ISO 16140-3:2021/Amd 1:2025
(Amendment)Microbiology of the food chain — Method validation — Part 3: Protocol for the verification of reference methods and validated alternative methods in a single laboratory — Amendment 1: Protocol for verification of validated identification methods of microorganisms
Microbiology of the food chain — Method validation — Part 3: Protocol for the verification of reference methods and validated alternative methods in a single laboratory — Amendment 1: Protocol for verification of validated identification methods of microorganisms
Microbiologie de la chaîne alimentaire — Validation des méthodes — Partie 3: Protocole pour la vérification dans un seul laboratoire de méthodes de référence et de méthodes alternatives validées — Amendement 1: Protocole pour la vérification des méthodes validées d’identification des micro-organismes
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ISO 16140-3
First edition
Microbiology of the food chain —
2021-01
Method validation —
AMENDMENT 1
Part 3:
2025-08
Protocol for the verification of
reference methods and validated
alternative methods in a single
laboratory
AMENDMENT 1: Protocol for
verification of validated identification
methods of microorganisms
Microbiologie de la chaîne alimentaire — Validation des
méthodes —
Partie 3: Protocole pour la vérification dans un seul laboratoire
de méthodes de référence et de méthodes alternatives validées
AMENDEMENT 1: Protocole pour la vérification des méthodes
validées d’identification des micro-organismes
Reference number
ISO 16140-3:2021/Amd.1:2025(en) © ISO 2025
ISO 16140-3:2021/Amd.1:2025(en)
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Published in Switzerland
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ISO 16140-3:2021/Amd.1:2025(en)
Foreword
ISO (the International Organization for Standardization) is a worldwide federation of national standards
bodies (ISO member bodies). The work of preparing International Standards is normally carried out through
ISO technical committees. Each member body interested in a subject for which a technical committee
has been established has the right to be represented on that committee. International organizations,
governmental and non-governmental, in liaison with ISO, also take part in the work. ISO collaborates closely
with the International Electrotechnical Commission (IEC) on all matters of electrotechnical standardization.
The procedures used to develop this document and those intended for its further maintenance are described
in the ISO/IEC Directives, Part 1. In particular, the different approval criteria needed for the different types
of ISO document should be noted. This document was drafted in accordance with the editorial rules of the
ISO/IEC Directives, Part 2 (see www.iso.org/directives).
ISO draws attention to the possibility that the implementation of this document may involve the use of (a)
patent(s). ISO takes no position concerning the evidence, validity or applicability of any claimed patent
rights in respect thereof. As of the date of publication of this document, ISO had not received notice of (a)
patent(s) which may be required to implement this document. However, implementers are cautioned that
this may not represent the latest information, which may be obtained from the patent database available at
www.iso.org/patents. ISO shall not be held responsible for identifying any or all such patent rights.
Any trade name used in this document is information given for the convenience of users and does not
constitute an endorsement.
For an explanation of the voluntary nature of standards, the meaning of ISO specific terms and expressions
related to conformity assessment, as well as information about ISO’s adherence to the World Trade
Organization (WTO) principles in the Technical Barriers to Trade (TBT), see www.iso.org/iso/foreword.html.
This document was prepared by Technical Committee ISO/TC 34, Food products, Subcommittee SC 9,
Microbiology, in collaboration with the European Committee for Standardization (CEN) Technical Committee
CEN/TC 463, Microbiology of the food chain, in accordance with the Agreement on technical cooperation
between ISO and CEN (Vienna Agreement).
A list of all parts in the ISO 16140 series can be found on the ISO website.
Any feedback or questions on this document should be directed to the user’s national standards body. A
complete listing of these bodies can be found at www.iso.org/members.html.
iii
ISO 16140-3:2021/Amd.1:2025(en)
Microbiology of the food chain — Method validation —
Part 3:
Protocol for the verification of reference methods and
validated alternative methods in a single laboratory
AMENDMENT 1: Protocol for verification of validated
identification methods of microorganisms
Introduction (0.1), first paragraph
Replace the third sentence with:
The ISO 16140 series consists of several parts with the general title, Microbiology of the food chain — Method
validation:
Add the following text after the sixth list item:
— Part 7: Protocol for the validation of identification methods of microorganisms.
Introduction (0.1), sixth paragraph
Replace the reference to ISO 17468:2016, 3.5, with:
In the ISO 16140 series, reference methods include standardized reference (ISO and CEN) methods as
defined in ISO 17468:2023, 3.7, as a “reference method described in a standard”.
Introduction (0.1), tenth paragraph
Replace the first sentence with:
ISO 16140-6 and ISO 16140-7 are somewhat different from the other parts in the ISO 16140 series in that
they relate to very specific situations. ISO 16140-6 is restricted to the confirmation procedure of a method
to be validated [e.g. the biochemical confirmation of Enterobacteriaceae (see ISO 21528-2)].
Replace the verb “defines” with “specifies” in the fourth sentence:
The validation study in ISO 16140-6 clearly specifies the selective agar(s) from which strains can be
confirmed using the alternative confirmation method.
ISO 16140-3:2021/Amd.1:2025(en)
Introduction (0.1), Figure 2
Replace Figure 2 with:
Figure 2 — Use of validated alternative confirmation methods (see ISO 16140-6)
Introduction (0.1), Example
Number the example to Example 1:
EXAMPLE 1 An example application of a validated alternative confirmation method is as follows:
Introduction (0.1), after the last paragraph
Add the following text in the end of 0.1:
ISO 16140-7 addresses the validation of identification procedures (e.g. molecular identification using
multiplex PCR or DNA sequencing or mass spectrometry). ISO 16140-7 differs from the other parts in the
ISO 16140 series, as it is intended for microbial identification for which there is no reference method and,
therefore, it is not possible to run a method comparison study. The validation study in ISO 16140-7 specifies
the identification method principle, the identification database and algorithm when appropriate, and the
agar(s) from which strains can be identified. If properly characterized and successfully validated, the
identification method can only be validly used on strains recovered on the agars covered and shown to have
been acceptable within the validation study.
NOTE 3 Whole-genome sequencing (WGS) in accordance with ISO 23418 will eventually be a reference method
for all microorganisms, but the implementation of this technique is still at an early stage. Therefore, the use of WGS
cannot currently be requested as a reference method for a large panel of strains.
ISO 16140-7:2024, Figure 3, shows the possibilities where an alternative confirmation method validated
in accordance with ISO 16140-6 and an alternative identification method validated in accordance with
ISO 16140-7 can be applied within a reference method or an ISO 16140-2 validated detection or enumeration
method. The result provided by the ISO 16140-7 validated method can be considered as additional
information on the identity of the tested colony(ies); this result cannot be taken as a confirmation result.
When there is a discrepancy between the results of the ISO 16140-6 validated method and the ISO 16140-7
validated method, a root cause analysis is conducted. An ISO 16140-7 validated method can also be used to
identify colonies within methods that do not require a confirmation step.
ISO 16140-3:2021/Amd.1:2025(en)
If the identification method is also validated in accordance with ISO 16140-6, the same method can be used
for both, confirmation and identification.
When a confirmation method is used, it is possible to apply an identification method validated in accordance
with ISO 16140-7 for further identification.
EXAMPLE 2 An alternative confirmation method of Campylobacter genus can be validated in accordance with
ISO 16140-6 and compared to the mandatory confirmation procedure at the genus level described in ISO 10272-1.
The identification at the Campylobacter species level is optional in ISO 10272-1 and ISO 10272-2 and is therefore not
mandatory. In this instance, an identification method at the Campylobacter species level can be validated in accordance
with ISO 16140-7. If the method is validated by ISO 16140-6 and ISO 16140-7, it can be used for both confirmation and
identification purposes.
Introduction (0.2), second paragraph
Add the following text as the last list item:
— ISO 16140-7 for identification methods.
Clause 1, last paragraph
Add the following text before the last sentence:
The technical protocol for the verification of validated identification methods is described in Clause 9.
Clause 3
Add the following definitions:
3.22
agreement
identification agreement
method under validation study provides the same identification result as the assigned, i.e. original,
identification of the tested strain
[SOURCE: ISO 16140-7:2024, 3.2]
3.23
assigned identity
result of the microorganism identification displaying generally accepted molecular and/or biochemical
characteristics
[21]
EXAMPLE Bergey’s Manual of Systematics of Archaea and Bacteria.
