ISO 16577:2016
(Main)Molecular biomarker analysis — Terms and definitions
Molecular biomarker analysis — Terms and definitions
ISO 16577:2016 gives the definition of terms used in the International Standards published in the frame of ISO/TC 34/SC 16.
Analyse moléculaire de biomarqueurs — Termes et définitions
ISO 16577:2016 donne les définitions de termes employés dans les Normes internationales publiées dans le cadre des travaux de l'ISO/TC 34/SC 16.
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INTERNATIONAL ISO
STANDARD 16577
First edition
2016-03-15
Molecular biomarker analysis —
Terms and definitions
Analyse moléculaire de biomarqueurs — Termes et définitions
Reference number
ISO 16577:2016(E)
©
ISO 2016
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ISO 16577:2016(E)
Contents Page
Foreword .iv
1 Scope . 1
2 Normative references . 1
3 Terms and definitions . 1
© ISO 2016 – All rights reserved iii
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ISO 16577:2016(E)
Foreword
ISO (the International Organization for Standardization) is a worldwide federation of national standards
bodies (ISO member bodies). The work of preparing International Standards is normally carried out
through ISO technical committees. Each member body interested in a subject for which a technical
committee has been established has the right to be represented on that committee. International
organizations, governmental and non-governmental, in liaison with ISO, also take part in the work.
ISO collaborates closely with the International Electrotechnical Commission (IEC) on all matters of
electrotechnical standardization.
The procedures used to develop this document and those intended for its further maintenance are
described in the ISO/IEC Directives, Part 1. In particular the different approval criteria needed for the
different types of ISO documents should be noted. This document was drafted in accordance with the
editorial rules of the ISO/IEC Directives, Part 2 (see www.iso.org/directives).
Attention is drawn to the possibility that some of the elements of this document may be the subject of
patent rights. ISO shall not be held responsible for identifying any or all such patent rights. Details of
any patent rights identified during the development of the document will be in the Introduction and/or
on the ISO list of patent declarations received (see www.iso.org/patents).
Any trade name used in this document is information given for the convenience of users and does not
constitute an endorsement.
For an explanation on the meaning of ISO specific terms and expressions related to conformity
assessment, as well as information about ISO’s adherence to the WTO principles in the Technical
Barriers to Trade (TBT) see the following URL: Foreword - Supplementary information
The committee responsible for this document is ISO/TC 34, Food products, Subcommittee SC 16,
Horizontal methods for molecular biomarker analysis.
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INTERNATIONAL STANDARD ISO 16577:2016(E)
Molecular biomarker analysis — Terms and definitions
1 Scope
This International Standard gives the definition of terms used in the International Standards published
in the frame of ISO/TC 34/SC 16.
2 Normative references
The following documents, in whole or in part, are normatively referenced in this document and are
indispensable for its application. For dated references, only the edition cited applies. For undated
references, the latest edition of the referenced document (including any amendments) applies.
ISO 13495, Foodstuffs — Principles of selection and criteria of validation for varietal identification methods
using specific nucleic acid
ISO/IEC Guide 99, International vocabulary of metrology — Basic and general concepts and associated
terms (VIM)
3 Terms and definitions
For the purposes of this document, the terms and definitions given in ISO 13495, ISO/IEC Guide 99 and
the following apply.
3.1
absolute error
result of a measurement minus a true value of the measurand
3.2
accordance
similarity of consistent results from a qualitative method (i.e. both positive or both negative) from
identical samples analyzed in the same laboratory in repeatability conditions
3.3
accuracy
accuracy of measurement
measurement accuracy
closeness of agreement between a measured quantity value and a true quantity value of a measurand
Note 1 to entry: The concept “measurement accuracy” is not a quantity and is not given a numerical quantity
value. A measurement is said to be more accurate when it offers a smaller measurement error.
Note 2 to entry: The term “measurement accuracy” should not be used for measurement trueness and the term
measurement precision should not be used for “measurement accuracy”, which, however, is related to both these
concepts.
Note 3 to entry: “Measurement accuracy” is sometimes understood as closeness of agreement between measured
quantity values that are being attributed to the measurand.
[SOURCE: ISO/IEC Guide 99:2007, 2.13]
3.4
allele
one of several alternate forms of a gene which occur at the same locus on homologous chromosomes
and which become separated during meiosis and can be recombined following fusion of gametes
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ISO 16577:2016(E)
3.5
allele competition
competitive phenomenon that results in the preferential amplification of one allelic sequence over
another in a heterozygous or mixed sample during the application of nucleic acid amplification
technologies such as PCR
[SOURCE: ISO 13495:2013, 3.6.1, modified]
3.6
allele frequency
frequency at which an allele appears on a specific locus in a population
[SOURCE: ISO 13495:2013, 3.6.2, modified]
3.7
amplicon
DNA sequence produced by a DNA-amplification technology, such as the PCR technique
[SOURCE: ISO 13495:2013, 3.3.1, modified]
3.8
analyte
component of a system to be analyzed
Note 1 to entry: AOI is Analyte of Interest.
3.9
annealing
pairing of complementary single strands of nucleic acids to form a double-stranded molecule
3.10
antibody
protein (immunoglobulin) produced and secreted by B lymphocytes in response to a molecule
recognised as foreign (antigen) and which is capable of binding to that specific antigen
Note 1 to entry: Immunoglobulin is the common synonym for antibody.
3.11
antibody selectivity
ability of an antibody to specifically bind to an antigenic determinant (epitope) but not to other similar
structures on that or other antigens
3.12
antigen
substance that is recognized as foreign by the immune system and elicits an immune response through
stimulating antibody production
3.13
applicability
analytes, matrices, and concentrations for which an analytical approach may be used satisfactorily
3.14
applicability range
range of quantification
range of linearity
dynamic range
upper and lower limits of quantification as expressed by a set of reference materials (or dilutions) with
a suitable level of precision and accuracy
3.15
background
intrinsic level of signal resulting from the instruments, reagents and consumables used in the reaction
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3.16
baseline
level of detection or the point at which a reaction reaches fluorescence or signal intensity above the
background level
3.17
bias
measurement bias
estimate of a systematic measurement error
[SOURCE: ISO/IEC Guide 99:2007, 2.18]
3.18
biotechnology-derived trait
see genetically engineered organism (3.73)
3.19
blocking reagent
compound used to saturate the residual unspecific binding sites
3.20
calibration
operation that, under specified conditions, in a first step, establishes a relation between the quantity
values with measurement uncertainties provided by measurement standards and corresponding
indications with associated measurement uncertainties, and in a second step, uses this information to
establish a relation for obtaining a measurement result from an indication
Note 1 to entry: A calibration may be expressed by a statement, calibration function, calibration diagram,
calibration curve, or calibration table. In some cases, it may consist of an additive or multiplicative correction of
the indication with associated measurement uncertainty.
Note 2 to entry: Calibration should not be confused with adjustment of a measuring system, often mistakenly
called “self-calibration”, nor with verification of calibration.
[SOURCE: ISO/IEC Guide 99:2007, 2.39, modified]
3.21
certified reference material
CRM
reference material, accompanied by documentation issued by an authoritative body and providing one
or more specified property values with associated uncertainties and traceability, using valid procedures
EXAMPLE Human serum with assigned quantity value for the concentration of cholesterol and associated
measurement uncertainty stated in an accompanying certificate, used as a calibrator or measurement trueness
control material.
Note 1 to entry: Documentation is given in the form of a “certificate” (see ISO/IEC Guide 30).
Note 2 to entry: Procedures for the production and certification of certified reference materials are given, e.g. in
ISO Guide 34 and ISO Guide 35.
Note 3 to entry: In this definition, “uncertainty” covers both “measurement uncertainty” and “uncertainty
associated with the value of the nominal property”, such as for identity and sequence. “Traceability” covers both
“metrological traceability of a value” and “traceability of a nominal property value”.
Note 4 to entry: ISO/REMCO has an analogous definition (Accred. Qual. Assur.:2006) but uses the modifiers
“metrological” and “metrologically” to refer to both quantity and nominal property.
[SOURCE: ISO/IEC Guide 99:2007, 5:14, modified]
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ISO 16577:2016(E)
3.22
clone
population of cells, generated by asexual reproduction, that are genetically identical and direct
descendants of a parent cell, derived from a single cell
3.23
collaborative trial
see interlaboratory study (3.84)
3.24
complementary sequence
complementarity is a property shared between two nucleic acid sequences, such that when they are
aligned antiparallel to each other, the nucleotide bases at each position will be complementary
3.25
concordance
similarity or agreement of results (i.e. both positive or both negative) from identical samples that are
analysed in two different laboratories in terms of qualitative analysis
3.26
construct-specific detection method
targets a specific combination of inserted DNA sequences (such as genes, promoters, terminators or
other genetic elements of interest) unique to biotechnology-derived organisms
3.27
conventional quantity value
conventional value of a quantity
conventional value
attributed by agreement to a quantity for a given purpose
EXAMPLE 1 Standard acceleration of free fall (formerly called “standard acceleration due to gravity”),
−2
g = 9,806 65 m·s .
n
-1
EXAMPLE 2 Conventional quantity value of the Josephson constant, K = 483 597,9 GHz V .
J-90
EXAMPLE 3 Conventional quantity value of a given mass standard, m = 100,003 47 g.
Note 1 to entry: The term “conventional true quantity” is sometimes used for the concept but its use is
discouraged.
Note 2 to entry: Sometimes, a conventional quantity value is an estimate of a true quantity value.
Note 3 to entry: A conventional quantity value is generally accepted as being associated with a suitably small
measurement uncertainty, which might be effectively considered to be zero.
[SOURCE: ISO/IEC Guide 99:2007, 2.12, modified]
3.28
copy number
number of molecules (copies) of a DNA sequence
3.29
critical value
value of the net concentration or amount, the exceeding of which leads, for a given error probability, α,
to the decision that the concentration or amount of the analyte in the analysed material is larger than
that in the blank material:
ˆ
Pr LL>=L 0 ≤α
()
C
where
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ˆ
is the estimated value;
L
L is the expectation or true value;
L is the critical value.
C
Note 1 to entry: The definition of critical value is important for defining the Limit of Detection (LOD). The critical
value L is estimated by L = t s , where t is Student’s-t, based on ν degrees of freedom for a one-sided
C C 1-αν o 1-αν
confidence interval of 1–α and s is the sample standard deviation.
o
If L is normally distributed with known variance, i.e. ν = ∞ with the default α of 0,05, L = 1,645s . A result falling
C o
below the L triggering the decision “not detected” should not be construed as demonstrating analyte absence.
C
3.30
cross-reactivity
degree to which binding occurs between an antibody and antigenic determinants which are not the
analyte of primary interest
3.31
cultivar
group of cultivated plants which may be clearly defined by morphological, physical, cytological,
chemical or other characteristics and which, after sexual or asexual reproduction, keeps its distinct
character
Note 1 to entry: The concept of “cultivar” is essentially different from the concept of the botanical variety
“varietas”, in that “cultivar” is an infraspecific division resulting from controlled selection, even if empirical;
“varietas” is an infraspecific division resulting from natural selection. The terms “cultivar” and “variety” (in
the sense of cultivated variety) are equivalent. In translations or adaptations of botanical nomenclature for
particular uses, the terms “cultivar” or “variety” (or their equivalents in other languages) may be used in text.
3.32
cycle threshold
C
t
in real-time quantitative PCR, the cycle at which the fluorescence from the reaction crosses a specified
threshold level at which the signal can be distinguished from background levels
3.33
denaturation
process of partial or total alteration of the native structure of a macromolecule resulting from the loss
of tertiary and/or secondary structure that is a consequence of the disruption of stabilizing weak bonds
EXAMPLE Denaturation can occur when proteins and nucleic acids are subjected to elevated temperature,
extremes of pH, non-physiological concentrations of salt, organic solvents, urea or other chemical agents.
3.34
denaturation of protein
physical and/or chemical treatment which destroys or modifies the structural, functional, enzymatic,
or antigenic properties of the protein of interest
3.35
denatured DNA
DNA that has been converted from double-stranded to a single-stranded form by a denaturation process
such as heating
3.36
deoxyribonuclease/ribonuclease
DNase/RNase
enzyme that catalyses the hydrolytic cleavage of deoxyribonucleic acid/ribonucleic acid that may
produce a single nucleotide residue by cleavage at the end of the chain or a polynucleotide by cleavage
at a position within the chain
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3.37
deoxyribonuclease/ribonuclease inhibitor
substance that either fully or partially blocks deoxyribonuclease/ribonuclease activity
3.38
deoxyribonucleic acid
DNA
polymer of deoxyribonucleotides occurring in double strand (dsDNA) or single strand (ssDNA) form
that is the carrier of genetic information, encoded in the sequence of bases (nitrogen containing ring
compounds that are either purines or pyrimidines), and is present in chromosomes and chromosomal
material of cell organelles as well as in plasmids and in viruses
3.39
deoxyribonucleotide triphosphate
dNTP
generic term referring to a deoxyribonucleotide that includes: deoxyadenosine nucleotide
triphosphate (dATP), deoxycytidine nucleotide triphosphate (dCTP), deoxyguanosine nucleotide
triphosphate (dGTP), deoxythymidine nucleotide triphosphate (dTTP) and deoxyuridine nucleotide
triphosphate (dUTP)
3.40
detection assay
procedure or method that is used to identify the presence of traits, microorganisms, pests or other
analytes in a biological sample
3.41
detection limit
limit of detection
measured quantity value, obtained by a given measurement procedure, for which the probability of
falsely claiming the absence of a component in a material is β, given a probability α of falsely claiming
its presence
Note 1 to entry: IUPAC recommends default values for α and β equal to 0,05.
