Foodstuffs -- Principles of selection and criteria of validation for varietal identification methods using specific nucleic acid

ISO 13495:2013 specifies molecular tools for generating molecular profiles of varieties of plant species, enabling varietal identification, i.e. confirmation of identity in relation to one or more references. ISO 13495:2013 is applicable to various matrices, seeds, leaves, roots, industrial products composed of only one variety. Matrices presented in the form of mixtures of varieties (such as purees, compotes, flours) are excluded from the scope of ISO 13495:2013. It does not deal with genetic purity.

Produits alimentaires -- Principes de sélection et critères de validation des méthodes d'identification variétale utilisant des acides nucléiques spécifiques

L'ISO 13495:2013 spécifie des outils moléculaires qui permettent d'établir des profils moléculaires de variétés d'espčces végétales aux fins de l'identification variétale, c'est-ŕ-dire la confirmation d'identité par rapport ŕ une ou plusieurs références. L'ISO 13495:2013 s'applique ŕ différentes matrices (semences, feuilles, racines, produits industriels) constituées d'une seule variété. Les matrices se présentant sous forme de mélanges de variétés (purées, compotes, farines) sont exclues du domaine d'application de l'ISO 13495:2013. Elle ne traite pas de la pureté génétique.

General Information

Status
Published
Publication Date
28-Oct-2013
Current Stage
6060 - International Standard published
Start Date
31-Jul-2013
Completion Date
29-Oct-2013
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INTERNATIONAL ISO
STANDARD 13495
First edition
2013-11-01
Foodstuffs — Principles of selection
and criteria of validation for varietal
identification methods using specific
nucleic acid
Produits alimentaires — Principes de sélection et critères de
validation des méthodes d’identification variétale utilisant des acides
nucléiques spécifiques
Reference number
ISO 13495:2013(E)
ISO 2013
---------------------- Page: 1 ----------------------
ISO 13495:2013(E)
COPYRIGHT PROTECTED DOCUMENT
© ISO 2013

All rights reserved. Unless otherwise specified, no part of this publication may be reproduced or utilized otherwise in any form

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written permission. Permission can be requested from either ISO at the address below or ISO’s member body in the country of

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Published in Switzerland
ii © ISO 2013 – All rights reserved
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ISO 13495:2013(E)
Contents Page

Foreword ........................................................................................................................................................................................................................................iv

Introduction ..................................................................................................................................................................................................................................v

1 Scope ................................................................................................................................................................................................................................. 1

2 Normative references ...................................................................................................................................................................................... 1

3 Terms and definitions ..................................................................................................................................................................................... 1

3.1 Terms related to variety .................................................................................................................................................................. 1

3.2 Terms related to DNA/RNA extraction and purification ..................................................................................... 2

3.3 Terms related to PCR amplification of nucleic acids .............................................................................................. 2

3.4 Terms related to detection ............................................................................................................................................................ 3

3.5 Terms related to controls ............................................................................................................................................................... 3

3.6 Terms related to markers .............................................................................................................................................................. 4

4 Quality assurance on the test results .............................................................................................................................................. 4

5 Selection of methods ........................................................................................................................................................................................ 6

6 Markers selection ................................................................................................................................................................................................ 6

6.1 General criteria ....................................................................................................................................................................................... 6

6.2 Marker set selection ........................................................................................................................................................................... 6

6.3 SSR markers............................................................................................................................................................................................... 6

6.4 Single nucleotide polymorphism (SNP) ............................................................................................................................ 7

7 Laboratory samples ........................................................................................................................................................................................... 7

7.1 Sample ............................................................................................................................................................................................................ 7

7.2 Sample size ................................................................................................................................................................................................. 7

7.3 Reference material ............................................................................................................................................................................... 7

8 Laboratory validation ..................................................................................................................................................................................... 8

8.1 General ........................................................................................................................................................................................................... 8

8.2 Intralaboratory validation criteria ......................................................................................................................................... 8

8.3 Interlaboratory validation criteria ......................................................................................................................................... 9

9 Interpretation and expression of the results .......................................................................................................................10

9.1 General ........................................................................................................................................................................................................10

9.2 Data annotation system ................................................................................................................................................................10

9.3 Analysis of results ..............................................................................................................................................................................11

9.4 Expression of results .......................................................................................................................................................................11

10 Test report ................................................................................................................................................................................................................11

Bibliography .............................................................................................................................................................................................................................13

© ISO 2013 – All rights reserved iii
---------------------- Page: 3 ----------------------
ISO 13495:2013(E)
Foreword

ISO (the International Organization for Standardization) is a worldwide federation of national standards

bodies (ISO member bodies). The work of preparing International Standards is normally carried out

through ISO technical committees. Each member body interested in a subject for which a technical

committee has been established has the right to be represented on that committee. International

organizations, governmental and non-governmental, in liaison with ISO, also take part in the work.