[SOURCE: ISO 16140-7:2024, 3.3]
3.24
deviation
identification deviation
method under validation study does not provide the same identification result as the assigned, i.e. original,
identification of the tested strain
[SOURCE: ISO 16140-7:2024, 3.7]
ISO 16140-3:2021/Amd.1:2025(en)
3.25
identification method
method submitted for validation
method of analysis that provides the name (identity) of the microorganism (e.g. species or higher taxonomy
ranking level)
Note 1 to entry: The method can be non-proprietary or proprietary.
Note 2 to entry: The methods can be based on various principles (e.g. phenotypic and molecular principles).
Note 3 to entry: The identification of microorganisms can help for example in determining whether it is a safety
or spoilage concern, or is a specific technological or probiotic strain, or is likely to be resistant to an inactivation
treatment.
[SOURCE: ISO 16140-7:2024, 3.10]
Clause 8
Add a line to Table 16:
Identification method Panel of strains 100 % agreement
Clause 9
Add the following text:
9 Validated identification methods — Technical protocol for verification
9.1 General
The verification of validated identification methods only requires implementation verification. The sample
is an isolated colony on defined selective or non-selective agar plates.
9.2 Implementation verification
Implementation verification aims to demonstrate the competence of the user laboratory to perform the
validated identification method. This is achieved by its ability to obtain the expected results on an isolated
colony from specified selective or non-selective agar(s).
The user laboratory shall:
— review the validation data for the method (the validation data can be obtained from the alternative
methods validation report).
— select the selective agar plate(s) tested during the validation study that belongs within the scope of the
laboratory; if multiple selective agar plates were tested, a combination of all plates tested shall be used
in the implementation study; whenever possible and relevant for the scope of laboratory application, test
mainly the selective agar plate(s).
— use this selective agar plate(s) to perform implementation verification. If no selective agar plate was
tested, select and use one non-selective agar plate tested during the validation study to perform the
implementation verification.
NOTE 1 Selective agars can enable the recovery of microorganisms from specific clades, (i) family, (ii) genus or
group of species (e.g. Bacillus cereus group). In this document, “group of species” is substituted with “genus” to improve
readability. However, the word “genus” is interchangeable with “group of species”.
NOTE 2 Detailed examples on verification of a validated identification method are given in Annex G.
ISO 16140-3:2021/Amd.1:2025(en)
9.3 Experimental design
9.3.1 General
The set of strains to be tested depends on the scope of the validated method and the scope of laboratory
application. For the implementation verification, the number of strains to be tested is given in Table 17. The
number of strains to be tested depends on the scope of the validated identification to be verified and the
scope of the laboratory. If the identification method covers multiple families, genera and species, 15 strains
shall be tested and as much as possible from different families, genera and species. If the identification
method is restricted to multiple genera within one single family, 10 different strains shall be tested and
as much as possible from different genera and species. If the identification method is restricted to multiple
species within one single genus, 5 different strains shall be tested and as much as possible from different
species.
Select test strains able to recover on the tested selective agar(s).
Table 17 — Number of strains for implementation verification of validated identification methods
Scope of the validated identification method Number of strains to be tested
Species from multiple families and genera 15
Species from multiple genera within one family 10
Species from one genus 5
9.3.2 Strain selection
Strains can be from:
— culture collections;
— user laboratory collection;
— reference materials (including commercial reference materials, e.g. freeze-dried strains).
The selection of the strains shall be based on the strains tested in the validation study. Each strain shall
be characterized in sufficient detail for its assigned identity to be known using relevant phenotypic or
molecular tests. The method or the method principle used for the identification shall be known. The majority
should preferably originate from the (food) categories within th
...
Norme
internationale
ISO 16140-3
Première édition
Microbiologie de la chaîne
2021-01
alimentaire — Validation des
méthodes —
AMENDEMENT 1
2025-08
Partie 3:
Protocole pour la vérification dans
un seul laboratoire de méthodes
de référence et de méthodes
alternatives validées
AMENDEMENT 1: Protocole pour la
vérification des méthodes validées
d’identification des micro-organismes
Microbiology of the food chain — Method validation —
Part 3: Protocol for the verification of reference methods and
validated alternative methods in a single laboratory
AMENDMENT 1: Protocol for verification of validated
identification methods of microorganisms
Numéro de référence
ISO 16140-3:2021/Amd.1:2025(fr) © ISO 2025
ISO 16140-3:2021/Amd.1:2025(fr)
DOCUMENT PROTÉGÉ PAR COPYRIGHT
© ISO 2025
Tous droits réservés. Sauf prescription différente ou nécessité dans le contexte de sa mise en œuvre, aucune partie de cette
publication ne peut être reproduite ni utilisée sous quelque forme que ce soit et par aucun procédé, électronique ou mécanique,
y compris la photocopie, ou la diffusion sur l’internet ou sur un intranet, sans autorisation écrite préalable. Une autorisation peut
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ISO copyright office
Case postale 401 • Ch. de Blandonnet 8
CH-1214 Vernier, Genève
Tél.: +41 22 749 01 11
E-mail: copyright@iso.org
Web: www.iso.org
Publié en Suisse
ii
ISO 16140-3:2021/Amd.1:2025(fr)
Avant-propos
L’ISO (Organisation internationale de normalisation) est une fédération mondiale d’organismes nationaux
de normalisation (comités membres de l’ISO). L’élaboration des Normes internationales est en général
confiée aux comités techniques de l’ISO. Chaque comité membre intéressé par une étude a le droit de faire
partie du comité technique créé à cet effet. Les organisations internationales, gouvernementales et non
gouvernementales, en liaison avec l’ISO participent également aux travaux. L’ISO collabore étroitement avec
la Commission électrotechnique internationale (IEC) en ce qui concerne la normalisation électrotechnique.
Les procédures utilisées pour élaborer le présent document et celles destinées à sa mise à jour sont
décrites dans les Directives ISO/IEC, Partie 1. Il convient, en particulier, de prendre note des différents
critères d’approbation requis pour les différents types de documents ISO. Le présent document a
été rédigé conformément aux règles de rédaction données dans les Directives ISO/IEC, Partie 2 (voir
www.iso.org/directives).
L’ISO attire l’attention sur le fait que la mise en application du présent document peut entraîner l’utilisation
d’un ou de plusieurs brevets. L’ISO ne prend pas position quant à la preuve, à la validité et à l’applicabilité de
tout droit de brevet revendiqué à cet égard. À la date de publication du présent document, l’ISO n’avait pas
reçu notification qu’un ou plusieurs brevets pouvaient être nécessaires à sa mise en application. Toutefois,
il y a lieu d’avertir les responsables de la mise en application du présent document que des informations
plus récentes sont susceptibles de figurer dans la base de données de brevets, disponible à l’adresse
www.iso.org/brevets. L’ISO ne saurait être tenue pour responsable de ne pas avoir identifié tout ou partie de
tels droits de propriété.
Les appellations commerciales éventuellement mentionnées dans le présent document sont données pour
information, par souci de commodité, à l’intention des utilisateurs et ne sauraient constituer un engagement.
Pour une explication de la nature volontaire des normes, la signification des termes et expressions
spécifiques de l’ISO liés à l’évaluation de la conformité, ou pour toute information au sujet de l’adhésion de
l’ISO aux principes de l’Organisation mondiale du commerce (OMC) concernant les obstacles techniques au
commerce (OTC), voir www.iso.org/avant-propos.
Le présent document a été élaboré par le comité technique ISO/TC 34, Produits alimentaires, sous-comité SC 9,
Microbiologie, en collaboration avec le comité technique CEN/TC 463, Microbiologie de la chaîne alimentaire,
du Comité européen de normalisation (CEN) conformément à l’Accord de coopération technique entre l’ISO
et le CEN (Accord de Vienne).
Une liste de toutes les parties de la série ISO 16140 se trouve sur le site web de l’ISO.
Il convient que l’utilisateur adresse tout retour d’information ou toute question concernant le présent
document à l’organisme national de normalisation de son pays. Une liste exhaustive desdits organismes se
trouve à l’adresse www.iso.org/fr/members.html.
iii
ISO 16140-3:2021/Amd.1:2025(fr)
Microbiologie de la chaîne alimentaire — Validation des
méthodes —
Partie 3:
Protocole pour la vérification dans un seul laboratoire de
méthodes de référence et de méthodes alternatives validées
AMENDEMENT 1: Protocole pour la vérification des méthodes
validées d’identification des micro-organismes
Introduction (0.1), premier alinéa
Remplacer la troisième phrase par:
La série ISO 16140 comprend plusieurs parties ayant le titre général, Microbiologie de la chaîne alimentaire —
Validation des méthodes:
Ajouter le texte suivant après le sixième élément de liste:
— Partie 7: Protocole pour la validation de méthodes d’identification des micro-organismes.