Note 2 to entry: The abbreviation LOD is sometimes used.
Note 3 to entry: The term “sensitivity” is discouraged for this concept.
[SOURCE: ISO/IEC Guide 99:2007, 4.18, modified]
3.42
detection of PCR product
act of noting or discovering the existence of a PCR product by visualizing a fluorescent band (i.e.
ethidium bromide staining) on an agarose gel or with fluorescent probes in real-time PCR applications
or other approaches
3.43
dip stick test
see lateral flow membrane assay (3.90)
3.44
DNA extraction
sample treatment for the liberation and separation of DNA from other cellular components
3.45
DNA polymerase
enzyme that synthesizes DNA by catalysing the addition of deoxyribonucleotide residues to
the free 3’-hydroxyl end of a DNA molecular chain, starting from a mixture of the appropriate
triphosphorylated bases
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ISO 16577:2016(E)
3.46
DNA probe
short sequence of DNA labelled isotopically or chemically that is used for the detection of a
complementary nucleotide sequence
3.47
DNA purification
see nucleic acid purification (3.125)
3.48
DNA sequencer
gene sequencer
genetic analyser
apparatus used for determining the arrangement of the nucleotide bases (adenine, guanine, cytosine,
and thymine) in a molecule of DNA
3.49
DNA target
see target sequence (3.203)
3.50
electrophoresis
technique used for separating, identifying, and purifying molecules (e.g. plasmid DNA, DNA fragments
resulting from digestion, RNA, protein, and PCR products) based upon the differential movement of
charged particles through a matrix when subjected to an electric field
[SOURCE: ISO 13495:2013, 3.4.1, modified]
3.51
endogenous DNA sequence
defined reference DNA sequence native to a corresponding taxon
Note 1 to entry: The endogenous DNA sequence can be used to determine the quantity of genome equivalents of
the target taxon if the sequence is present in a constant copy number and does not show allelic variation among
cultivars of the target taxon.
3.52
end-point PCR
method where the amplicons are detected at the end of the PCR reaction, typically by gel electrophoresis
and the amplified product is visualized with a fluorescent dye
3.53
environment control
control used to demonstrate that no contamination from the environment was introduced to test samples
3.54
enzyme linked immunosorbent assay
ELISA
in vitro assay used for qualitative, semi-quantitative, or quantitative purposes that combines enzyme-
linked antibodies and a substrate to form a coloured or a fluorescence emitting reaction product
Note 1 to entry: Because of the presence of an antibody-linked enzyme, a colourless substrate can rapidly be
converted into a coloured product or a non-fluorescent substrate into an intensely fluorescent product.
3.55
error
error of measurement
measurement error
measured quantity value minus a reference quantity value
Note 1 to entry: The concept of “measurement error” can be used both
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ISO 16577:2016(E)
a) when there is a single reference quantity value to refer to, which occurs if a calibration is made by means of
a measurement standard with a measured quantity value having a negligible measurement uncertainty or if
a conventional quantity value is given, in which case the measurement error is known, and
b) if a measurand is supposed to be represented by a unique true quantity value or a set of true quantity values
of negligible range, in which case the measurement error is not known.
Note 2 to entry: Measurement error should not be confused with production error or mistake.
[SOURCE: ISO/IEC Guide 99:2007, 2.16]
3.56
event
transgene construct and its unique site of insertion into a genome
3.57
event-specific method
detection method that targets DNA sequences at the integration site unique to a specific
transformation event
3.58
exonuclease
enzyme that hydrolyses (cleaves) terminal phosphodiester bonds of a nucleic acid
3.59
expanded measurement uncertainty
expanded uncertainty
product of a combined standard measurement uncertainty and a factor larger than the number one
Note 1 to entry: The factor depends upon the type of probability distribution of the output quantity in a
measurement model and on the selected coverage probability.
Note 2 to entry: The term factor in this definition refers to a coverage factor.
Note 3 to entry: Expanded measurement uncertainty is termed “overall uncertainty” in Recommendation INC-1
(1980), paragraph 5 (see ISO/IEC Guide 98-3) and simply “uncertainty” in IEC documents.
3.60
external amplification control
spiked amplification control
DNA added to an aliquot of the extracted nucleic acid in a defined amount or copy number serving as a
control for amplification in nucleic acid-based reactions
3.61
extraction blank control
reagent blank
negative control reaction generated by performing all required steps in an extraction procedure except
for the addition of the test portion
EXAMPLE By substitution of water for the test portion.
Note 1 to entry: This control is used to demonstrate the absence of contamination during extraction.
3.62
false negative
error of failing to reject a null hypothesis when it is in fact not true
3.63
false negative rate
probability that a known positive test sample has been classified as negative by the method
Note 1 to entry: The false negative rate is the number of misclassified known positives divided by the total
number of positive test samples.
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# of misclassified known positivve samples total
% false negative results = × 100
# of positive test results (including miscclassified)
3.64
false positive
error of rejecting a null hypothesis when it is actually true
3.65
false positive rate
probability that a known negative test sample has been classified as positive by the method
Note 1 to entry: The false positive rate is the number of misclassified known negatives divided by the total
number of negative test samples.
# of misclassified known negativve samples total
% false positive results = × 100
# of negative test results (including miscclassified)
3.66
fitness for purpose
applicability of a prescribed method or the degree to which data produced by a measurement process
enables a user to make technically and administratively correct decisions for a stated purpose
3.67
fluorescence resonance energy transfer
FRET
distance dependent energy transfer from a donor molecule to an acceptor molecule resulting in
enhanced fluorescence of the acceptor molecule after excitation with electromagnetic radiation of a
defined wave length
3.68
fluorescent probe
oligonucleotide or oligonucleotide analogue of defined sequence coupled with one or more fluorescent
molecules emitting a fluorescent signal after specific hybridization to the target nucleic acid sequence
which can be detected by the specific equipment
3.69
fluorophore
molecule with a functional group that absorbs energy of a specific wavelength and re-emits energy
at a different (but equally specific) wavelength dependent on both the fluorophore and the chemical
environment
3.70
forward flow
principle of material/sample handling applied to ensure that laboratory samples, raw and processed
test portions remain physically segregated during the entire procedure
3.71
genetic engineering
genetic modification
selective, deliberate alteration of genes (genetic material) by means of recombinant DNA technology
3.72
genetically engineered content
GE content
measured value that identifies and quantifies levels of genetically engineered (GE) traits or GE-derived
material in a product
Note 1 to entry: Generally, the GE content is estimated by analyte detection, identification and quantification.
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ISO 16577:2016(E)
3.73
genetically engineered organism
GEO
genetically modified organism
GMO
organism in which the genetic material has been changed through modern biotechnology in a way that
does not occur naturally by multiplication and/or natural recombination
3.74
good laboratory practice
set of rules and regulations issued by an authoritative body or standards organization, or generally
agreed upon best practices for laboratory operation, that establishes broad methodological guidelines
for procedures and record keeping
3.75
HorRat
ratio of the reproducibility relative standard deviation to that calculated from the Horwitz equation
–0,15
Note 1 to entry: Predicted relative standard deviation (PRSD) =2C
R
HorRat = RSD /PRSD
RR R
HorRat = RSD /PRSD
rr R
Note 2 to entry: If applied to within-laboratory studies, the normal range of HorRat(r) is 0,30 – 1,30.
–6
Note 3 to entry: To check proper calculation of PRSDR, a C of 10 should give a PRSDR of 16 %. C is concentration
expressed as a mass fraction (both numerator and denominator expressed in the same units). The HorRat is
indicative of method performance for a large majority of methods in chemistry. Normal values lie between 0,50
and 2,00.
3.76
hot-start PCR
method that uses a thermostable DNA polymerase enzyme which becomes activated at a specific
temperature through an initial heating step to reduce non-specific amplification
3.77
hybridization
non-covalent sequence-specific interaction of two complementary nucleic acid sequences (either RNA
and/or DNA) under an appropriate set of reaction conditions to give a double-stranded molecule
3.78
hybridization probe
fragment of DNA/RNA of variable length which is used to detect the presence of nucleotide sequences
(the target) that are complementary to the nucleotide sequence in the probe
3.79
hydrolysis probe
fluorescent probe coupled with two fluorescent molecules which are separated by enzyme activity
during the amplification process
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ISO 16577:2016(E)
Step 1) Unhybridized probe in solution Step 2) Cleavage of the hybridized probe
Step 3) Cleaved probe resulting in reporter fluorescence after excitation
Key
1 enzyme
Q quenching molecule
R fluorescent molecule
Figure 1 — Hydrolysis probe schematic
3.80
identification assay
procedure or method that is used to identify a single organism, trait, analyte, or pest at a specified
taxonomic level
Note 1 to entry: See also detection assay (3.40).
3.81
identity preservation
process or system of maintaining the segregation and documenting the identity of a product
3.82
inhibition control
sample that enables the analyst to check that there has been no inhibition affecting the results of a DNA
amplification assay
Note 1 to entry: This amplicon may or may not be different from the target fragment. An inhibition control makes
it possible to unambiguously interpret a negative result (highlighting the false negatives obtained in the presence
of inhibitors). There are two possible types of inhibition control:
— internal inhibition control: amplicon acting as an internal control and obtained during the amplification
reaction of the target fragment by adding DNA and/or primers. This amplicon is clearly different from the
target fragment;
— external inhibition control: amplicon acting as an external control, obtained through a separate amplification
reaction to that of the target fragment (i.e. in a different reaction tube).
3.83
integration-border region
junction region where one element originates from the host organism and the other originates from the
DNA introduced during transformation
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ISO 16577:2016(E)
3.84
interlaboratory study
study where laboratories measure a quantity in one or more “identical” portions of homogeneous,
stable materials under documented conditions, the results of which are compiled
Note 1 to entry: The larger the number of participating laboratories, the greater the confidence that can be
placed in the resulting estimates of the statistical parameters. The IUPAC-1987 protocol requires a minimum of
eight laboratories for method performance studies (Pure & Appl. Chem., 66, 1903–
...
DRAFT INTERNATIONAL STANDARD
ISO/DIS 16577
ISO/TC 34/SC 16 Secretariat: ANSI
Voting begins on: Voting terminates on:
2014-07-07 2014-10-07
Molecular biomarker analysis — Terms and definitions
Analyse moléculaire de biomarqueurs — Termes et définitions
ICS: 67.050
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FOR COMMENT AND APPROVAL. IT IS
THEREFORE SUBJECT TO CHANGE AND MAY
NOT BE REFERRED TO AS AN INTERNATIONAL
STANDARD UNTIL PUBLISHED AS SUCH.
IN ADDITION TO THEIR EVALUATION AS
BEING ACCEPTABLE FOR INDUSTRIAL,
TECHNOLOGICAL, COMMERCIAL AND
USER PURPOSES, DRAFT INTERNATIONAL
STANDARDS MAY ON OCCASION HAVE TO
BE CONSIDERED IN THE LIGHT OF THEIR
POTENTIAL TO BECOME STANDARDS TO
WHICH REFERENCE MAY BE MADE IN
Reference number
NATIONAL REGULATIONS.
ISO/DIS 16577:2014(E)
RECIPIENTS OF THIS DRAFT ARE INVITED
TO SUBMIT, WITH THEIR COMMENTS,
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RIGHTS OF WHICH THEY ARE AWARE AND TO
©
PROVIDE SUPPORTING DOCUMENTATION. ISO 2014
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Violators may be prosecuted.
ii © ISO 2014 – All rights reserved
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ISO/DIS 16577
Contents Page
Foreword .v
1 Scope .1
2 Normative references .1
3 Terms and definitions .1
iv © ISO 2014 – All rights reserved
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ISO/DIS 16577
Foreword
ISO (the International Organization for Standardization) is a worldwide federation of national standards bodies
(ISO member bodies). The work of preparing International Standards is normally carried out through ISO
technical committees. Each member body interested in a subject for which a technical committee has been
established has the right to be represented on that committee. International organizations, governmental and
non-governmental, in liaison with ISO, also take part in the work. ISO collaborates closely with the
International Electrotechnical Commission (IEC) on all matters of electrotechnical standardization.
