/R)-n4 5 ́-TTCAGGACCAGGATTCAC - 3′
Cry1AcR-n2 5 ́-GTGAATAGGGGTCACAGAAGCATA - 3′
Cry1AcP-n3 5 ́-TCTGGTAGATGTGGATGGGAAGT - 3′
5.3.9 nptII
Le criblage par PCR pour le biomarqueur nptII à l’aide des amorces et sondes suivantes est décrit dans
[16 [] ]
l’ISO 21569:2005 en . , Article B.4.
nptII-5′ 5 ́-GACAGGTCGGTCTTGACAAAAAG - 3′
nptII-3′ 5 ́-GAACAAGATGGATTGCACGC - 3′
Sonde 5 ́-TGCCCAGTCATAGCCGAATAGCC
...
Questions, Comments and Discussion
Ask us and Technical Secretary will try to provide an answer. You can facilitate discussion about the standard in here.
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