Introduction (0.1), sixième alinéa
Remplacer la référence l’ISO 17468:2016, 3.5, par:
Dans la série ISO 16140, les méthodes de référence comprennent les méthodes de référence normalisées (ISO et
CEN) telles que définies dans l’ISO 17468:2023, 3.7, en tant que «méthode de référence décrite dans une norme».
Introduction (0.1), dixième alinéa
Remplacer la première phrase par:
L’ISO 16140-6 et l’ISO 16140-7 sont quelque peu différentes des autres parties de la série ISO 16140 car elles
concernent des situations très spécifiques.
L’ISO 16140-6 est limitée au mode opératoire de confirmation d’une méthode à valider [par exemple, la
confirmation biochimique des Enterobacteriaceae (voir l’ISO 21528-2)].
Remplacer le verbe «définit» par «spécifie» dans la quatrième phrase:
L’étude de validation de l’ISO 16140-6 spécifie clairement la ou les géloses sélectives à partir desquelles les
souches peuvent être confirmées en utilisant la méthode alternative de confirmation.
ISO 16140-3:2021/Amd.1:2025(fr)
Introduction (0.1), Figure 2
Remplacer la Figure 2 par:
Figure 2 — Utilisation de méthodes alternatives de confirmation (voir l’ISO 16140-6)
Introduction (0.1), Exemple
Numéroter l’exemple en tant qu’EXEMPLE 1:
EXEMPLE 1 Un exemple d’application d’une méthode alternative de confirmation validée est donné ci-après.
Introduction (0.1), après le dernier alinéa
Ajouter le texte suivant à la fin de 0.1:
L’ISO 16140-7 concerne la validation des modes opératoires d’identification (par exemple, identification
moléculaire par PCR multiplex, séquençage ADN ou spectrométrie de masse). L’ISO 16140-7 diffère des autres
parties de la série ISO 16140 car elle est conçue pour une identification microbienne pour laquelle il n’existe
pas de méthode de référence et, par conséquent, ne permet pas d’effectuer une étude de comparaison des
méthodes. L’étude de validation de l’ISO 16140-7 spécifie le principe de la méthode d’identification, la base
de données d’identification et l’algorithme d’identification, le cas échéant, ainsi que la ou les géloses à partir
desquelles les souches peuvent être identifiées. Si elle est correctement caractérisée et validée, la méthode
d’identification ne peut être utilisée avec fiabilité que sur les souches récupérées sur les géloses concernées
et jugées acceptables lors de l’étude de validation.
NOTE 3 Tôt ou tard, le séquençage de génome complet (SGC) selon l’ISO 23418 sera une méthode de référence pour
tous les micro-organismes, mais la mise en œuvre de cette technique en est encore à ses débuts. Par conséquent, il est
actuellement impossible d’exiger d’utiliser le SGC comme méthode de référence pour de nombreux types de souches.
La Figure 3 de l’ISO 16140-7:2024 illustre les possibilités pour qu’une méthode alternative de confirmation
validée conformément à l’ISO 16140-6 et une méthode alternative d’identification validée conformément à
l’ISO 16140-7 puissent être appliquées dans une méthode de référence ou dans une méthode de détection ou
de dénombrement validée de l’ISO 16140-2. Le résultat fourni par la méthode validée de l’ISO 16140-7 peut
être considéré comme un supplément d’informations concernant l’identité de la ou des colonies soumises
à essai; ce résultat ne peut pas être pris comme résultat de confirmation. En cas de divergence entre les
résultats de la méthode validée de l’ISO 16140-6 et ceux de la méthode validée de l’ISO 16140-7, une analyse
des causes doit être effectuée. Une méthode validée de l’ISO 16140-7 peut être également utilisée pour
identifier les colonies dans les méthodes qui ne nécessitent pas d’étape de confirmation.
ISO 16140-3:2021/Amd.1:2025(fr)
Si la méthode d’identification est également validée conformément à l’ISO 16140-6, cette même méthode
peut être utilisée à la fois pour la confirmation et l’identification.
Lorsqu’une méthode de confirmation est utilisée, il est possible d’appliquer une méthode d’identification
validée conformément à l’ISO 16140-7 pour une identification complémentaire.
EXEMPLE 2 Une méthode de confirmation alternative du genre Campylobacter peut être validée conformément
à l’ISO 16140-6 et comparée au mode opératoire de confirmation obligatoire au niveau du genre décrit dans
l’ISO 10272-1. L’identification au niveau de l’espèce Campylobacter est facultative dans l’ISO 10272-1 et l’ISO 10272-2.
Elle n’est donc pas obligatoire. Dans ce cas, une méthode d’identification au niveau de l’espèce Campylobacter peut être
validée conformément à l’ISO 16140-7. Si la méthode est validée conformément à l’ISO 16140-6 et à l’ISO 16140-7, elle
peut être utilisée à des fins de confirmation et d’identification.
Introduction (0.2), deuxième alinéa
Ajouter le texte suivant comme dernier élément de liste:
— l’ISO 16140-7 pour les méthodes d’identification.
Article 1, dernier alinéa
Ajouter le texte suivant avant la dernière phrase:
Le protocole technique pour la vérification de méthodes validées d’identification est décrit à l’Article 9.
Article 3
Ajouter les définitions suivantes:
3.22
accord
accord d’identification
méthode qui, dans le cadre d’une étude de validation, fournit le même résultat d’identification que l’identité
assignée, c’est-à-dire originale, de la souche soumise à essai
[SOURCE: ISO 16140-7:2024, 3.2]
3.23
identité assignée
résultat de l’identification du micro-organisme présentant des caractéristiques moléculaires et/ou
biochimiques généralement reconnues
[21]
EXEMPLE Manuel de systématique des archées et des bactéries de Bergey.
[SOURCE: ISO 16140-7:2024, 3.3]
3.24
déviation
déviation d’identification
méthode qui, dans le cadre d’une étude de validation, ne fournit pas le même résultat d’identification que
l’identité assignée, c’est-à-dire originale, de la souche soumise à essai
[SOURCE: ISO 16140-7:2024, 3.7]
ISO 16140-3:2021/Amd.1:2025(fr)
3.25
méthode d’identification
méthode soumise à validation
méthode d’analyse qui fournit le nom (l’identité) du micro-organisme (par exemple, l’espèce ou le rang
taxonomique supérieur)
Note 1 à l'article: La méthode peut être une méthode commerciale ou non.
Note 2 à l'article: Les méthodes peuvent être basées sur plusieurs principes (par exemple, principes phénotypiques et
moléculaires).
Note 3 à l'article: L’identification des micro-organismes peut aider à déterminer s’il s’agit d’un risque sanitaire ou
de contamination, de la présence d’une souche spécifique utilisée en biotechnologie ou d’un probiotique, ou de la
propension à la résistance à un traitement d’inactivation, par exemple.
[SOURCE: ISO 16140-7:2024, 3.10]
Article 8
Ajouter une ligne dans le Tableau 16:
Méthode d’identification Type de souches 100 % d’accord
Article 9
Ajouter le texte suivant:
9 Méthodes d’identification validées — Protocole technique pour la vérification
9.1 Généralités
La vérification de méthodes d’identification validées nécessite uniquement une vérification de la mise en
œuvre. L’échantillon est une colonie isolée sur des boîtes définies de gélose sélective ou non sélective.
9.2 Vérification de la mise en œuvre
La vérification de la mise en œuvre sert à prouver que le laboratoire utilisateur est capable d’appliquer
la méthode validée d’identification. Cela est prouvé par sa capacité à obtenir les résultats prévus sur une
colonie isolée sur une ou des géloses sélectives ou non sélectives spécifiées.
Le laboratoire utilisateur doit:
— examiner les données de validation de la méthode (les données de validation peuvent être obtenues à
partir du rapport de validation des méthodes alternatives).