International Standards are drafted in accordance with the rules given in the ISO/IEC Directives, Part 2.
The main task of technical committees is to prepare International Standards. Draft International Standards
adopted by the technical committees are circulated to the member bodies for voting. Publication as an
International Standard requires approval by at least 75 % of the member bodies casting a vote.
Attention is drawn to the possibility that some of the elements of this document may be the subject of patent
rights. ISO shall not be held responsible for identifying any or all such patent rights.
ISO 16577 was prepared by Technical Committee ISO/TC 34, Food products, Subcommittee SC 16,
Horizontal methods for molecular biomarker analysis.
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DRAFT INTERNATIONAL STANDARD ISO/DIS 16577
Molecular Biomarker Analysis — Terms and definitions
1 Scope
This Standard gives the definition of terms used in the International Standards published in the frame of
ISO/TC 34/SC 16. It may also be useful for other methods.
2 Normative references
The following referenced documents are indispensable for the application of this document. For dated
references, only the edition cited applies. For undated references, the latest edition of the referenced
document (including any amendments) applies.
ISO 3534-2: 2006, Statistics -- Vocabulary and symbols -- Part 2: Applied statistics
ISO 21572:2013, Foodstuffs -- Molecular biomarker analysis -- Protein-based methods
ISO 13495:2013, Foodstuffs – Molecular biomarker analysis -- Principles of selection and criteria of validation
for varietal identification methods using specific nucleic acid
3 Terms and definitions
For the purposes of this document, the following terms and definitions apply.
3.1
absolute error
result of a measurement minus a true value of the measurand
3.2
accordance
similarity of consistent results (i.e. both positive or both negative) from identical samples analyzed in the same
laboratory in repeatability conditions in terms of qualitative method
3.3
accuracy
closeness of agreement between a test result or measurement result and a reference value
NOTE The term "accuracy," when applied to a set of test results or measurement results, involves a combination of
random components and a common systematic error or bias component.
NOTE When applied to a test method, the term accuracy refers to a combination of trueness and precision.
3.4
allele
competitive phenomenon that results in the preferential amplification of one allelic sequence over another in a
heterozygous or mixed sample during the application of nucleic acid amplification technologies such as PCR
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ISO/DIS 16577
3.5
allele competition
competitive phenomenon that results in the preferential amplification of one allelic sequence over another in a
heterozygous or mixed sample during the application of nucleic acid amplification technologies such as PCR
NOTE Adapted from ISO 13495:2013
3.6
allele frequency
frequency at which an allele appears on a specific locus in a population
NOTE Adapted from ISO 13495:2013
3.7
amplicon
DNA sequence produced by a DNA-amplification technology, such as the PCR technique.
NOTE Adapted from ISO 13495:2013
3.8
analyte
component of a system to be analyzed
3.9
annealing
pairing of complementary single strands of nucleic acids to form a double stranded molecule
3.10
antibody
protein produced by B lymphocytes that recognizes a particular foreign 'antigen', and thus triggers an immune
response
NOTE Immunoglobulin is the common synonym for antibody
3.11
antibody selectivity
ability of an antibody to specifically bind to an antigenic determinant but not to other similar structures on that
or other antigens
3.12
antigen
substance that is recognized as foreign by the immune system and elicits an immune response through
stimulating antibody production
3.13
applicability
analytes, matrices, and concentrations for which an analytical approach may be used satisfactorily
3.14
applicability range
range of quantification
range of linearity
dynamic range
upper and lower limits of quantification as expressed by a set of reference materials (or dilutions) with a
suitable level of precision and accuracy
3.15
background
intrinsic level of signal resulting from the instruments, reagents and consumables used in the reaction
2 © ISO 2014 – All rights reserved
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ISO/DIS 16577
3.16
baseline
level of detection or the point at which a reaction reaches fluorescence or signal intensity above the
background level
3.17
bias
difference between the expectation of the test result or measurement result and the true value
NOTE Bias is the total systematic error as contrasted to random error. There may be one or more systematic error
components contributing to bias. A larger systematic difference from the accepted reference value is reflected by a larger
bias value. The bias of a measuring instrument is normally estimated by averaging the error of indication over the
appropriate number of repeated measurements. The error of indication is the: “indication of a measuring instrument minus
a true value of the corresponding input quantity”.
3.18
biotechnology-derived trait
see genetically engineered organism
3.19
blocking reagent
compound used to saturate the residual unspecific binding sites
3.20
calibration
operation that, under specified conditions, in a first step, establishes a relation between the values with
measurement uncertainties provided by measurement standards and corresponding indications with
associated measurement uncertainties, and in a second step uses this information to establish a relation for
obtaining a measurement result from an indication.
NOTE A calibration may be expressed by a statement, calibration function, calibration diagram, calibration curve, or
calibration table. In some cases it may consist of an additive or multiplicative correction of the indication with associated
measurement uncertainty.
3.21
certified reference material
CRM
reference material accompanied by documentation issued by an authoritative body and providing one or more
specified property values with associated uncertainties and traceability, using valid procedures
NOTE Documentation is given in the form of a “certificate” (see ISO guide 30:1992). Procedures for the production
and certification of certified reference materials are given, e.g. in ISO Guide 34 and ISO Guide 35.“Uncertainty” covers
both measurement uncertainty and uncertainty associated with the value of the nominal property, such as for identity and
sequence. Traceability covers both metrological traceability of a value and traceability of a nominal property value.
3.22
clone
population of cells, generated by asexual reproduction, that are genetically identical and direct descendents of
a parent cell, derived from a single cell
3.23
collaborative trial
see inter-laboratory study
3.24
complementary sequence
complementarity is a property shared between two nucleic acid sequences,such that when they are aligned
antiparallel to each other, the nucleotide bases at each position will be complementary
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ISO/DIS 16577
3.25
concordance
similarity or agreement of results (i.e. both positive or both negative) from identical samples that are analyzed
in two different laboratories in terms of qualitative analysis
EXAMPLE Conjugates of antibodies with fluorochromes (or fluorophores; chemical entity, such as a molecule or
group, that emits light that is in response to being stimulated by absorption of incident light), radiolabelled substances,
gold or enzymes are often used in immunoassays.
3.26
construct-specific detection method
method which targets a combination of inserted DNA sequences (such as genes, promoters, terminators or
other genetic elements of interest) unique to biotechnology-derived organisms
3.27
conventional quantity value
quantity value attributed by agreement to a quantity for a given purpose
NOTE Sometimes a conventional quantity value is an estimate of a true quantity value. The term “conventional true
quantity value” is sometimes used for this concept. A conventional quantity value is generally accepted as being
associated with a suitably small measurement uncertainty, which might be effectively considered to be zero.
3.28
copy number
number of molecules (copies) of a DNA sequence.
3.29
critical value
value of the net concentration or amount, the exceeding of which leads, for a given error probability, α, to the
decision that the concentration or amount of the analyte in the analyzed material is larger than that in the
blank material:
ˆ
PrLL L 0
C
ˆ
Where L is the estimated value, L is the expectation or true value and L is the critical value.
C
NOTE The definition of critical value is important for defining the Limit of Detection (LOD). The critical value L is
C
estimated by LC = t1-ανso,
Where t is Student's-t, based on ν degrees of freedom for a one-sided confidence interval of 1–α and s is the sample
1-αν o
standard deviation.
If L is normally distributed with known variance, i.e. ν = ∞ with the default α of 0.05, L = 1.645s . A result falling below the
C o
LC triggering the decision “not detected” should not be construed as demonstrating analyte absence.
3.30
cross-reactivity
degree to which binding occurs between an antibody and antigenic determinants which are not the analyte of
primary interest
3.31
cry proteins
class of proteins produced by Bacillus thuringiensis (B.t.) bacteria (or plants into which a Bt gene has been
inserted) that are toxic to certain categories of insects such as corn borers (e.g., Ostrinia nubilalis), corn
rootworms (Diabrotica virgifera virgifera), armyworms (e.g., Spodoptera frugiperda), black cutworms (Agostis
ipsilon), velvetbean caterpillar (Anticarsia gemmatalis), mosquitoes, black flies, tobacco hornworm, some
types of beetles, etc.), but harmless to mammals and most beneficial insects
4 © ISO 2014 – All rights reserved
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ISO/DIS 16577
3.32
cultivar
group of cultivated plants which may be clearly defined by morphological, physical, cytological, chemical or
other characteristics and which, after sexual or asexual reproduction keeps its distinct character
NOTE The concept of "cultivar" is essentially different fromt he concept of the botanical variety "varietas", in that –
"cultivar" is an infraspecific division resulting from controlled selection, even if empirical; - "varietas" is an infraspecific
division resulting from natural selection. The terms "cultivar" and "variety" (in the sense of cultivvated variety) are
equivelant. In translations or adaptations of botanical nomenclature for particular uses, the terms "cultivar" or "variety" (or
their equivalents in other languages) may be used in text.
NOTE The names of botanical varieties and species are always in Latin form and are governece by botanical
nomenclature.
3.33
cycle threshold
C
t
in real-time quantitative PCR, the cycle at which the fluorescence from the reaction crosses a specified
threshold level at which the signal can be distinguished from background levels
3.34
denaturation
process of partial or total alteration of the native structure of a macromolecule resulting from the loss of tertiary and/or
secondary structure that is a consequence of the disruption of stabilizing weak bonds
EXAMPLE Denaturation can occur when proteins and nucleic acids are subjected to elevated temperature, extremes
of pH, non-physiological concentrations of salt, organic solvents, urea or other chemical agents.
3.35
denatured DNA
DNA that has been converted from double-stranded to a single-stranded form by a denaturation process such
as heating
3.36
denaturation of protein
physical and/or chemical treatment which destroys or modifies the structural, functional, enzymatic, or
antigenic properties of the protein of interest
3.37
deoxyribonuclease/ribonuclease
enzyme of the hydrolase class that catalyzes the hydrolytic cleavage of deoxyribonucleic acid/ribonucleic acid
that may produce a single nucleotide residue by cleavage at the end of the chain or a polynucleotide by
cleavage at a position within the chain, also referred to as DNAse/RNase
3.38
deoxyribonuclease/ribonuclease inhibitor
substance that either fully or partially blocks deoxyribonuclease/ribonuclease activity
3.39
deoxyribonucleic acid
DNA
polymer of deoxyribonucleotides occurring in double strand (dsDNA) or single strand (ssDNA) form that is the
carrier of genetic information, encoded in the sequence of bases (nitrogen containing ring compounds that are
either purines or pyrimidines); and is present in chromosomes and chromosomal material of cell organelles as
well as in plasmids and in viruses
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ISO/DIS 16577
3.40
deoxyribonucleotide triphosphate
dNTP
generic term referring to the four deoxyribonucleotides: deoxyadenosine nucleotide triphosphate (dATP) ,
deoxycytidine nucleotide triphosphate (dCTP), deoxyguanosine nucleotide triphosphate (dGTP), and
deoxythymidine nucleotide triphosphate (dTTP)
3.41
detection assay
procedure or method that is used to identify the presence of traits, microorganisms, pests or other analytes in
a biological sample, conducted at a specified taxonomic level
3.42
detection of PCR product
act of noting or discovering the existence of a PCR product by visualizing a fluorescent band (i.e., ethidium
bromide staining) on an agarose gel or with fluorescent probes in real-time PCR applications or other
approaches
3.43
dip stick test
see lateral flow membrane assay
3.44
DNA extraction
procedure used for separating DNA from other cellular components (protein, lipids, carbohydrates, RNA etc.)
and other impurities in a test sample
3.45
DNA polymerase
enzyme that synthesizes DNA by catalyzing the addition of deoxyribonucleotide residues to the free 3’-hydroxyl end of a
DNA molecular chain, starting from a mixture of the appropriate triphosphorylated bases
NOTE Taq DNA polymerase (3.205) is a thermostable DNA polymerase.
3.46
DNA probe
short sequence of DNA labelled isotopically or chemically that is used for the detection of a complementary
nucleotide sequence
NOTE Adapted from ISO 13495:2013
3.47
DNA purification
see nucleic acid purification
3.48
DNA sequencer
gene sequencer
genetic analyzer
apparatus used for determining the arrangement of the nucleotide bases (adenine, guanine, cytosine, and
thymine) in a molecule of DNA
3.49
DNA target
see target sequence
6 © ISO 2014 – All rights reserved
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ISO/DIS 16577
3.50
electrophoresis
technique used for separating, identifying, and purifying molecules (e.g. plasmid DNA, DNA fragments
resulting from digestion, RNA, protein, and PCR products) based upon the differential movement of charged
particles through a matrix when subjected to an electric field
NOTE Adapted from ISO 13495:2013
3.51
enzyme linked immunosorbent assay
ELISA
in vitro assay used for qualitative, semi-quantitative, or quantitative purposes that combines enzyme-linked
antibodies and a substrate to form a coloured or a fluorescence emitting reaction product
NOTE Because of the presence of an antibody-linked enzyme, a colourless substrate can rapidly be converted into a
coloured product or a non-fluorescent substrate into an intensely fluorescent product.