— sélectionner la ou les boîtes de gélose sélective, soumises à essai pendant l’étude de validation, qui
appartiennent au domaine d’application du laboratoire; si plusieurs boîtes de gélose sélective ont été
soumises à essai, une combinaison de toutes les boîtes soumises à essai doit être utilisée lors de l’étude
de mise en œuvre; dans la mesure du possible et si cela est pertinent pour le domaine d’application du
laboratoire, soumettre à essai principalement la ou les boîtes de gélose sélective.
— utiliser cette ou ces boîtes de gélose sélective pour effectuer la vérification de la mise en œuvre. Si aucune
boîte de gélose sélective n’a été soumise à essai, sélectionner et utiliser une boîte de gélose non sélective
soumise à essai pendant l’étude de validation pour effectuer la vérification de mise en œuvre.
NOTE 1 Les géloses sélectives peuvent permettre de récupérer les micro-organismes de clades spécifiques, (i)
famille, (ii) genre ou groupe d’espèces (par exemple, groupe Bacillus cereus). Dans le présent document, «groupe
d’espèces» est remplacé par «genre» pour une meilleure compréhension. Toutefois, le mot «genre» peut être remplacé
par «groupe d’espèces».
ISO 16140-3:2021/Amd.1:2025(fr)
NOTE 2 L’Annexe G donne des exemples détaillés sur la vérification d’une méthode d’identification validée.
9.3 Protocole d’étude
9.3.1 Généralités
Le groupe de souches à soumettre à essai dépend du domaine d’application de la
...
FINAL DRAFT
Amendment
ISO 16140-3:2021/
FDAM 1
ISO/TC 34/SC 9
Microbiology of the food chain —
Secretariat: AFNOR
Method validation —
Voting begins on:
2025-05-29
Part 3:
Protocol for the verification of
Voting terminates on:
2025-07-24
reference methods and validated
alternative methods in a single
laboratory
AMENDMENT 1: Protocol for
verification of validated identification
methods of microorganisms
Microbiologie de la chaîne alimentaire — Validation des
méthodes —
Partie 3: Protocole pour la vérification dans un seul laboratoire
de méthodes de référence et de méthodes alternatives validées
AMENDEMENT 1: Protocole pour la vérification des méthodes
validées d’identification des micro-organismes
RECIPIENTS OF THIS DRAFT ARE INVITED TO SUBMIT,
WITH THEIR COMMENTS, NOTIFICATION OF ANY
RELEVANT PATENT RIGHTS OF WHICH THEY ARE AWARE
AND TO PROVIDE SUPPOR TING DOCUMENTATION.
IN ADDITION TO THEIR EVALUATION AS
BEING ACCEPTABLE FOR INDUSTRIAL, TECHNO-
ISO/CEN PARALLEL PROCESSING LOGICAL, COMMERCIAL AND USER PURPOSES, DRAFT
INTERNATIONAL STANDARDS MAY ON OCCASION HAVE
TO BE CONSIDERED IN THE LIGHT OF THEIR POTENTIAL
TO BECOME STAN DARDS TO WHICH REFERENCE MAY BE
MADE IN NATIONAL REGULATIONS.
Reference number
ISO 16140-3:2021/FDAM 1:2025(en) © ISO 2025
FINAL DRAFT
ISO 16140-3:2021/FDAM 1:2025(en)
Amendment
ISO 16140-3:2021/
FDAM 1
ISO/TC 34/SC 9
Microbiology of the food chain —
Secretariat: AFNOR
Method validation —
Voting begins on:
Part 3:
Protocol for the verification of
Voting terminates on:
reference methods and validated
alternative methods in a single
laboratory
AMENDMENT 1: Protocol for
verification of validated identification
methods of microorganisms
Microbiologie de la chaîne alimentaire — Validation des
méthodes —
Partie 3: Protocole pour la vérification dans un seul laboratoire
de méthodes de référence et de méthodes alternatives validées
AMENDEMENT 1: Protocole pour la vérification des méthodes
validées d’identification des micro-organismes
RECIPIENTS OF THIS DRAFT ARE INVITED TO SUBMIT,
WITH THEIR COMMENTS, NOTIFICATION OF ANY
RELEVANT PATENT RIGHTS OF WHICH THEY ARE AWARE
AND TO PROVIDE SUPPOR TING DOCUMENTATION.
© ISO 2025
IN ADDITION TO THEIR EVALUATION AS
All rights reserved. Unless otherwise specified, or required in the context of its implementation, no part of this publication may
BEING ACCEPTABLE FOR INDUSTRIAL, TECHNO-
ISO/CEN PARALLEL PROCESSING
LOGICAL, COMMERCIAL AND USER PURPOSES, DRAFT
be reproduced or utilized otherwise in any form or by any means, electronic or mechanical, including photocopying, or posting on
INTERNATIONAL STANDARDS MAY ON OCCASION HAVE
the internet or an intranet, without prior written permission. Permission can be requested from either ISO at the address below
TO BE CONSIDERED IN THE LIGHT OF THEIR POTENTIAL
or ISO’s member body in the country of the requester.
TO BECOME STAN DARDS TO WHICH REFERENCE MAY BE
MADE IN NATIONAL REGULATIONS.
ISO copyright office
CP 401 • Ch. de Blandonnet 8
CH-1214 Vernier, Geneva
Phone: +41 22 749 01 11
Email: copyright@iso.org
Website: www.iso.org
Published in Switzerland Reference number
ISO 16140-3:2021/FDAM 1:2025(en) © ISO 2025
ii
ISO 16140-3:2021/FDAM 1:2025(en)
Foreword
ISO (the International Organization for Standardization) is a worldwide federation of national standards
bodies (ISO member bodies). The work of preparing International Standards is normally carried out through
ISO technical committees. Each member body interested in a subject for which a technical committee
has been established has the right to be represented on that committee. International organizations,
governmental and non-governmental, in liaison with ISO, also take part in the work. ISO collaborates closely
with the International Electrotechnical Commission (IEC) on all matters of electrotechnical standardization.
The procedures used to develop this document and those intended for its further maintenance are described
in the ISO/IEC Directives, Part 1. In particular, the different approval criteria needed for the different types
of ISO document should be noted. This document was drafted in accordance with the editorial rules of the
ISO/IEC Directives, Part 2 (see www.iso.org/directives).
ISO draws attention to the possibility that the implementation of this document may involve the use of (a)
patent(s). ISO takes no position concerning the evidence, validity or applicability of any claimed patent
rights in respect thereof. As of the date of publication of this document, ISO had not received notice of (a)
patent(s) which may be required to implement this document. However, implementers are cautioned that
this may not represent the latest information, which may be obtained from the patent database available at
www.iso.org/patents. ISO shall not be held responsible for identifying any or all such patent rights.
Any trade name used in this document is information given for the convenience of users and does not
constitute an endorsement.
For an explanation of the voluntary nature of standards, the meaning of ISO specific terms and expressions
related to conformity assessment, as well as information about ISO’s adherence to the World Trade
Organization (WTO) principles in the Technical Barriers to Trade (TBT), see www.iso.org/iso/foreword.html.
This document was prepared by Technical Committee ISO/TC 34, Food products, Subcommittee SC 9,
Microbiology, in collaboration with the European Committee for Standardization (CEN) Technical Committee
CEN/TC 463, Microbiology of the food chain, in accordance with the Agreement on technical cooperation
between ISO and CEN (Vienna Agreement).
A list of all parts in the ISO 16140 series can be found on the ISO website.
Any feedback or questions on this document should be directed to the user’s national standards body. A
complete listing of these bodies can be found at www.iso.org/members.html.
iii
ISO 16140-3:2021/FDAM 1:2025(en)
Microbiology of the food chain — Method validation —
Part 3:
Protocol for the verification of reference methods and
validated alternative methods in a single laboratory
AMENDMENT 1: Protocol for verification of validated
identification methods of microorganisms
Introduction (0.1), first paragraph
Replace the third sentence with:
The ISO 16140 series consists of several parts with the general title, Microbiology of the food chain — Method
validation:
Add the following text after the sixth list item:
— Part 7: Protocol for the validation of identification methods of microorganisms.
Introduction (0.1), sixth paragraph
Replace the reference to ISO 17468:2016, 3.5, with:
In the ISO 16140 series, reference methods include standardized reference (ISO and CEN) methods as
defined in ISO 17468:2023, 3.7, as a “reference method described in a standard”.
Introduction (0.1), tenth paragraph
Replace the first sentence with:
ISO 16140-6 and ISO 16140-7 are somewhat different from the other parts in the ISO 16140 series in that
they relate to very specific situations. ISO 16140-6 is restricted to the confirmation procedure of a method
to be validated [e.g. the biochemical confirmation of Enterobacteriaceae (see ISO 21528-2)].