3.52
endogenous DNA sequence
defined reference DNA sequence native to a corresponding taxon
NOTE The endogenous DNA sequence can be used to determine the quantity of genome equivalents of the target
taxon if the sequence is present in a constant copy number and does not show allelic variation among cultivars of the
target taxon.
3.53
end-point PCR
PCR method where the amplicons are detected at the end of the PCR reaction, typically by gel
electrophoresis and the amplified product is visualized with a fluorescent dye
3.54
environment control
control used to demonstrate that no contamination from the environment was introduced to test samples
3.55
error
difference between a measured quantity value and a reference quantity value
NOTE Measurement error can be used both: (1) when there is a single reference value to refer to (which occurs if a
calibration is made by means of a measurement standard with a measured value having a negligible measurement
uncertainty), or (2) if a conventional value is given, in which case the measurement error is not known and if a measurand
is supposed to be represented by a unique true value or a set of true values of negligible range, in which case the
measurement error is not known. See also absolute error, and percent error.
3.56
event
generally used to describe a transgenic plant and its progeny distinguished by the unique structure of an
insertion of DNA into a specific location on a chromosome
3.57
event-specific method
detection method that targets DNA sequences at the integration site unique to a specific transformation event
3.58
exonuclease
enzyme that hydrolyzes (cleaves) terminal phosphodiester bonds of a nucleic acid and that has the ability to
cleave a double strand nucleic acid molecule
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ISO/DIS 16577
3.59
expanded measurement uncertainty
product of a combined standard measurement uncertainty and a factor larger than the number one
NOTE Expanded measurement uncertainty is also termed expanded uncertainty. The factor depends upon the type
of probability distribution of the output quantity in a measurement model and on the selected coverage probability. The
term factor in this definition refers to a coverage factor.
3.60
external amplification control
control DNA added to an aliquot of the extracted nucleic acid in a defined amount or copy number serving as
a control for amplification in nucleic acid-based reactions
3.61
extraction blank control
negative control sample generated by performing all required steps in an extraction procedure except for the
addition of the test portion
NOTE For example by substitution of water for the test portion.
NOTE This control is used to demonstrate the absence of contaminating nucleic acid during extraction.
3.62
false negative
error of failing to reject a null hypothesis when it is in fact not true
3.63
false negative rate
probability that a known positive test sample has been classified as negative by the method
NOTE The false negative rate is the number of misclassified known positives divided by the total number of positive
test samples.
# of misclassif ied known positive samples total
% false negative results 100
# of positive test results (including misclassif ied)
3.64
false positive
error of rejecting a null hypothesis when it is actually true
3.65
false positive rate
probability that a known negative test sample has been classified as positive by the method
NOTE The false positive rate is the number of misclassified known negatives divided by the total number of negative
test samples.
# of misclassif ied known negative samples total
% false positive results 100
# of negative test results (including misclassif ied)
3.66
fitness for purpose
applicability of a prescribed method or the degree to which data produced by a measurement process enables
a user to make technically and administratively correct decisions for a stated purpose.
8 © ISO 2014 – All rights reserved
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ISO/DIS 16577
3.67
fluorescence resonance energy transfer
FRET
distance dependent energy transfer from a donor molecule to an acceptor molecule resulting in enhanced
fluorescence of the acceptor molecule after excitation with electromagnetic radiation of a defined wave length
3.68
fluorescent probe
oligonucleotide or oligonucleotide analog of defined sequence coupled with one or more fluorescent
molecules emitting a fluorescent signal after specific hybridization to the target nucleic acid sequence which
can be detected by the specific equipment
3.69
fluorophore
molecule with a functional group that absorbs energy of a specific wavelength and re-emits energy at a
different (but equally specific) wavelength dependent on both the fluorophore and the chemical environment
3.70
forward flow
principle of material/sample handling applied to ensure that laboratory samples, raw and processed test
portions (including amplified DNA) remain physically segregated during the whole procedure
3.71
genetic engineering
genetic modification
selective, deliberate alteration of genes (genetic material) by means of recombinant DNA technology
3.72
genetically engineered content
GE content
measured value that identifies and quantifies levels of genetically engineered (GE) traits or GE-derived
material in a product
NOTE Generally, the GE content is estimated by analyte detection, identification and quantification.
3.73
genetically engineered organism
GEO
genetically modified organism
GMO
organism in which the genetic material has been changed through modern biotechnology in a way that does
not occur naturally by multiplication and/or natural recombination
3.74
good laboratory practice
set of rules and regulations issued by an authoritative body or standards organization, or generally agreed
best practices for laboratory operation, that establishes broad methodological guidelines for procedures and
record keeping
3.75
HorRat
ratio of the reproducibility relative standard deviation to that calculated from the Horwitz equation
–0,15
NOTE Predicted relative standard deviation (PRSD)R =2C
HorRat(R) = RSDR/PRSDR,
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ISO/DIS 16577
HorRat(r) = RSD /PRSD , (If applied to within-laboratory studies, the normal range of HorRat(r) is 0,30 –
r R
1,30)
–6
NOTE To check proper calculation of PRSDR, a C of 10 should give a PRSDR of 16 %. C is concentration
expressed as a mass fraction (both numerator and denominator expressed in the same units). The HorRat is indicative of
method performance for a large majority of methods in chemistry. Normal values lie between 0,50 and 2,00.
3.76
hot-start PCR
PCR method that uses a thermostable DNA polymerase enzyme which becomes activated at a specific
temperature through an initial heating step to reduce non-specific amplification
3.77
hybridization (molecular genetics)
non-covalent sequence-specific interaction of two complementary nucleic acid sequences (either RNA and/or
DNA) under an appropriate set of reaction conditions to give a double-stranded molecule
3.78
hybridization probe
system of two fluorescent probes coupled with one fluorescent molecule each, where one molecule serves as
donor and the other serves as acceptor
Figure 1 — Hybridization probe schematic
unhybridized probes in solution hybridized probes resulting in acceptor
fluorescence
Key
A acceptor molecule
D donor molecule
3.79
hydrolysis probe
fluorescent probe coupled with two fluorescent molecules which are sterically separated by 5´-3´-exonuclease
activity of the enzyme during the amplification process
Figure 2 — hydrolysis probe schematic
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ISO/DIS 16577
Step 1) unhybridized probe in solution Step 2) cleavage of the hybridized
probe
Step 3) cleaved probe resulting in reporter
fluorescence after exitation
Key
1 enzyme
Q quenching molecule
R fluorescent molecule
3.80
identification assay
procedure or method that is used to identify a single microorganism, trait, analyte, or pest at a specified
taxonomic level
NOTE See also detection assay.
3.81
identity preservation
process or system of maintaining the segregation and documenting the identity of a product
3.82
inhibition control
control sample that enables the analyst to check that there has been no inhibition affecting the results of a
DNA amplification assay
NOTE This amplicon may or may not be different from the target fragment. An inhibition control makes it possible to
unambiguously interpret a negative result (highlighting the false negatives obtained in the presence of inhibitors). There
are two possible types of inhibition control:
© ISO 2014 – All rights reserved 11
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ISO/DIS 16577
Internal inhibition control: amplicon acting as an internal control, and obtained during the amplification
reaction of the target fragment by adding DNA and/or primers. This amplicon is clearly different from the
target fragment.
External inhibition control: amplicon acting as an external control, obtained through a separate
amplification reaction to that of the target fragment (i.e. in a different reaction tube).
3.83
integration-border region
junction region where one element originates from the host organism and the other originates from the DNA
introduced during transformation
3.84
inter-laboratory study
several laboratories measure a quantity in one or more “identical” portions of homogeneous, stable materials
under documented conditions, the results of which are compiled
NOTE The larger the number of participating laboratories, the greater the confidence that can be placed in
the resulting estimates of the statistical parameters. The IUPAC-1987 protocol (Pure & Appl. Chem., 66, 1903-
1911(1994)) requires a minimum of eight laboratories for method-performance studies (page 1906; clause 2).
Guidelines for performing collaborative trials are elaborated in ISO 5725-2 and ISO/AOAC/IUPAC harmonized
protocol
3.85
internal amplification control
DNA added to each reaction in a defined amount or copy number which serves as an internal control for
amplification
3.86
intra-laboratory study
...
NORME ISO
INTERNATIONALE 16577
Première édition
2016-03-15
Analyse moléculaire de
biomarqueurs — Termes et
définitions
Molecular biomarker analysis — Terms and definitions
Numéro de référence
ISO 16577:2016(F)
©
ISO 2016
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ISO 16577:2016(F)
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sous quelque forme que ce soit et par aucun procédé, électronique ou mécanique, y compris la photocopie, l’affichage sur
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ii © ISO 2016 – Tous droits réservés
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ISO 16577:2016(F)
Sommaire Page
Avant-propos .iv
1 Domaine d’application . 1
2 Références normatives . 1
3 Termes et définitions . 1
© ISO 2016 – Tous droits réservés iii
---------------------- Page: 3 ----------------------
ISO 16577:2016(F)
Avant-propos
L’ISO (Organisation internationale de normalisation) est une fédération mondiale d’organismes
nationaux de normalisation (comités membres de l’ISO). L’élaboration des Normes internationales est
en général confiée aux comités techniques de l’ISO. Chaque comité membre intéressé par une étude
a le droit de faire partie du comité technique créé à cet effet. Les organisations internationales,
gouvernementales et non gouvernementales, en liaison avec l’ISO participent également aux travaux.
L’ISO collabore étroitement avec la Commission électrotechnique internationale (IEC) en ce qui
concerne la normalisation électrotechnique.
Les procédures utilisées pour élaborer le présent document et celles destinées à sa mise à jour sont
décrites dans les Directives ISO/IEC, Partie 1. Il convient, en particulier de prendre note des différents
critères d’approbation requis pour les différents types de documents ISO. Le présent document a été
rédigé conformément aux règles de rédaction données dans les Directives ISO/IEC, Partie 2 (voir www.
iso.org/directives).
L’attention est appelée sur le fait que certains des éléments du présent document peuvent faire l’objet de
droits de propriété intellectuelle ou de droits analogues. L’ISO ne saurait être tenue pour responsable
de ne pas avoir identifié de tels droits de propriété et averti de leur existence. Les détails concernant
les références aux droits de propriété intellectuelle ou autres droits analogues identifiés lors de
l’élaboration du document sont indiqués dans l’Introduction et/ou dans la liste des déclarations de
brevets reçues par l’ISO (voir www.iso.org/brevets).
Les appellations commerciales éventuellement mentionnées dans le présent document sont données
pour information, par souci de commodité, à l’intention des utilisateurs et ne sauraient constituer un
engagement.
Pour une explication de la signification des termes et expressions spécifiques de l’ISO liés à
l’évaluation de la conformité, ou pour toute information au sujet de l’adhésion de l’ISO aux principes
de l’OMC concernant les obstacles techniques au commerce (OTC), voir le lien suivant: Avant-propos —
Informations supplémentaires.
Le comité chargé de l’élaboration du présent document est l’ISO/TC 34, Produits alimentaires, sous-
comité SC 16, Méthodes horizontales pour l’analyse moléculaire de biomarqueurs.
iv © ISO 2016 – Tous droits réservés
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NORME INTERNATIONALE ISO 16577:2016(F)
Analyse moléculaire de biomarqueurs — Termes et
définitions
1 Domaine d’application
La présente Norme internationale donne les définitions de termes employés dans les Normes
internationales publiées dans le cadre des travaux de l’ISO/TC 34/SC 16.
2 Références normatives
Les documents ci-après, dans leur intégralité ou non, sont des références normatives indispensables à
l’application du présent document. Pour les références datées, seule l’édition citée s’applique. Pour les
références non datées, la dernière édition du document de référence s’applique (y compris les éventuels
amendements).
ISO 13495, Produits alimentaires — Principes de sélection et critères de validation des méthodes
d’identification variétale utilisant des acides nucléiques spécifiques
Guide ISO/IEC 99, Vocabulaire international de métrologie — Concepts fondamentaux et généraux et
termes associés (VIM)
3 Termes et définitions
Pour les besoins du présent document, les termes et définitions donnés dans l’ISO 13495 et le
Guide ISO/IEC 99, ainsi que les suivants s’appliquent.
3.1
erreur absolue
résultat d’une mesure moins la valeur vraie du mesurande
3.2
conformité
similarité de résultats cohérents issus d’une méthode qualitative (c’est-à-dire tous deux positifs ou tous
deux négatifs) obtenus à partir d’échantillons identiques analysés dans un même laboratoire, dans des
conditions de répétabilité
3.3
exactitude
exactitude de mesure
étroitesse de l’accord entre une valeur mesurée et une valeur vraie d’un mesurande
Note 1 à l’article: L’exactitude de mesure n’est pas une grandeur et ne s’exprime pas numériquement. Un mesurage
est quelquefois dit plus exact s’il fournit une plus petite erreur de mesure.
Note 2 à l’article: Il convient de ne pas utiliser le terme «exactitude de mesure» pour la justesse de mesure et le
terme «fidélité de mesure» pour l’exactitude de mesure. Celle-ci est toutefois liée aux concepts de justesse et de
fidélité.
Note 3 à l’article: L’exactitude de mesure est quelquefois interprétée comme l’étroitesse de l’accord entre les
valeurs mesurées qui sont attribuées au mesurande.
[SOURCE: Guide ISO/IEC 99:2007, 2.13]
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ISO 16577:2016(F)
3.4
allèle
chacune des différentes formes possibles d’un gène apparaissant en un même locus sur les chromosomes
homologues, qui subissent une séparation pendant la méiose et peuvent être recombinées après fusion
des gamètes
3.5
compétition allélique
phénomène de compétition qui engendre l’amplification préférentielle d’une séquence allélique
par rapport à une autre, dans un échantillon hétérozygote ou un mélange, lors de l’application de
technologies d’amplification d’acides nucléiques telle que la PCR
[SOURCE: ISO 13495:2013, 3.6.1, modifiée]
3.6
fréquence allélique
fréquence à laquelle apparaît un allèle en un locus spécifique, dans une population
[SOURCE: ISO 13495:2013, 3.6.2, modifiée]
3.7
amplicon
séquence d’ADN produite par une technologie d’amplification de l’ADN telle que la PCR
[SOURCE: ISO 13495:2013, 3.3.1, modifiée]
3.8
analyte
constituant d’un système à analyser
Note 1 à l’article: En anglais, AOI signifie Analyte of Interest (analyte recherché).
3.9
hybridation
appariement de séquences complémentaires à simple brin d’acides nucléiques pour former une molécule
bicaténaire
3.10
anticorps
protéine (immunoglobuline) produite et sécrétée par les lymphocytes B en réponse à une molécule
reconnue comme étrangère (antigène), et qui est capable de se lier à cet antigène spécifique
Note 1 à l’article: Immunoglobuline est le synonyme courant d’anticorps.
3.11
sélectivité de l’anticorps
capacité d’un anticorps à se lier spécifiquement à un déterminant antigénique (épitope) mais non à
d’autres structures similaires de cet antigène ou d’autres antigènes
3.12
antigène
substance qui est reconnue comme étrangère par le système immunitaire et qui déclenche une réponse
immunitaire en stimulant la production d’anticorps
3.13
applicabilité
analytes, matrices et concentrations pour lesquels une démarche analytique peut se révéler satisfaisante
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3.14
domaine d’applicabilité
domaine de quantification
domaine de linéarité
gamme dynamique
limites supérieure et inférieure de quantification présentées par un groupe de matériaux (ou dilutions)
de référence avec un niveau approprié de fidélité et d’exactitude
3.15
bruit de fond
niveau intrinsèque du signal résultant des instruments, des réactifs et des consommables utilisés dans
la réaction
3.16
ligne de base
niveau de détection ou point auquel une réaction atteint une intensité de fluorescence ou de signal au-
dessus du niveau du bruit de fond
3.17
biais
biais de mesure
estimation d’une erreur systématique
[SOURCE: Guide ISO/IEC 99:2007, 2.18]
3.18
trait dérivé de la biotechnologie
voir organisme produit par génie génétique (3.73)
3.19
réactif bloquant
composé utilisé pour saturer les sites résiduels de liaison non spécifique
3.20
étalonnage
opération qui, dans des conditions spécifiées, établit en une première étape une relation entre les
valeurs et les incertitudes de mesure associées qui sont fournies par des étalons et les indications
de mesure correspondantes avec les incertitudes associées, puis utilise, en une seconde étape, cette
information pour établir une relation permettant d’obtenir un résultat de mesure à partir d’une
indication de mesure
Note 1 à l’article: Un étalonnage peut se traduire par une déclaration, une fonction d’étalonnage, un schéma
d’étalonnage, une courbe d’étalonnage, ou un tableau d’étalonnage. Dans certains cas, l’étalonnage peut consister
en une correction par addition ou multiplication de l’indication de mesure avec l’incertitude de mesure associée.
Note 2 à l’article: Il convient de ne pas confondre l’étalonnage avec l’ajustage d’un système de mesure, souvent
appelé improprement «auto-étalonnage», ni avec la vérification de l’étalonnage.
[SOURCE: Guide ISO/IEC 99:2007, 2.39, modifié]
3.21
matériau de référence certifié
MRC
matériau de référence, accompagné d’une documentation délivrée par un organisme faisant autorité
et fournissant une ou plusieurs valeurs de propriétés spécifiées avec les incertitudes et les traçabilités
associées, en utilisant des procédures valables
EXEMPLE Sérum humain dont la valeur assignée à la concentration de cholestérol et l’incertitude de mesure
associée sont indiquées dans un certificat et qui sert d’étalon dans un étalonnage ou de matériau de contrôle de la
justesse de mesure.
Note 1 à l’article: La documentation mentionnée est délivrée sous la forme d’un «certificat» (voir le Guide ISO 30).
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ISO 16577:2016(F)
Note 2 à l’article: Des procédures pour la production et la certification de matériaux de référence certifiés sont
données, par exemple, dans les Guide ISO 34 et Guide ISO 35.
Note 3 à l’article: Dans la définition, le terme « incertitude » peut désigner soit une incertitude de mesure,
soit l’incertitude associée à la valeur d’une propriété qualitative, telle que l’identité ou la séquence. Le terme
«traçabilité» peut désigner soit la traçabilité métrologique d’une valeur, soit la traçabilité de la valeur d’une
propriété qualitative.
Note 4 à l’article: La définition de l’ISO/REMCO est analogue (Accred. Qual. Assur.:2006), mais utilise
«métrologique» à la fois pour une grandeur et pour une propriété qualitative.
[SOURCE: Guide ISO/IEC 99:2007, 5.14, modifié]
3.22
clone
population de cellules, générées par reproduction asexuée, génétiquement identiques, descendantes
directes d’une cellule mère, et dérivées d’une seule cellule
3.23
étude collaborative
voir essai interlaboratoires (3.84)
3.24
séquence complémentaire
la complémentarité est une propriété partagée par deux séquences d’acides nucléiques, de telle sorte que,
lorsqu’elles sont orientées de manière antiparallèle, les bases nucléotidiques seront complémentaires à
chaque emplacement
3.25
concordance
similarité des résultats ou accord entre ceux-ci (qu’ils soient positifs ou négatifs) obtenus à partir
d’échantillons identiques ayant fait l’objet d’une analyse qualitative dans deux laboratoires différents
3.26
méthode de détection construit-spécifique
méthode qui cible une combinaison spécifique de séquences d’ADN insérées (telles que gènes,
promoteurs, terminateurs ou autres éléments génétiques considérés) qui ne s’applique qu’aux
organismes dérivés de la biotechnologie
3.27
valeur conventionnelle
valeur conventionnelle d’une grandeur
valeur attribuée à une grandeur par un accord pour un usage donné
EXEMPLE 1 Valeur conventionnelle de l’accélération due à la pesanteur ou accélération normale de la
−2
pesanteur, g = 9,806 65 m·s .
n
-1
EXEMPLE 2 Valeur conventionnelle de la constante de Josephson, K = 483 597,9 GHz V .
J-90
EXEMPLE 3 Valeur conventionnelle d’un étalon de masse donné, m = 100,003 47 g.
Note 1 à l’article: Le terme «valeur conventionnellement vraie» est quelquefois utilisé pour ce concept, mais son
utilisation est déconseillée.
Note 2 à l’article: Une valeur conventionnelle est quelquefois une estimation d’une valeur vraie.
Note 3 à l’article: Une valeur conventionnelle est généralement considérée comme associée à une incertitude de
mesure convenablement petite, qui peut être effectivement considérée comme étant nulle.
[SOURCE: Guide ISO/IEC 99:2007, 2.12, modifié]
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ISO 16577:2016(F)
3.28
nombre de copies
nombre de molécules (copies) d’une séquence d’ADN
3.29
valeur critique
quantité ou concentration nette dont le dépassement conduit, pour une probabilité d’erreur donnée, α, à
la décision selon laquelle la concentration ou quantité d’analyte dans le matériau analysé est supérieure
à celle présente dans le matériau à blanc:
ˆ
Pr LL>=L 0 ≤α
()
C
où
ˆ
est la valeur estimée;
L
L est la valeur attendue ou la valeur vraie; et
L est la valeur critique.
C
Note 1 à l’article: La définition de la valeur critique est importante pour définir la limite de détection (LD). La
valeur critique L est estimée e se fondant sur L = t s , où t est la variable t de Student, fondée sur ν degrés
C C 1-αν o 1-αν
de liberté pour un intervalle de confiance unilatéral à 1–α et s est l’écart-type de l’échantillon.
o
Si L est une distribution normale avec une variance connue, à savoir ν = ∞ avec une défaillance α de 0,05,
L = 1,645s . Il convient de ne pas interpréter un résultat en deçà de L déclenchant la décision «non détecté»,
C o C
comme prouvant l’absence d’analyte.
3.30
réactivité croisée
situation dans laquelle une liaison se produit entre un anticorps et des déterminants antigéniques qui
ne sont pas l’analyte de premier intérêt
3.31
cultivar
ensemble de plantes cultivées pouvant être clairement défini par des caractéristiques morphologiques,
physiques, cytologiques, chimiques ou autres et qui, après reproduction sexuée ou asexuée, conserve
ses caractères distinctifs
Note 1 à l’article: Le concept de «cultivar» est fondamentalement différent du concept de variété botanique
«varietas», du fait que «varietas» est une division infraspécifique résultant d’une sélection naturelle – alors
que «cultivar» est une division infraspécifique résultant d’une sélection contrôlée, même si elle est empirique.
Les termes «cultivar» et «variété» (au sens de variété cultivée) sont équivalents. Dans les traductions ou les
adaptations de la nomenclature botanique à des fins particulières, les termes «cultivar» ou «variété» (ou leurs
équivalents dans d’autres langues) peuvent être employés dans le texte.
3.32
cycle seuil
C
t
dans une PCR quantitative en temps réel, cycle auquel la fluorescence due à la réaction atteint un niveau
de seuil spécifié auquel le signal peut être distingué des niveaux de bruit de fond
3.33
dénaturation
processus de modification partielle ou totale de la structure native d’une macromolécule par perte de
structure secondaire et/ou tertiaire, résultant de la rupture des liaisons stabilisatrices faibles
EXEMPLE Il peut y avoir dénaturation lorsque les protéines et les acides nucléiques sont soumis à des
températures élevées, à des valeurs de pH extrêmes, à des concentrations non physiologiques de sel, à des
solvants organiques, à de l’urée ou à tout autre agent chimique.
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3.34
dénaturation d’une protéine
traitement physique et/ou chimique qui détruit ou modifie les propriétés structurelles, fonctionnelles,
enzymatiques, ou antigéniques de la protéine considérée
3.35
ADN dénaturé
ADN double brin ayant été transformé en simples brins par un processus de dénaturation tel que le
chauffage
3.36
désoxyribonucléase/ribonucléase
DNase/RNase
enzyme qui catalyse le clivage hydrolytique de l’acide désoxyribonucléique/acide ribonucléique, qui
peut produire un résidu nucléotidique par clivage à la fin de la chaîne ou un polynucléotide par clivage
en un emplacement situé dans la chaîne
3.37
inhibiteur de la désoxyribonucléase/ribonucléase
substance qui stoppe ou ralentit l’activité de la désoxyribonucléase/ribonucléase
3.38
acide désoxyribonucléique
ADN
polymère de désoxyribonucléotides se présentant sous forme bicaténaire ou simple brin, dont la
séquence des bases (composés annulaires contenant de l’azote qui sont soit des purines soit des
pyrimidines) renferme l’information génétique, et qui est présent dans les chromosomes et le matériau
chromosomique des organites cellulaires, ainsi que dans les plasmides et les virus
3.39
désoxyribonucléotide triphosphate
dNTP
terme générique faisant référence à un désoxyribonucléotide incluant: la désoxyadénosine
triphosphate (dATP), la désoxycytidine triphosphate (dCTP), la désoxyguanosine triphosphate (dGTP),
la désoxythymidine triphosphate (dTTP) et la désoxyuridine triphosphate (dUTP)
3.40
essai de détection
mode opératoire ou méthode utilisé(e) pour identifier la présence de traits, microorganismes,
organismes nuisibles ou autres analytes dans un échantillon biologique
3.41
limite de détection
valeur mesurée, obtenue par une procédure de mesure donnée, pour laquelle la probabilité de déclarer
faussement l’absence d’un constituant dans un matériau est β, étant donnée la probabilité α de déclarer
faussement sa présence
Note 1 à l’article: L’UICPA recommande des valeurs par défaut de α et β égales à 0,05.