Replace the verb “defines” with “specifies” in the fourth sentence:
The validation study in ISO 16140-6 clearly specifies the selective agar(s) from which strains can be
confirmed using the alternative confirmation method.
ISO 16140-3:2021/FDAM 1:2025(en)
Introduction (0.1), Figure 2
Replace Figure 2 with:
Figure 2 — Use of validated alternative confirmation methods (see ISO 16140-6)
Introduction (0.1), Example
Number the example to Example 1:
EXAMPLE 1 An example application of a validated alternative confirmation method is as follows:
Introduction (0.1), after the last paragraph
Add the following text in the end of 0.1:
ISO 16140-7 addresses the validation of identification procedures (e.g. molecular identification using
multiplex PCR or DNA sequencing or mass spectrometry). ISO 16140-7 differs from the other parts in the
ISO 16140 series, as it is intended for microbial identification for which there is no reference method and,
therefore, it is not possible to run a method comparison study. The validation study in ISO 16140-7 specifies
the identification method principle, the identification database and algorithm when appropriate, and the
agar(s) from which strains can be identified. If properly characterized and successfully validated, the
identification method can only be validly used on strains recovered on the agars covered and shown to have
been acceptable within the validation study.
NOTE 3 Whole-genome sequencing (WGS) in accordance with ISO 23418 will eventually be a reference method
for all microorganisms, but the implementation of this technique is still at an early stage. Therefore, the use of WGS
cannot currently be requested as a reference method for a large panel of strains.
ISO 16140-7:2024, Figure 3, shows the possibilities where an alternative confirmation method validated
in accordance with ISO 16140-6 and an alternative identification method validated in accordance with
ISO 16140-7 can be applied within a reference method or an ISO 16140-2 validated detection or enumeration
method. The result provided by the ISO 16140-7 validated method can be considered as additional
information on the identity of the tested colony(ies); this result cannot be taken as a confirmation result.
When there is a discrepancy between the results of the ISO 16140-6 validated method and the ISO 16140-7
validated method, a root cause analysis is conducted. An ISO 16140-7 validated method can also be used to
identify colonies within methods that do not require a confirmation step.
ISO 16140-3:2021/FDAM 1:2025(en)
If the identification method is also validated in accordance with ISO 16140-6, the same method can be used
for both, confirmation and identification.
When a confirmation method is used, it is possible to apply an identification method validated in accordance
with ISO 16140-7 for further identification.
EXAMPLE 2 An alternative confirmation method of Campylobacter genus can be validated in accordance with
ISO 16140-6 and compared to the mandatory confirmation procedure at the genus level described in ISO 10272-1.
The identification at the Campylobacter species level is optional in ISO 10272-1 and ISO 10272-2 and is therefore not
mandatory. In this instance, an identification method at the Campylobacter species level can be validated in accordance
with ISO 16140-7. If the method is validated by ISO 16140-6 and ISO 16140-7, it can be used for both confirmation and
identification purposes.
Introduction (0.2), second paragraph
Add the following text as the last list item:
— ISO 16140-7 for identification methods.
Clause 1, last paragraph
Add the following text before the last sentence:
The technical protocol for the verification of validated identification methods is described in Clause 9.
Clause 3
Add the following definitions:
3.22
agreement
identification agreement
method under validation study provides the same identification result as the assigned, i.e. original,
identification of the tested strain
[SOURCE: ISO 16140-7:2024, 3.2]
3.23
assigned identity
result of the microorganism identification displaying generally accepted molecular and/or biochemical
characteristics
[21]
EXAMPLE Bergey’s Manual of Systematics of Archaea and Bacteria.
[SOURCE: ISO 16140-7:2024, 3.3]
3.24
deviation
identification deviation
method under validation study does not provide the same identification result as the assigned, i.e. original,
identification of the tested strain
[SOURCE: ISO 16140-7:2024, 3.7]
ISO 16140-3:2021/FDAM 1:2025(en)
3.25
identification method
method submitted for validation
method of analysis that provides the name (identity) of the microorganism (e.g. species or higher taxonomy
ranking level)
Note 1 to entry: The method can be non-proprietary or proprietary.
Note 2 to entry: The methods can be based on various principles (e.g. phenotypic and molecular principles).
Note 3 to entry: The identification of microorganisms can help for example in determining whether it is a safety
or spoilage concern, or is a specific technological or probiotic strain, or is likely to be resistant to an inactivation
treatment.
[SOURCE: ISO 16140-7:2024, 3.10]
Clause 8
Add a line to Table 16:
Identification method Panel of strains 100 % agreement
Clause 9
Add the following text:
9 Validated identification methods — Technical protocol for verification
9.1 General
The verification of validated identification methods only requires implementation verification. The sample
is an isolated colony on defined selective or non-selective agar plates.
9.2 Implementation verification
Implementation verification aims to demonstrate the competence of the user laboratory to perform the
validated identification method. This is achieved by its ability to obtain the expected results on an isolated
colony from specified selective or non-selective agar(s).
The user laboratory shall:
— review the validation data for the method (the validation data can be obtained from the alternative
methods validation report).
— select the selective agar plate(s) tested during the validation study that belongs within the scope of the
laboratory; if multiple selective agar plates were tested, a combination of all plates tested shall be used
in the implementation study; whenever possible and relevant for the scope of laboratory application, test
mainly the selective agar plate(s).
— use this selective agar plate(s) to perform implementation verification. If no selective agar plate was
tested, select and use one non-selective agar plate tested during the validation study to perform the
implementation verification.
NOTE 1 Selective agars can enable the recovery of microorganisms from specific clades, (i) family, (ii) genus or
group of species (e.g. Bacillus cereus group). In this document, “group of species” is substituted with “genus” to improve
readability. However, the word “genus” is interchangeable with “group of species”.
NOTE 2 Detailed examples on verification of a validated identification method are given in Annex G.
9.3 Experimental design
ISO 16140-3:2021/FDAM
...
Draft for ISO 16140-3:2021/FDAmd .1(en)
ISO/TC 34/SC 9/WG 3/N 1047
Project leader: Danièle Sohier (with support from: Pat Bird, Thomas Hammack)
Secretariat: NEN AFNOR
Date: 2025-03-1105-14
Microbiology of the food chain — Method validation —
Part 3:
Protocol for the verification of reference methods and validated
alternative methods in a single laboratory
AMENDMENT 1: Protocol for verification of validated identification
methods of microorganisms
Microbiologie de la chaîne alimentaire — Validation des méthodes —
Partie 3: Protocole pour la vérification dans un seul laboratoire de méthodes de référence et de méthodes
alternatives validées
AMENDEMENT 1: Protocole pour la vérification des méthodes validées d’identification des micro-organismes
FDIS stage
ISO 16140-3:2021/FDAmd 1(en)
All rights reserved. Unless otherwise specified, or required in the context of its implementation, no part of this publication
may be reproduced or utilized otherwise in any form or by any means, electronic or mechanical, including photocopying,
or posting on the internet or an intranet, without prior written permission. Permission can be requested from either ISO
at the address below or ISO’s member body in the country of the requester.
ISO copyright office
CP 401 • Ch. de Blandonnet 8
CH-1214 Vernier, Geneva
Phone: + 41 22 749 01 11
E-mail: copyright@iso.org
Website: www.iso.org
Published in Switzerland
ii
ISO 16140-3:2021/FDAmd 1(en)
Foreword
ISO (the International Organization for Standardization) is a worldwide federation of national standards
bodies (ISO member bodies). The work of preparing International Standards is normally carried out through
ISO technical committees. Each member body interested in a subject for which a technical committee has been
established has the right to be represented on that committee. International organizations, governmental and
non-governmental, in liaison with ISO, also take part in the work. ISO collaborates closely with the
International Electrotechnical Commission (IEC) on all matters of electrotechnical standardization.
The procedures used to develop this document and those intended for its further maintenance are described
in the ISO/IEC Directives, Part 1. In particular, the different approval criteria needed for the different types of
ISO document should be noted. This document was drafted in accordance with the editorial rules of the
ISO/IEC Directives, Part 2 (see www.iso.org/directives).
ISO draws attention to the possibility that the implementation of this document may involve the use of (a)
patent(s). ISO takes no position concerning the evidence, validity or applicability of any claimed patent rights
in respect thereof. As of the date of publication of this document, ISO had not received notice of (a) patent(s)
which may be required to implement this document. However, implementers are cautioned that this may not
represent the latest information, which may be obtained from the patent database available at
www.iso.org/patents. ISO shall not be held responsible for identifying any or all such patent rights.
Any trade name used in this document is information given for the convenience of users and does not
constitute an endorsement.
For an explanation of the voluntary nature of standards, the meaning of ISO specific terms and expressions
related to conformity assessment, as well as information about ISO’s adherence to the World Trade
Organization (WTO) principles in the Technical Barriers to Trade (TBT), see www.iso.org/iso/foreword.html.
This document was prepared by Technical Committee ISO/TC 34, Food products, Subcommittee SC 9,
Microbiology, in collaboration with the European Committee for Standardization (CEN) Technical Committee
CEN/TC 463, Microbiology of the food chain, in accordance with the Agreement on technical cooperation
between ISO and CEN (Vienna Agreement).
A list of all parts in the ISO 16140 series can be found on the ISO website.
Any feedback or questions on this document should be directed to the user’s national standards body. A
complete listing of these bodies can be found at www.iso.org/members.html.
iii
Microbiology of the food chain — Method validation —
Part 3:
Protocol for the verification of reference methods and validated
alternative methods in a single laboratory
AMENDMENT 1: Protocol for verification of validated identification
methods of microorganisms
Introduction (0.1), first paragraph
Replace the third sentence with:
The ISO 16140 series consists of several parts with the general title, Microbiology of the food chain — Method
validation:
Add the following text after the sixth list item:
— Part 7: Protocol for the validation of identification methods of microorganisms.
Introduction (0.1), sixth paragraph
Replace the reference to ISO 17468:2016, 3.5, with:
In the ISO 16140 series, reference methods include standardized reference (ISO and CEN) methods as defined
in ISO 17468:2023, 3.7, as a “reference method described in a standard”.
Introduction (0.1), tenth paragraph
Replace the first sentence with:
ISO 16140-6 and ISO 16140-7 are somewhat different from the other parts in the ISO 16140 series in that they
relate to very specific situations. ISO 16140-6 is restricted to the confirmation procedure of a method to be
validated [e.g. the biochemical confirmation of Enterobacteriaceae (see ISO 21528-2)].
Replace the verb “defines” with “specifies” in the fourth sentence:
The validation study in ISO 16140-6 clearly specifies the selective agar(s) from which strains can be confirmed
using the alternative confirmation method.
Introduction (0.1), Figure 2
Replace Figure 2 with:
ISO 16140-3:2021/FDAmd 1(en)
Figure 2 — Use of validated alternative confirmation methods (see ISO 16140-6)
Introduction (0.1), Example
Number the example to Example 1:
EXAMPLE 1 An example application of a validated alternative confirmation method is as follows:
Introduction (0.1), after the last paragraph
Add the following text in the end of 0.1:
ISO 16140-7 addresses the validation of identification procedures (e.g. molecular identification using
multiplex PCR or DNA sequencing or mass spectrometry). ISO 16140-7 differs from the other parts in the ISO
16140 series, as it is intended for microbial identification for which there is no reference method and,
therefore, it is not possible to run a method comparison study. The validation study in ISO 16140-7 specifies
the identification method principle, the identification database and algorithm when appropriate, and the
agar(s) from which strains can be identified. If properly characterized and successfully validated, the
identification method can only be validly used on strains recovered on the agars covered and shown to have
been acceptable within the validation study.
NOTE 3 Whole-genome sequencing (WGS) in accordance with ISO 23418 will eventually be a reference method for all
microorganisms, but the implementation of this technique is still at an early stage. Therefore, the use of WGS cannot
currently be requested as a reference method for a large panel of strains.
ISO 16140-7:2024, Figure 3, shows the possibilities where an alternative confirmation method validated in
accordance with ISO 16140-6 and an alternative identification method validated in accordance with ISO
16140-7 can be applied within a reference method or an ISO 16140-2 validated detection or enumeration
method. The result provided by the ISO 16140-7 validated method can be considered as additional
information on the identity of the tested colony(ies); this result cannot be taken as a confirmation result. When
there is a discrepancy between the results of the ISO 16140-6 validated method and the ISO 16140-7 validated
method, a root cause analysis is conducted. An ISO 16140-7 validated method can also be used to identify
colonies within methods that do not require a confirmation step.
ISO 16140-3:2021/FDAmd 1(en)
If the identification method is also validated in accordance with ISO 16140-6, the same method can be used
for both, confirmation and identification.
When a confirmation method is used, it is possible to apply an identification method validated in accordance
with ISO 16140-7 for further identification.
EXAMPLE 2 An alternative confirmation method of Campylobacter genus can be validated in accordance with ISO
16140-6 and compared to the mandatory confirmation procedure at the genus level described in ISO 10272-1. The
identification at the Campylobacter species level is optional in ISO 10272-1 and ISO 10272-2 and is therefore not
mandatory. In this instance, an identification method at the Campylobacter species level can be validated in accordance
with ISO 16140-7. If the method is validated by ISO 16140-6 and ISO 16140-7, it can be used for both confirmation and
identification purposes.
Introduction (0.2), second paragraph
Add the following text as the last list item:
— ISO 16140-7 for identification methods.
Clause 1, last paragraph
Add the following text before the last sentence:
The technical protocol for the verification of validated identification methods is described in Clause 9.
Clause 3
Add the following definitions:
3.22
agreement
identification agreement
method under validation study provides the same identification result as the assigned, i.e. original,
identification of the tested strain
[SOURCE: ISO 16140-7:2024, 3.2]
3.23
assigned identity
result of the microorganism identification displaying generally accepted molecular and/or biochemical
characteristics
[21]
EXAMPLE Bergey’s Manual of Systematics of Archaea and Bacteria.
[SOURCE: ISO 16140-7:2024, 3.3]
ISO 16140-3:2021/FDAmd 1(en)
3.24
deviation
identification deviation
method under validation study does not provide the same identification result as the assigned, i.e. original,
identification of the tested strain
[SOURCE: ISO 16140-7:2024, 3.7]
3.25
identification method
method submitted for validation
method of analysis that provides the name (identity) of the microorganism (e.g. species or higher taxonomy
ranking level)
Note 1 to entry: The method can be non-proprietary or proprietary.
Note 2 to entry: The methods can be based on various principles (e.g. phenotypic and molecular principles).
Note 3 to entry: The identification of microorganisms can help for example in determining whether it is a safety or
spoilage concern, or is a specific technological or probiotic strain, or is likely to be resistant to an inactivation treatment.
[SOURCE: ISO 16140-7:2024, 3.10]
Clause 8
Add a line to Table 16:
Identification method Panel of strains 100 % agreement
Clause 9
Add the following text:
9 Validated identification methods — Technical protocol for verification
9.1 General
The verification of validated identification methods only requires implementation verification. The sample is
an isolated colony on defined selective or non-selective agar plates.
9.2 Implementation verification
Implementation verification aims to demonstrate the competence of the user laboratory to perform the
validated identification method. This is achieved by its ability to obtain the expected results on an isolated
colony from specified selective or non-selective agar(s).
The user laboratory shall:
— review the validation data for the method (the validation data can be obtained from the alternative
methods validation report).
ISO 16140-3:2021/FDAmd 1(en)
— select the selective agar plate(s) tested during the validation study that belongs within the scope of the
laboratory; if multiple selective agar plates were tested, a combination of all plates tested shall be used in
the implementation study; whenever possible and relevant for the scope of laboratory application, test
mainly the selective agar plate(s).
— use this selective agar plate(s) to perform implementation verification. If no selective agar plate was
tested, select and use one non-selective agar plate tested during the validation study to perform the
implementation verification.
NOTE 1 Selective agars can enable the recovery of microorganisms from specific clades, (i) family, (ii) genus or group
of species (e.g. Bacillus cereus group). In this document, “group of species” is substituted with “genus” to improve
readability. However, the word “genus” is interchangeable with “group of species”.
NOTE 2 Detailed examples on verification of a validated identification method are given in Annex G.