Note 2 à l’article: [Applicable uniquement au texte anglais]
Note 3 à l’article: Le terme «sensibilité» est à proscrire au sens de ce concept.
[SOURCE: Guide ISO/IEC 99:2007, 4.18, modifié]
3.42
détection d’un produit de PCR
découverte de l’existence d’un produit de PCR par visualisation d’une bande fluorescente (coloration au
bromure d’éthidium) sur un gel d’agarose ou à l’aide de sondes fluorescentes, lors d’applications de la
PCR en temps réel ou de variantes
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ISO 16577:2016(F)
3.43
essai avec bandelette réactive
voir essai sur membrane à débit latéral (3.90)
3.44
extraction d’ADN
traitement de l’échantillon pour la libération et la séparation de l’ADN des autres composants cellulaires
3.45
ADN polymérase
enzyme qui synthétise l’ADN en catalysant l’addition de résidus désoxyribonucléitiques à l’extrémité
3’-hydroxyle d’une chaîne d’ADN, en partant d’un mélange de bases triphosphorylées appropriées
3.46
sonde d’ADN
petite séquence d’ADN marquée par un isotope ou une substance chimique, qui est utilisée pour la
détection d’une séquence nucléotidique complémentaire
3.47
purification de l’ADN
voir purification des acides nucléiques (3.125)
3.48
séquenceur d’ADN
séquenceur de gènes
analyseur génétique
appareil utilisé pour déterminer la configuration des bases nucléotidiques (adénine, guanine, cytosine,
et thymine) dans une molécule d’ADN
3.49
ADN cible
voir séquence cible (3.203)
3.50
électrophorèse
technique utilisée pour séparer, identifier et purifier des molécules (par exemple, un plasmide, des
fragments d’ADN issus d’une digestion, de l’ARN, une protéine et des produits de PCR), à partir du
mouvement différentiel de particules chargées dans une matrice, sous l’action d’un champ électrique
[SOURCE: ISO 13495:2013, 3.4.1, modifiée]
3.51
séquence d’ADN endogène
séquence d’ADN de référence définie originaire du taxon correspondant
Note 1 à l’article: La séquence d’ADN endogène peut être utilisée pour déterminer la quantité en équivalents
génomes de taxon cible si la séquence est présente en nombre de copies constant et ne présente aucune variation
allélique dans les différents cultivars du taxon cible.
3.52
PCR au point final
méthode pour laquelle les amplicons sont détectés à la fin de la réaction de PCR, en général par
électrophorèse sur gel, et le produit amplifié est visualisé à l’aide d’un colorant fluorescent
3.53
témoin d’environnement
témoin utilisé pour démontrer l’absence de contamination des échantillons pour essai par
l’environnement
© ISO 2016 – Tous droits réservés 7
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ISO 16577:2016(F)
3.54
enzyme linked immunosorbent assay
ELISA
essai in vitro de dosage qualitatif, semi-quantitatif ou quantitatif qui combine les anticorps couplés à
une enzyme et un substrat de façon à obtenir un produit réactionnel coloré ou émetteur de fluorescence
Note 1 à l’article: En raison de la présence de l’enzyme fixée à l’anticorps, un substrat incolore peut rapidement
être transformé en produit coloré ou un substrat non fluorescent en produit intensément fluorescent.
3.55
erreur
erreur de mesure
différence entre la valeur mesurée d’une grandeur et une valeur de référence
Note 1 à l’article: Le concept d’erreur peut être utilisé
a) lorsqu’il existe une valeur de référence unique à laquelle se rapporter, ce qui a lieu si on effectue un
étalonnage au moyen d’un étalon dont la valeur mesurée a une incertitude de mesure négligeable ou si on
prend une valeur conventionnelle, l’erreur étant alors connue,
b) si on suppose le mesurande représenté par une valeur vraie unique ou un ensemble de valeurs vraies
d’étendue négligeable, l’erreur étant alors inconnue.
Note 2 à l’article: Il convient de ne pas confondre l’erreur de mesure avec une erreur de production ou une erreur
humaine.
[SOURCE: Guide ISO/IEC 99:2007, 2.16]
3.56
événement
construit de transgène et son site unique d’insertion dans le génome
3.57
méthode événement-spécifique
méthode de détection qui cible des séquences d’ADN au site d’intégration correspondant à un événement
de transformation spécifique
3.58
exonucléase
enzyme qui hydrolyse (clive) les liaisons phosphodiester terminales d’un acide nucléique
3.59
incertitude de mesure élargie
incertitude élargie
produit d’une incertitude-type composée et d’un facteur supérieur au nombre un
Note 1 à l’article: Le facteur dépend du type de la loi de probabilité de la grandeur de sortie dans un modèle de
mesure et de la probabilité de couverture choisie.
Note 2 à l’article: Le facteur qui intervient dans la définition est un facteur d’élargissement.
Note 3 à l’article: L’incertitude élargie est appelée «incertitude globale» au paragraphe 5 de la Recommandation
INC-1 (1980) (voir le Guide ISO/IEC 98-3) et simplement «incertitude» dans les documents de l’IEC.
3.60
témoin externe d’amplification
ADN ajouté à une aliquote d’acide nucléique extrait en quantité définie ou nombre de copies utilisé
comme témoin d’amplification dans les réactions basées sur les acides nucléiques
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ISO 16577:2016(F)
3.61
témoin négatif d’extraction
blanc de réactifs
témoin négatif obtenu après avoir effectué toutes les étapes requises d’un mode opératoire d’extraction
ne comprenant toutefois pas l’ajout de la prise d’essai
EXEMPLE En remplaçant la prise d’essai par de l’eau.
Note 1 à l’article: Ce témoin permet de démontrer l’absence de contamination durant l’extraction.
3.62
faux négatif
erreur consistant à ne pas rejeter une hypothèse nulle alors qu’en fait, l’hypothèse n’est pas vraie
3.63
taux de faux négatifs
probabilité qu’un échantillon pour essai positif connu ait été classé comme négatif par la méthode
Note 1 à l’article: Le taux de faux négatif est le nombre de positifs connus mal classés divisé par le nombre total
d’échantillons pour essai positifs.
nombre total d'échantillons positifs connuss mal classés
% de faux négatifs= × 100
nombre de résultats d'essai positifs (y comprris les mal classés)
3.64
faux positif
erreur consistant à rejeter une hypothèse nulle alors qu’en réalité, elle est vraie
3.65
taux de faux positif
probabilité qu’un échantillon d’essai négatif connu ait été classé comme positif par la méthode
Note 1 à l’article: Le taux de faux positif est le nombre de négatifs connus mal classés divisé par le nombre total
d’échantillons pour essai négatifs.
Nombre total d'échantillons négatifs connnus mal classés
% de faux positifs = ´ 100
Nombre de résultats d'essai négatifs (y coompris les mal classés)
3.66
adéquation à un but
applicabilité d’une méthode prescrite ou situation dans laquelle des données obtenues au moyen
d’un processus de mesure permettent à un utilisateur de prendre des décisions techniquement et
administrativement correctes, dans un but déclaré
3.67
transfert d’énergie de fluorescence par résonance
FRET
transfert d’énergie fonction de la distance, entre un fluorophore donneur et un fluorophore accepteur,
aboutissant à une plus grande fluorescence de l’accepteur après excitation par un rayonnement
électromagnétique de longueur d’onde définie
3.68
sonde fluorescente
oligonucléotide ou analogue d’oligonucléotide de séquence définie, couplé avec une ou plusieurs
molécules fluorescentes qui émettent un signal fluorescent après une hybridation spécifique sur une
séquence cible d’acide nucléique qui peut être détectée par l’équipement spécifique
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ISO 16577:2016(F)
3.69
fluorophore
molécule ayant un groupe fonctionnel qui absorbe l’énergie d’une longueur d’onde spécifique et la
réémet à une longueur d’onde différente (mais également spécifique) en fonction du fluorophore et de
l’environnement chimique
3.70
marche en avant
principe appliqué à la manipulation pour garantir la ségrégation des échantillons pour laboratoire et
des prises d’essais brutes ou transformées tout au long du mode opératoire
3.71
génie génétique
modification génétique
altération délibérée sélective de gènes (matériel génétique) par la technologie de l’ADN recombinant
3.72
teneur obtenue par génie génétique
teneur GE
valeur de mesure qui identifie et quantifie les niveaux de traits produits par génie génétique ou le
matériel produit par génie génétique, dans un produit
Note 1 à l’article: Généralement, la teneur GE est estimée par détection, identification et quantification de
l’analyte.
3.73
organisme produit par génie génétique
OGG
organisme génétiquement modifié
OGM
organisme dont le matériel génétique a été modifié par biotechnologie d’une manière qui ne se produit
pas naturellement par multiplication et/ou recombinaison naturelle
3.74
bonnes pratiques de laboratoire
ensemble des règles et règlements émis par un organisme officiel ou par un organisme de normalisation,
ou bonnes pratiques généralement admises destinées à être appliquées en laboratoire, qui établissent
des lignes directrices méthodologiques générales relatives aux modes opératoires et à la gestion des
enregistrements
3.75
HorRat
rapport de l’écart-type de reproductibilité relatif à la valeur calculée à partir de l’équation Horwitz
-0,15
Note 1 à l’article: Écart-type relatif prévu (PRSD) = 2C
R
HorRat(R) = RSD /PRSD
RR
HorRat(r) = RSD /PRSD
rR
Note 2 à l’article: S’il est appliqué à des études intralaboratoires, la plage normale du HorRat(r) est de 0,30 – 1,30.
-6
Note 3 à l’article: Pour vérifier le calcul de l’écart-type PRSD , une concentration C de 10 devrait donner
R
un PRSDR de 16 %. C’est la concentration exprimée sous forme de fraction massique (le numérateur et le
dénominateur étant exprimés dans les mêmes unités). Le HorRat est un indicateur de performance de la méthode
pour une large majorité de méthodes en chimie. Ses valeurs normales sont comprises entre 0,50 et 2,00.
3.76
PCR Hot Start
méthode utilisant une ADN polymérase thermostable qui s’active à une température spécifique par le
biais d’une étape initiale de chauffage afin de réduire l’amplification non spécifique
10 © ISO 2016 – Tous droits réservés
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ISO 16577:2016(F)
3.77
hybridation
génétique moléculaire
interaction non covalente séquence-spécifique entre deux séquences complémentaires d’acides
nucléiques (ARN et/ou ADN) dans des conditions de réaction appropriées pour former une molécule
bicaténaire
3.78
sonde d’hybridation
fragment d’ADN/ARN de longueur variable utilisé pour détecter la présence de séquences de nucléotides
(la cible) qui sont complémentaires de la séquence d
...
PROJET DE NORME INTERNATIONALE
ISO/DIS 16577
ISO/TC 34/SC 16 Secrétariat: ANSI
Début de vote: Vote clos le:
2014-07-07 2014-10-07
Analyse moléculaire de biomarqueurs — Termes et
définitions
Molecular biomarker analysis — Terms and definitions
ICS: 67.050
CE DOCUMENT EST UN PROJET DIFFUSÉ POUR
OBSERVATIONS ET APPROBATION. IL EST DONC
SUSCEPTIBLE DE MODIFICATION ET NE PEUT
ÊTRE CITÉ COMME NORME INTERNATIONALE
AVANT SA PUBLICATION EN TANT QUE TELLE.
OUTRE LE FAIT D’ÊTRE EXAMINÉS POUR
ÉTABLIR S’ILS SONT ACCEPTABLES À DES
FINS INDUSTRIELLES, TECHNOLOGIQUES ET
COMMERCIALES, AINSI QUE DU POINT DE VUE
DES UTILISATEURS, LES PROJETS DE NORMES
INTERNATIONALES DOIVENT PARFOIS ÊTRE
CONSIDÉRÉS DU POINT DE VUE DE LEUR
POSSIBILITÉ DE DEVENIR DES NORMES
POUVANT SERVIR DE RÉFÉRENCE DANS LA
RÉGLEMENTATION NATIONALE.
Numéro de référence
LES DESTINATAIRES DU PRÉSENT PROJET
ISO/DIS 16577:2014(F)
SONT INVITÉS À PRÉSENTER, AVEC LEURS
OBSERVATIONS, NOTIFICATION DES DROITS
DE PROPRIÉTÉ DONT ILS AURAIENT
ÉVENTUELLEMENT CONNAISSANCE ET À
©
FOURNIR UNE DOCUMENTATION EXPLICATIVE. ISO 2014
---------------------- Page: 1 ----------------------
ISO/DIS 16577:2014(F)
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ii © ISO 2014 – Tous droits réservés
---------------------- Page: 2 ----------------------
ISO/DIS 16577
Sommaire Page
Avant-propos .iv
1 Domaine d'application .1
2 Références normatives.1
3 Termes et définitions .1
© ISO 2014 – Tous droits réservés
iii
---------------------- Page: 3 ----------------------
ISO/DIS 16577
Avant-propos
L'ISO (Organisation internationale de normalisation) est une fédération mondiale d'organismes nationaux de
normalisation (comités membres de l'ISO). L'élaboration des Normes internationales est en général confiée
aux comités techniques de l'ISO. Chaque comité membre intéressé par une étude a le droit de faire partie du
comité technique créé à cet effet. Les organisations internationales, gouvernementales et non
gouvernementales, en liaison avec l'ISO participent également aux travaux. L'ISO collabore étroitement avec
la Commission électrotechnique internationale (IEC) en ce qui concerne la normalisation électrotechnique.