9.3 Experimental design
9.3.1 General
The set of strains to be tested depends on the scope of the validated method and the scope of laboratory
application. For the implementation verification, the number of strains to be tested is given in Table 17. The
number of strains to be tested depends on the scope of the validated identification to be verified and the scope
of the laboratory. If the identification method covers multiple families, genera and species, 15 strains shall be
tested and as much as possible from different families, genera and species. If the identification method is
restricted to multiple genera within one single family, 10 different strains shall be tested and as much as
possible from different genera and species. If the identification method is restricted to multiple species within
one single genus, 5 different strains shall be tested and as much as possible from different species.
Select test strains able to recover on the tested selective agar(s).
Table 17 — Number of strains for implementation verification of validated identification methods
Scope of the validated identification method Number of strains to be tested
Species from multiple families and genera 15
Species from multiple genera within one family 10
Species from one genus 5
9.3.2 Strain selection
Strains can be from:
— culture collections;
— user laboratory collection;
— reference materials (including commercial reference materials, e.g. freeze-dried strains).
The selection of the strains shall be based on the strains tested in the validation study. Each strain shall be
characterized in sufficient detail for its assigned identity to be known using relevant phenotypic or molecular
tests. The method or the method principle used for the identification shall be known. Th
...
PROJET FINAL
Amendement
ISO 16140-3:2021/
FDAM 1
ISO/TC 34/SC 9
Microbiologie de la chaîne
Secrétariat: AFNOR
alimentaire — Validation des
Début de vote:
méthodes —
2025-05-29
Partie 3:
Vote clos le:
2025-07-24
Protocole pour la vérification dans
un seul laboratoire de méthodes
de référence et de méthodes
alternatives validées
AMENDEMENT 1: Protocole pour la
vérification des méthodes validées
d’identification des micro-organismes
Microbiology of the food chain — Method validation —
Part 3: Protocol for the verification of reference methods and
validated alternative methods in a single laboratory
AMENDMENT 1: Protocol for verification of validated
identification methods of microorganisms
LES DESTINATAIRES DU PRÉSENT PROJET SONT
INVITÉS À PRÉSENTER, AVEC LEURS OBSERVATIONS,
NOTIFICATION DES DROITS DE PROPRIÉTÉ DONT ILS
AURAIENT ÉVENTUELLEMENT CONNAISSANCE ET À
FOURNIR UNE DOCUMENTATION EXPLICATIVE.
OUTRE LE FAIT D’ÊTRE EXAMINÉS POUR
ÉTABLIR S’ILS SONT ACCEPTABLES À DES FINS
INDUSTRIELLES, TECHNOLOGIQUES ET COM-MERCIALES,
AINSI QUE DU POINT DE VUE DES UTILISATEURS, LES
PROJETS DE NORMES
TRAITEMENT PARALLÈLE ISO/CEN
INTERNATIONALES DOIVENT PARFOIS ÊTRE CONSIDÉRÉS
DU POINT DE VUE DE LEUR POSSI BILITÉ DE DEVENIR DES
NORMES POUVANT
SERVIR DE RÉFÉRENCE DANS LA RÉGLEMENTATION
NATIONALE.
Numéro de référence
ISO 16140-3:2021/FDAM 1:2025(fr) © ISO 2025
PROJET FINAL
ISO 16140-3:2021/FDAM 1:2025(fr)
Amendement
ISO 16140-3:2021/
FDAM 1
ISO/TC 34/SC 9
Microbiologie de la chaîne
Secrétariat: AFNOR
alimentaire — Validation des
Début de vote:
méthodes —
2025-05-29
Partie 3:
Vote clos le:
2025-07-24
Protocole pour la vérification dans
un seul laboratoire de méthodes
de référence et de méthodes
alternatives validées
AMENDEMENT 1: Protocole pour la
vérification des méthodes validées
d’identification des micro-organismes
Microbiology of the food chain — Method validation —
Part 3: Protocol for the verification of reference methods and
validated alternative methods in a single laboratory
AMENDMENT 1: Protocol for verification of validated
identification methods of microorganisms
LES DESTINATAIRES DU PRÉSENT PROJET SONT
INVITÉS À PRÉSENTER, AVEC LEURS OBSERVATIONS,
NOTIFICATION DES DROITS DE PROPRIÉTÉ DONT ILS
AURAIENT ÉVENTUELLEMENT CONNAISSANCE ET À
FOURNIR UNE DOCUMENTATION EXPLICATIVE.
DOCUMENT PROTÉGÉ PAR COPYRIGHT
OUTRE LE FAIT D’ÊTRE EXAMINÉS POUR
ÉTABLIR S’ILS SONT ACCEPTABLES À DES FINS
© ISO 2025 INDUSTRIELLES, TECHNOLOGIQUES ET COM-MERCIALES,
AINSI QUE DU POINT DE VUE DES UTILISATEURS, LES
Tous droits réservés. Sauf prescription différente ou nécessité dans le contexte de sa mise en œuvre, aucune partie de cette
PROJETS DE NORMES
TRAITEMENT PARALLÈLE ISO/CEN
INTERNATIONALES DOIVENT PARFOIS ÊTRE CONSIDÉRÉS
publication ne peut être reproduite ni utilisée sous quelque forme que ce soit et par aucun procédé, électronique ou mécanique,
DU POINT DE VUE DE LEUR POSSI BILITÉ DE DEVENIR DES
y compris la photocopie, ou la diffusion sur l’internet ou sur un intranet, sans autorisation écrite préalable. Une autorisation peut
NORMES POUVANT
être demandée à l’ISO à l’adresse ci-après ou au comité membre de l’ISO dans le pays du demandeur.
SERVIR DE RÉFÉRENCE DANS LA RÉGLEMENTATION
NATIONALE.
ISO copyright office
Case postale 401 • Ch. de Blandonnet 8
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Web: www.iso.org
Publié en Suisse Numéro de référence
ISO 16140-3:2021/FDAM 1:2025(fr) © ISO 2025
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ISO 16140-3:2021/FDAM 1:2025(fr)
Avant-propos
L’ISO (Organisation internationale de normalisation) est une fédération mondiale d’organismes nationaux
de normalisation (comités membres de l’ISO). L’élaboration des Normes internationales est en général
confiée aux comités techniques de l’ISO. Chaque comité membre intéressé par une étude a le droit de faire
partie du comité technique créé à cet effet. Les organisations internationales, gouvernementales et non
gouvernementales, en liaison avec l’ISO participent également aux travaux. L’ISO collabore étroitement avec
la Commission électrotechnique internationale (IEC) en ce qui concerne la normalisation électrotechnique.
Les procédures utilisées pour élaborer le présent document et celles destinées à sa mise à jour sont
décrites dans les Directives ISO/IEC, Partie 1. Il convient, en particulier, de prendre note des différents
critères d'approbation requis pour les différents types de documents ISO. Le présent document a
été rédigé conformément aux règles de rédaction données dans les Directives ISO/IEC, Partie 2 (voir
www.iso.org/directives).
L’ISO attire l’attention sur le fait que la mise en application du présent document peut entraîner l’utilisation
d’un ou de plusieurs brevets. L’ISO ne prend pas position quant à la preuve, à la validité et à l’applicabilité de
tout droit de propriété revendiqué à cet égard. À la date de publication du présent document, l’ISO n'avait pas
reçu notification qu’un ou plusieurs brevets pouvaient être nécessaires à sa mise en application. Toutefois,
il y a lieu d’avertir les responsables de la mise en application du présent document que des informations
plus récentes sont susceptibles de figurer dans la base de données de brevets, disponible à l'adresse
www.iso.org/brevets. L’ISO ne saurait être tenue pour responsable de ne pas avoir identifié tout ou partie de
tels droits de propriété.
Les appellations commerciales éventuellement mentionnées dans le présent document sont données pour
information, par souci de commodité, à l’intention des utilisateurs et ne sauraient constituer un engagement.
Pour une explication de la nature volontaire des normes, la signification des termes et expressions
spécifiques de l’ISO liés à l’évaluation de la conformité, ou pour toute information au sujet de l’adhésion de
l’ISO aux principes de l’Organisation mondiale du commerce (OMC) concernant les obstacles techniques au
commerce (OTC), voir www.iso.org/avant-propos.html.
Le présent document a été élaboré par le comité technique ISO/TC 34, Produits alimentaires, sous-comité SC 9,
Microbiologie, en collaboration avec le comité technique CEN/TC 463, Microbiologie de la chaîne alimentaire,
du comité européen de normalisation (CEN), conformément à l’Accord sur la coopération technique entre
l’ISO et le CEN (Accord de Vienne).
Une liste de toutes les parties de la série ISO 16140 se trouve sur le site web de l’ISO.