Les Normes internationales sont rédigées conformément aux règles données dans les Directives ISO/IEC,
Partie 2.
La tâche principale des comités techniques est d'élaborer les Normes internationales. Les projets de Normes
internationales adoptés par les comités techniques sont soumis aux comités membres pour vote. Leur
publication comme Normes internationales requiert l'approbation de 75 % au moins des comités membres
votants.
L'attention est appelée sur le fait que certains des éléments du présent document peuvent faire l'objet de
droits de propriété intellectuelle ou de droits analogues. L'ISO ne saurait être tenue pour responsable de ne
pas avoir identifié de tels droits de propriété et averti de leur existence.
L'ISO 16577 a été élaborée par le comité technique ISO/TC 34, Produits alimentaires, sous-comité SC 16,
Méthodes horizontales pour l'analyse moléculaire de biomarqueurs.
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PROJET DE NORME INTERNATIONALE ISO/DIS 16577
Analyse moléculaire de biomarqueurs — Termes et définitions
1 Domaine d'application
La présente Norme donne les définitions de termes employés dans les Normes internationales publiées dans
le cadre des travaux de l'ISO/TC 34/SC 16. Elle peut également être utile pour d'autres méthodes.
2 Références normatives
Les documents ci-après, dans leur intégralité ou non, sont des références normatives indispensables à
l’application du présent document. Pour les références datées, seule l'édition citée s'applique. Pour les
références non datées, la dernière édition du document de référence s'applique (y compris les éventuels
amendements).
ISO 3534-2:2006, Statistique — Vocabulaire et symboles — Partie 2 : statistique appliquée.
ISO 21572:2013, Produits alimentaires — Analyse des biomarqueurs moléculaires — Méthodes basées sur
les protéines.
ISO 13495:2013, Produits alimentaires — Principes de sélection et critères de validation des méthodes
d'identification variétale utilisant des acides nucléiques spécifiques.
3 Termes et définitions
Pour les besoins du présent document, les termes et définitions suivants s'appliquent.
3.1
erreur absolue
résultat d'une mesure moins la valeur vraie du mesurande
3.2
conformité
similarité de résultats cohérents (c'est-à-dire tous deux positifs ou tous deux négatifs) obtenus à partir
d'échantillons identiques analysés dans un même laboratoire, dans des conditions de répétabilité, pour une
méthode qualitative
3.3
exactitude
étroitesse de l'accord entre un résultat d'essai ou un résultat de mesure et une valeur de référence
NOTE Le terme « exactitude », appliqué à un ensemble de résultats d'essai ou de mesure, implique une
combinaison de composantes aléatoires et d'une erreur systématique commune ou d'une composante de biais.
NOTE Lorsqu'il est appliqué à une méthode de mesure, le terme exactitude fait référence à une combinaison de
justesse et de fidélité.
3.4
allèle
phénomène de compétition qui engendre l'amplification préférentielle d'une séquence allélique par rapport à
une autre, dans un échantillon hétérozygote ou un mélange, lors de l'application de technologies
d'amplification d'acides nucléiques telle que la PCR
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ISO/DIS 16577
3.5
compétition allélique
phénomène de compétition qui engendre l'amplification préférentielle d'une séquence allélique par rapport à
une autre, dans un échantillon hétérozygote ou un mélange, lors de l'application de technologies
d'amplification d'acides nucléiques telle que la PCR
NOTE Adapté de l'ISO 13495:2013.
3.6
fréquence allélique
fréquence à laquelle apparaît un allèle en un locus spécifique, dans une population
NOTE Adapté de l'ISO 13495:2013.
3.7
amplicon
séquence d'ADN produite par une technologie d'amplification de l'ADN telle que la PCR
NOTE Adapté de l'ISO 13495:2013.
3.8
analyte
constituant d'un système à analyser
3.9
hybridation
appariement de séquences complémentaires simple brin d'acides nucléiques pour former une molécule
bicaténaire (double brin)
3.10
anticorps
protéine secrétée par les lymphocytes B, qui reconnaît un « antigène » étranger particulier et qui déclenche
ainsi une réponse immunitaire
NOTE Immunoglobuline est le synonyme courant d'anticorps.
3.11
sélectivité de l'anticorps
capacité d'un anticorps à se lier spécifiquement à un déterminant antigénique mais non à d'autres structures
similaires de cet antigène ou d'autres antigènes
3.12
antigène
substance qui est reconnue comme étrangère par le système immunitaire et qui déclenche une réponse
immunitaire en stimulant la production d'anticorps
3.13
applicabilité
analytes, matrices et concentrations pour lesquels une démarche analytique peut se révéler satisfaisante
3.14
domaine d'applicabilité
domaine de quantification
domaine de linéarité
gamme dynamique
limites supérieure et inférieure de quantification présentées par un groupe de matériaux (ou dilutions) de
référence avec un niveau approprié de fidélité et d'exactitude
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ISO/DIS 16577
3.15
bruit de fond
niveau intrinsèque du signal résultant des instruments, des réactifs et des consommables utilisés dans la
réaction
3.16
ligne de base
niveau de détection ou point à partir duquel une réaction atteint une intensité de fluorescence ou de signal
au-dessus du niveau du bruit de fond
3.17
biais
différence entre le résultat mathématique supposé de l'essai ou de la mesure et la valeur vraie
NOTE Le biais est une erreur systématique totale par opposition à l'erreur aléatoire. Il se peut qu'une ou plusieurs
composantes d'erreurs systématiques contribuent au biais. Une grande valeur de biais dénote une différence
systématique importante par rapport à la valeur de référence acceptée. Le biais (erreur de justesse) d'un instrument de
mesure est normalement estimé en prenant la moyenne de l'erreur d'indication sur le nombre approprié d'observations
répétées. L'erreur d'indication est : « l'indication d'un instrument de mesure moins une valeur vraie de la grandeur d'entrée
correspondante ».
3.18
trait dérivé de la biotechnologie
voir organisme produit par génie génétique
3.19
réactif bloquant
composé utilisé pour saturer les sites résiduels de liaison non spécifique
3.20
étalonnage
opération qui, dans des conditions spécifiées, établit en une première étape une relation entre les valeurs et
les incertitudes de mesure associées qui sont fournies par des étalons et les indications de mesure
correspondantes avec les incertitudes associées, puis utilise, en une seconde étape, cette information pour
établir une relation permettant d'obtenir un résultat de mesure à partir d'une indication de mesure
NOTE Un étalonnage peut se traduire par une déclaration, une fonction d'étalonnage, un schéma d'étalonnage, une
courbe d'étalonnage, ou un tableau d'étalonnage. Dans certains cas, l'étalonnage peut consister en une correction par
addition ou multiplication de l'indication de mesure avec l'incertitude de mesure associée.
3.21
matériau de référence certifié
MRC
matériau de référence, accompagné d'une documentation délivrée par un organisme faisant autorité et
fournissant une ou plusieurs valeurs de propriétés spécifiées avec les incertitudes et les traçabilités
associées, en utilisant des procédures valables
NOTE La documentation mentionnée est délivrée sous la forme d'un « certificat » (voir le Guide ISO 30:1992). Des
procédures pour la production et la certification de matériaux de référence certifiés sont données, par exemple, dans les
Guide ISO 34 et Guide ISO 35. Le terme « incertitude » peut désigner soit une incertitude de mesure, soit l'incertitude
associée à la valeur d'une propriété qualitative, telle que l'identité ou la séquence. Le terme « traçabilité » peut désigner
soit la traçabilité métrologique d'une valeur, soit la traçabilité de la valeur d'une propriété qualitative.
3.22
clone
population de cellules, générées par reproduction asexuée, génétiquement identiques, descendantes directes
d'une cellule mère, et dérivées d'une seule cellule
3.23
étude collaborative
voir essai interlaboratoires
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ISO/DIS 16577
3.24
séquence complémentaire
la complémentarité est une propriété partagée par deux séquences d'acides nucléiques, de telle sorte que,
lorsqu'elles sont orientées de manière antiparallèle, les bases nucléotidiques seront complémentaires à
chaque emplacement
3.25
concordance
similarité des résultats ou accord entre ceux-ci (qu'ils soient positifs ou négatifs) obtenus à partir
d'échantillons identiques ayant fait l'objet d'une analyse qualitative dans deux laboratoires différents
EXEMPLE Des conjugués d'anticorps avec des fluorochromes (ou fluorophores ; une entité chimique telle qu'une
molécule ou un groupe, qui émet de la lumière, en réponse à une stimulation par absorption d'une lumière incidente), des
substances marquées, de l'or ou des enzymes sont souvent utilisés dans le cadre des méthodes immunologiques.
3.26
méthode de détection construit-spécifique
méthode qui cible une combinaison de séquences d'ADN insérées (telles que gènes, promoteurs,
terminateurs ou autres éléments génétiques considérés) qui ne s'applique qu'aux organismes dérivés de la
biotechnologie
3.27
valeur conventionnelle
valeur attribuée à une grandeur par un accord pour un usage donné
NOTE Une valeur conventionnelle est quelquefois une estimation d'une valeur vraie. Le terme « valeur
conventionnellement vraie » est quelquefois utilisé pour ce concept. Une valeur conventionnelle est généralement
considérée comme associée à une incertitude de mesure convenablement petite, qui peut être effectivement considérée
comme étant nulle.
3.28
nombre de copies
nombre de molécules (copies) d'une séquence d'ADN
3.29
valeur critique
quantité ou concentration nette dont le dépassement conduit, pour une probabilité d'erreur donnée; α, à la
décision selon laquelle la concentration ou quantité d'analyte dans le matériau analysé est supérieure à celle
présente dans le matériau à blanc :
ˆ
Pr(L >L L = 0)≤ α
C
où
ˆ
L est la valeur estimée, L la valeur attendue ou la valeur vraie et L la valeur critique
C
NOTE La définition de la valeur critique est importante pour définir la limite de détection (LD). La valeur critique L
C
est estimée en se fondant sur L = t s .
1-αν o
C
où t est la variable t de Student, fondée sur ν degrés de liberté pour un intervalle de confiance unilatéral à 1–α et s est
1-αν o
l'écart-type de l'échantillon.
Si L est une distribution normale avec une variance connue, à savoir ν = ∞ avec une défaillance α de 0,05, L = 1,645s . Il
C o
convient de ne pas interpréter un résultat en deçà de L déclenchant la décision « non détecté », comme prouvant
C
l'absence d'analyte.
3.30
réactivité croisée
situation dans laquelle une liaison se produit entre un anticorps et des déterminants antigéniques qui ne sont
pas l'analyte de premier intérêt
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ISO/DIS 16577
3.31
protéines cry
classe de protéines produites par les bactéries Bacillus thuringiensis (B.t.) (ou par des plantes dans lesquelles
un gène Bt a été inséré), qui sont toxiques pour certaines catégories d'insectes tels que les insectes
térébrants du blé (par exemple, Ostrinia nubilalis), les larves de racine de blé (Diabrotica virgifera virgifera),
les légionnaires (par exemple, Spodoptera frugiperda), les chenilles noires (Agostis ipsilon), la chenille du
haricot de Floride (Anticarsia gemmatalis), les moustiques, les mouches noires, le ver à corne du tabac,
certains types de coléoptères, etc.), mais inoffensives pour les mammifères et la plupart des insectes utiles
3.32
cultivar
groupe de plantes cultivées qui peut être clairement défini par des caractéristiques morphologiques,
physiques, cytologiques, chimiques ou autres et qui, après une reproduction sexuée ou asexuée, conserve
son caractère distinctif
NOTE Le concept de « cultivar » est fondamentalement différent du concept de variété botanique « varietas », du fait
que « varietas » est une division infraspécifique résultant d'une sélection naturelle – alors que « cultivar » est une division
infraspécifique résultant d'une sélection contrôlée, même si elle est empirique. Les termes « cultivar » et « variété » (au
sens de variété cultivée) sont équivalents. Dans les traductions ou adaptations de nomenclature botanique pour des
usages particuliers, les termes « cultivar » ou « variété » (ou leurs équivalents dans d'autres langues) peuvent être utilisés
dans le texte.
NOTE Les noms d'espèces et de variétés botaniques sont toujours donnés en latin et régies par la nomenclature
botanique.
3.33
cycle seuil
C
t
dans une PCR quantitative en temps réel, cycle auquel la fluorescence due à la réaction atteint un niveau de
seuil spécifié auquel le signal peut être distingué des niveaux de bruit de fond
3.34
dénaturation
processus de modification partielle ou totale de la structure native d'une macromolécule par perte de structure
secondaire et/ou tertiaire, résultant de la rupture des liaisons stabilisatrices faibles
EXEMPLE Il peut y avoir dénaturation lorsque les protéines et les acides nucléiques sont soumis à des
températures élevées, à des valeurs de pH extrêmes, des concentrations non physiologiques de sel, des solvants
organiques, de l'urée ou tout autre agent chimique.
3.35
ADN dénaturé
ADN double brin ayant été transformé en simples brins par un processus de dénaturation tel que le chauffage
3.36
dénaturation d'une protéine
traitement physique et/ou chimique qui détruit ou modifie les propriétés structurelles, fonctionnelles,
enzymatiques, ou antigéniques de la protéine considérée
3.37
désoxyribonucléase/ribonucléase
enzyme de la classe des hydrolases qui catalyse le clivage hydrolytique de l'acide désoxyribonucléique/acide
ribonucléique, qui peut produire un résidu nucléotidique par clivage à la fin de la chaîne ou un polynucléotide
par clivage en un emplacement situé dans la chaîne, également appelée DNAse/RNase
3.38
inhibiteur de la désoxyribonucléase/ribonucléase
substance qui stoppe ou ralentit l'activité de la désoxyribonucléase/ribonucléase
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ISO/DIS 16577
3.39
acide désoxyribonucléique
ADN
polymère de désoxyribonucléotides se présentant sous forme bicaténaire ou simple brin, dont la séquence
des bases (composés annulaires contenant de l'azote qui sont soit des purines soit des pyrimidines) renferme
l'information génétique, et qui est présent dans les chromosomes et le matériau chromosomique des
organites cellulaires, ainsi que dans les plasmides et les virus
3.40
désoxyribonucléotide triphosphate
dNTP
terme générique faisant référence aux quatre désoxyribonucléotides : la désoxyadénosine triphosphate
(dATP), la désoxycytidine triphosphate (dCTP), la désoxyguanosine triphosphate (dGTP), et la
désoxythymidine triphosphate (dTTP)
3.41
essai de détection
mode opératoire ou méthode utilisée pour identifier la présence de traits, microorganismes, organismes
nuisibles ou autres analytes dans un échantillon biologique, appliquée à un niveau taxonomique spécifié
3.42
détection d'un produit de PCR
découverte de l'existence d'un produit de PCR par visualisation d'une bande fluorescente (coloration au
bromure d'éthidium) sur un gel d'agarose ou à l'aide de sondes fluorescentes, lors d'applications de la PCR
en temps réel ou de variantes
3.43
essai avec bandelette réactive
voir essai sur membrane à débit latéral
3.44
extraction d'ADN
mode opératoire utilisé pour séparer l'ADN des autres constituants cellulaires (protéine,lipides, hydrates de
carbone, ARN etc.) et autres impuretés présents dans un échantillon pour essai
3.45
ADN polymérase
enzyme qui synthétise l'ADN en catalysant l'addition de résidus désoxyribonucléotidiques à l'extrémité
3'-hydroxyle d'une chaîne d'ADN, en partant d'un mélange de bases triphosphorylées appropriées
NOTE L'ADN Taq polymérase (3.205) est une ADN polymérase thermostable.
3.46
sonde d'ADN
petite séquence d'ADN marquée par un isotope ou une substance chimique, qui est utilisée pour la détection
d'une séquence nucléotidique complémentaire
NOTE Adapté de l'ISO 13495:2013.
3.47
purification de l'ADN
voir purification des acides nucléiques
3.48
séquenceur d'ADN
séquenceur de gènes
analyseur génétique
appareil utilisé pour déterminer la configuration des bases nucléotidiques (adénine, guanine, cytosine, et
thymine) dans une molécule d'ADN
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ISO/DIS 16577
3.49
ADN cible
voir séquence cible
3.50
électrophorèse
technique utilisée pour séparer, identifier et purifier des molécules (par exemple, un plasmide, des fragments
d'ADN issus d'une digestion, de l'ARN, une protéine et des produits de PCR), à partir du mouvement
différentiel de particules chargées dans une matrice, sous l'action d'un champ électrique
NOTE Adapté de l'ISO 13495:2013.
3.51
enzyme linked immunosorbent assay
ELISA
essai in vitro de dosage qualitatif, semi-quantitatif ou quantitatif qui combine les anticorps couplés à une
enzyme et un substrat de façon à obtenir un produit réactionnel coloré ou émetteur de fluorescence
NOTE En raison de la présence de l'enzyme fixée à l'anticorps, un substrat incolore peut rapidement être transformé
en produit coloré ou un substrat non fluorescent en produit intensément fluorescent.
3.52
séquence d'ADN endogène
séquence d'ADN de référence définie originaire du taxon correspondant
NOTE La séquence d'ADN endogène peut être utilisée pour déterminer la quantité en équivalents génomes de taxon
cible si la séquence est présente en nombre de copies constant et ne présente aucune variation allélique dans les
différents cultivars du taxon cible.
3.53
PCR au point final
méthode de PCR pour laquelle les amplicons sont détectés à la fin de la réaction de PCR, en général par
électrophorèse sur gel, et le produit amplifié est visualisé à l'aide d'un colorant fluorescent
3.54
témoin d'environnement
témoin utilisé pour démontrer l'absence de contamination des échantillons pour essai par l'environnement
3.55
erreur
différence entre la valeur mesurée d'une grandeur et la valeur de référence
NOTE « Erreur de mesure » peut être utilisé : (1) lorsqu'il existe une valeur de référence unique à laquelle se
rapporter (ce qui a lieu si l'on effectue un étalonnage au moyen d'un étalon dont la valeur mesurée a une incertitude de
mesure négligeable), ou (2) si l'on prend une valeur conventionnelle, auquel cas l'erreur de mesure n'est pas connue et si
l'on suppose le mesurande représenté par une valeur vraie unique ou un ensemble de valeurs vraies d'étendue
négligeables, l'erreur étant alors inconnue. Voir erreur absolue, et erreur en pourcentage.
3.56
événement
généralement utilisé pour décrire une plante transgénique et sa progéniture, caractérisé par la structure
unique d'une insertion d'ADN en un site spécifique sur un chromosome
3.57
méthode événement-spécifique
méthode de détection qui cible des séquences d'ADN au site d'intégration correspondant à un événement de
transformation spécifique
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ISO/DIS 16577
3.58
exonucléase
enzyme qui hydrolyse (clive) les liaisons phosphodiester terminales d'un acide nucléique et qui a la capacité
de cliver une molécule d'acide nucléique à double brin
3.59
incertitude de mesure élargie
produit d'une incertitude-type composée et d'un facteur plus grand que un
NOTE L'incertitude de mesure élargie est également appelée incertitude élargie. Le facteur dépend du type de loi de
probabilité de la grandeur de sortie dans le modèle de mesure et de la probabilité choisie. Le terme facteur utilisé dans la
définition est un facteur d'élargissement.
3.60
témoin externe d'amplification
ADN témoin ajouté à une aliquote d'acide nucléique extrait en quantité définie ou nombre de copies utilisé
comme témoin d'amplification dans les réactions basées sur les acides nucléiques
3.61
témoin négatif d'extraction
échantillon témoin négatif obtenu après avoir effectué toutes les étapes requises d'un mode opératoire
d'extraction ne comprenant toutefois pas l'ajout de la prise d'essai
NOTE Par exemple, en remplaçant la prise d'essai par de l'eau.
NOTE Ce témoin permet de démontrer l'absence de contamination de l'acide nucléique durant l'extraction.
3.62
faux négatif
erreur consistant à ne pas rejeter une hypothèse nulle alors qu'en fait, l'hypothèse n'est pas vraie
3.63
taux de faux négatifs
probabilité qu'un échantillon pour essai positif connu ait été classé comme négatif par la méthode
NOTE Le taux de faux négatif est le nombre de positifs connus mal classés divisé par le nombre total d'échantillons
pour essai positifs.
nombre total d'échantillons positifs connus mal classés
% de faux négatifs = × 100
nombre de résultats d'essai positifs (y compris les mal classés)
3.64
faux positif
erreur consistant à rejeter une hypothèse nulle alors qu'en réalité, elle est vraie
3.65
taux de faux positifs
probabilité qu'un échantillon pour essai négatif connu ait été classé comme positif par la méthode.
NOTE Le taux de faux positif est le nombre de négatifs connus mal classés divisé par le nombre total d'échantillons
pour essai négatifs.
nombre total d'échantillons négatifs connus mal classés
% de faux positifs = × 100
nombre de résultats d'essai négatifs (y compris les mal classés)
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ISO/DIS 16577
3.66
adéquation à un but
applicabilité d'une méthode prescrite ou situation dans laquelle des données obtenues au moyen d'un
processus de mesure permettent à un utilisateur de prendre des décisions techniquement et
administrativement correctes, dans un but déclaré
3.67
transfert d'énergie de fluorescence par résonance
FRET
transfert d'énergie fonction de la distance, entre un fluorophore donneur et un fluorophore accepteur,
aboutissant à une plus grande fluorescence de l'accepteur après excitation par un rayonnement
électromagnétique de longueur d'onde définie
3.68
sonde fluorescente
oligonucléotide ou analogue d'oligonucléotide de séquence définie, couplé avec une ou plusieurs molécules
fluorescentes qui émettent un signal fluorescent après une hybridation spécifique sur une séquence cible
d'acide nucléique qui peut être détectée par l'équipement spécifique
3.69
fluorophore
molécule ayant un groupe fonctionnel qui absorbe l'énergie d'une longueur d'onde spécifique et la réémet à
une longueur d'onde différente (mais également spécifique) en fonction du fluorophore et de l'environnement
chimique
3.70
marche en avant
principe appliqué à la manipulation pour garantir la ségrégation des échantillons pour laboratoire et des prises
d'essais brutes ou transformées (notamment de l'ADN obtenu par amplification) tout au long du mode
opératoire
3.71
génie génétique
modification génétique
altération délibérée sélective de gènes (matériel génétique) par la technologie de l'ADN recombinant
3.72
teneur obtenue par génie génétique
teneur GE
valeur de mesure qui identifie et quantifie les niveaux de traits produits par génie génétique ou le matériel
produit par génie génétique, dans un produit
NOTE Généralement, la teneur GE est estimée par détection, identification et quantification de l'analyte.
3.73
organisme produit par génie génétique
OGG
organisme génétiquement modifié
OGM
organisme dont le matériel génétique a été modifié par biotechnologie d'une manière qui ne se produit pas
naturellement par multiplication et/ou recombinaison naturelle
3.74
bonnes pratiques de laboratoire
ensemble des règles et règlements émis par un organisme officiel ou par un organisme de normalisation, ou
bonnes pratiques généralement admises destinées à être appliquées en laboratoire, qui établissent des lignes
directrices méthodologiques générales relatives aux modes opératoires et à la gestion des enregistrements
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ISO/DIS 16577
3.75
HorRat
rapport de l'écart-type de reproductibilité relatif à la valeur calculée à partir de l'équation Horwitz
–0,15
NOTE Ecart-type relatif prévu (PRSD) =2C
R
HorRat(R) = RSD /PRSD ,
R R
HorRat(r) = RSD /PRSD , (S'il est appliqué à des études intralaboratoires, la plage normale du HorRat(r)
r R
est de 0,30 – 1,30)
–6
NOTE Pour vérifier le calcul de l'écart-type PRSD , une concentration C de 10 devrait donner un PRSDR de 16 %.
R
C'est la concentration exprimée sous forme de fraction massique (le numérateur et le dénominateur étant exprimés dans
les mêmes unités). Le HorRat est un indicateur de performance de la méthode pour une large majorité de méthodes en
chimie. Ses valeurs normales sont comprises entre 0,50 et 2,00.
3.76
PCR Hot Start
méthode de PCR utilisant une ADN polymérase thermostable qui s'active à une température spécifique par le
biais d'une étape initiale de chauffage afin de réduire l'amplification non spécifique
3.77
hybridation (génétique moléculaire)
interaction non covalente séquence-spécifique entre deux séquences complémentaires d'acides nucléiques
(ARN et/ou ADN) dans des conditions de réaction appropriées pour former une molécule bicaténaire
3.78
sonde d'hybridation
système comportant deux sondes fluorescentes couplées chacune avec un fluorophore, dans lequel l'un sert
de donneur et l'autre d'accepteur
sondes non hybridées en solution sondes hybridées aboutissant
à la fluorescence de l'accepteur
Légende
A fluorophore accepteur
D fluorophore donneur
Figure 1 — Schéma d'une sonde d'hybridation
3.79
sonde d'hydrolyse
sonde fluorescen
...
Questions, Comments and Discussion
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