Il convient que l’utilisateur adresse tout retour d’information ou toute question concernant le présent
document à l’organisme national de normalisation de son pays. Une liste exhaustive desdits organismes se
trouve à l’adresse www.iso.org/fr/members.html.
iii
ISO 16140-3:2021/FDAM 1:2025(fr)
Microbiologie de la chaîne alimentaire — Validation des
méthodes —
Partie 3:
Protocole pour la vérification dans un seul laboratoire de
méthodes de référence et de méthodes alternatives validées
AMENDEMENT 1: Protocole pour la vérification des méthodes
validées d’identification des micro-organismes
Introduction (0.1), premier alinéa
Remplacer la troisième phrase par:
La série ISO 16140 comprend plusieurs parties ayant le titre général, Microbiologie de la chaîne alimentaire —
Validation des méthodes:
Ajouter le texte suivant après le sixième élément de liste:
— Partie 7: Protocole pour la validation de méthodes d’identification des micro-organismes.
Introduction (0.1), sixième alinéa
Remplacer la référence l’ISO 17468:2016, 3.5, par:
Dans la série ISO 16140, les méthodes de référence comprennent les méthodes de référence normalisées (ISO et
CEN) telles que définies dans l’ISO 17468:2023, 3.7, en tant que «méthode de référence décrite dans une norme».
Introduction (0.1), dixième alinéa
Remplacer la première phrase par:
L’ISO 16140-6 et l’ISO 16140-7 sont quelque peu différentes des autres parties de la série ISO 16140 car elles
concernent des situations très spécifiques.
L’ISO 16140-6 est limitée au mode opératoire de confirmation d’une méthode à valider [par exemple, la
confirmation biochimique des Enterobacteriaceae (voir l’ISO 21528-2)].
Remplacer le verbe «définit» par «spécifie» dans la quatrième phrase:
L'étude de validation de l’ISO 16140-6 spécifie clairement la ou les géloses sélectives à partir desquelles les
souches peuvent être confirmées en utilisant la méthode alternative de confirmation.
ISO 16140-3:2021/FDAM 1:2025(fr)
Introduction (0.1), Figure 2
Remplacer la Figure 2 par:
Figure 2 — Utilisation de méthodes alternatives de confirmation (voir l’ISO 16140-6)
Introduction (0.1), Exemple
Numéroter l’exemple en tant qu’EXEMPLE 1:
EXEMPLE 1 Un exemple d’application d’une méthode alternative de confirmation validée est donné ci-après.
Introduction (0.1), après le dernier alinéa
Ajouter le texte suivant à la fin de 0.1:
L’ISO 16140-7 concerne la validation des modes opératoires d’identification (par exemple, identification
moléculaire par PCR multiplex, séquençage ADN ou spectrométrie de masse). L’ISO 16140-7 diffère des autres
parties de la série ISO 16140 car elle est conçue pour une identification microbienne pour laquelle il n’existe
pas de méthode de référence et, par conséquent, ne permet pas d’effectuer une étude de comparaison des
méthodes. L'étude de validation de l’ISO 16140-7 spécifie le principe de la méthode d’identification, la base
de données d’identification et l’algorithme d’identification, le cas échéant, ainsi que la ou les géloses à partir
desquelles les souches peuvent être identifiées. Si elle est correctement caractérisée et validée, la méthode
d’identification ne peut être utilisée avec fiabilité que sur les souches récupérées sur les géloses concernées
et jugées acceptables lors de l’étude de validation.
NOTE 3 Tôt ou tard, le séquençage de génome complet (SGC) selon l’ISO 23418 sera une méthode de référence pour
tous les micro-organismes, mais la mise en œuvre de cette technique en est encore à ses débuts. Par conséquent, il est
actuellement impossible d’exiger d’utiliser le SGC comme méthode de référence pour de nombreux types de souches.
La Figure 3 de l’ISO 16140-7:2024 illustre les possibilités pour qu’une méthode alternative de confirmation
validée conformément à l’ISO 16140-6 et une méthode alternative d’identification validée conformément à
l’ISO 16140-7 puissent être appliquées dans une méthode de référence ou dans une méthode de détection ou
de dénombrement validée de l’ISO 16140-2. Le résultat fourni par la méthode validée de l’ISO 16140-7 peut
être considéré comme un supplément d’informations concernant l’identité de la ou des colonies soumises
à essai; ce résultat ne peut pas être pris comme résultat de confirmation. En cas de divergence entre les
résultats de la méthode validée de l’ISO 16140-6 et ceux de la méthode validée de l’ISO 16140-7, une analyse
des causes doit être effectuée. Une méthode validée de l’ISO 16140-7 peut être également utilisée pour
identifier les colonies dans les méthodes qui ne nécessitent pas d'étape de confirmation.
ISO 16140-3:2021/FDAM 1:2025(fr)
Si la méthode d’identification est également validée conformément à l’ISO 16140-6, cette même méthode
peut être utilisée à la fois pour la confirmation et l’identification.
Lorsqu’une méthode de confirmation est utilisée, il est possible d’appliquer une méthode d’identification
validée conformément à l’ISO 16140-7 pour une identification complémentaire.
EXEMPLE 2 Une méthode de confirmation alternative du genre Campylobacter peut être validée conformément
à l’ISO 16140-6 et comparée au mode opératoire de confirmation obligatoire au niveau du genre décrit dans
l’ISO 10272-1. L’identification au niveau de l’espèce Campylobacter est facultative dans l’ISO 10272-1 et l’ISO 10272-2.
Elle n’est donc pas obligatoire. Dans ce cas, une méthode d’identification au niveau de l’espèce Campylobacter peut être
validée conformément à l’ISO 16140-7. Si la méthode est validée conformément à l’ISO 16140-6 et à l’ISO 16140-7, elle
peut être utilisée à des fins de confirmation et d’identification.
Introduction (0.2), deuxième alinéa
Ajouter le texte suivant comme dernier élément de liste:
— l’ISO 16140-7 pour les méthodes d’identification.
Article 1, dernier alinéa
Ajouter le texte suivant avant la dernière phrase:
Le protocole technique pour la vérification de méthodes validées d’identification est décrit à l’Article 9.
Article 3
Ajouter les définitions suivantes:
3.22
accord
accord d’identification
méthode qui, dans le cadre d’une étude de validation, fournit le même résultat d’identification que l’identité
assignée, c’est-à-dire originale, de la souche soumise à essai
[SOURCE: ISO 16140-7:2024, 3.2]
3.23
identité assignée
résultat de l’identification du micro-organisme présentant des caractéristiques moléculaires et/ou
biochimiques généralement reconnues
[21]
EXEMPLE Manuel de systématique des archées et des bactéries de Bergey.
[SOURCE: ISO 16140-7:2024, 3.3]
3.24
déviation
déviation d’identification
méthode qui, dans le cadre d’une étude de validation, ne fournit pas le même résultat d’identification que
l’identité assignée, c’est-à-dire originale, de la souche soumise à essai
[SOURCE: ISO 16140-7:2024, 3.7]
ISO 16140-3:2021/FDAM 1:2025(fr)
3.25
méthode d’identification
méthode soumise à validation
méthode d’analyse qui fournit le nom (l’identité) du micro-organisme (par exemple, l’espèce ou le rang
taxonomique supérieur)
Note 1 à l'article: La méthode peut être une méthode commerciale ou non.
Note 2 à l'article: Les méthodes peuvent être basées sur plusieurs principes (par exemple, principes phénotypiques et
moléculaires).
Note 3 à l'article: L’identification des micro-organismes peut aider à déterminer s’il s’agit d’un risque sanitaire ou
de contamination, de la présence d’une souche spécifique utilisée en biotechnologie ou d’un probiotique, ou de la
propension à la résistance à un traitement d’inactivation, par exemple.
[SOURCE: ISO 16140-7:2024, 3.10]
Article 8
Ajouter une ligne dans le Tableau 16:
Méthode d’identification Type de souches 100 % d’accord
Article 9
Ajouter le texte suivant:
9 Méthodes d’identification validées — Protocole technique pour la vérification
9.1 Généralités
La vérification de méthodes d’identification validées nécessite uniquement une vérification de la mise en
œuvre. L’échantillon est une colonie isolée sur des boîtes définies de gélose sélective ou no
...
Questions, Comments and Discussion
Ask us and Technical Secretary will try to provide an answer. You can facilitate discussion about the standard in here.