ISO collaborates closely with the International Electrotechnical Commission (IEC) on all matters of

electrotechnical standardization.

The procedures used to develop this document and those intended for its further maintenance are

described in the ISO/IEC Directives, Part 1. In particular the different approval criteria needed for the

different types of ISO documents should be noted. This document was drafted in accordance with the

editorial rules of the ISO/IEC Directives, Part 2. www.iso.org/directives

Attention is drawn to the possibility that some of the elements of this document may be the subject of

patent rights. ISO shall not be held responsible for identifying any or all such patent rights. Details of

any patent rights identified during the development of the document will be in the Introduction and/or

on the ISO list of patent declarations received. www.iso.org/patents

Any trade name used in this document is information given for the convenience of users and does not

constitute an endorsement.

The committee responsible for this document is ISO/TC 34, Food products, Subcommittee SC 16,

Horizontal methods for molecular biomarker analysis.
iv © ISO 2013 – All rights reserved
---------------------- Page: 4 ----------------------
ISO 13495:2013(E)
Introduction

This International Standard outlines guidelines designed to support decision-making and validation on

the protocols used to produce high-quality molecular data for varietal identification.

Varietal identification testing requires high-quality markers, which are able to provide reproducible

data using a variety of equipment, chemistries and reagents. Accordingly, this International Standard

only addresses specific amplification methods.

The aims of this International Standard are to ensure that the methods of analysis are compatible with

customer requests, to list the different steps towards method validation, and to define acceptance

criteria. It also guarantees that the general principles employed in performing these analyses will be the

same across all laboratories (reference material, sample size, laboratory sample, test portion, extraction,

results analysis and interpretation, certificate of analysis).

Finally, this International Standard plays a role in standardizing the results obtained by different

laboratories.
© ISO 2013 – All rights reserved v
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INTERNATIONAL STANDARD ISO 13495:2013(E)
Foodstuffs — Principles of selection and criteria of validation
for varietal identification methods using specific nucleic acid
1 Scope

This International Standard specifies molecular tools for generating molecular profiles of varieties of plant

species, enabling varietal identification, i.e. confirmation of identity in relation to one or more references.

This International Standard is applicable to various matrices, seeds, leaves, roots, industrial products

composed of only one variety. Matrices presented in the form of mixtures of varieties (such as purees,

compotes, flours) are excluded from the scope of this document.
This International Standard does not deal with genetic purity.
2 Normative references

The following documents, in whole or in part, are normatively referenced in this document and are

indispensable to its application. For dated references, only the edition cited applies. For undated

references, the latest edition of the referenced document (including any amendments) applies.

ISO/IEC 17025:2005, General requirements for the competence of testing and calibration laboratories

3 Terms and definitions
For the purposes of this document, the following terms and definitions apply.
3.1 Terms related to variety
3.1.1
cultivar

group of cultivated plants which may be clearly defined by morphological, physical, cytological, chemical

or other characteristics and which, after sexual or asexual reproduction, keeps its distinct character

[SOURCE: ISO 7563:1998, definition 1.12]

Note 1 to entry: The concept of “cultivar” is essentially different  from the concept of the botanical variety

“varietas”, in that

— “cultivar” is an infraspecific division resulting from controlled selection, even if empirical;

— “varietas” is an infraspecific division resulting from natural selection.

The terms “cultivar” and “variety” (in the sense of cultivated variety) are equivalent. In translations or adaptations

of botanical nomenclature for particular uses, the terms “cultivar” or “variety” (or their equivalents in other

languages) may be used in text.

Note 2 to entry: The names of botanical varieties and species are always in Latin form and are governed by

botanical nomenclature.
3.1.2
species

group of organisms that have a high level of genetic (DNA) similarity and are capable of interbreeding:

often containing subspecies, varieties or races

Note 1 to entry: A species is designated in italics by the genus name followed by the specific name, e.g. Ananas comosus.

© ISO 2013 – All rights reserved 1
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ISO 13495:2013(E)
3.1.3
variety

unique and uniform member of a species of plant (except for hybrid species) that retains its characteristics

from generation to generation through its natural mode of reproduction

[SOURCE: ISO 5527:—, definition 2.1.7, modified — the other preferred term “cultivar” has been deleted.]

3.2 Terms related to DNA/RNA extraction and purification
3.2.1
nucleic acid extraction
sample treatment for the liberation of target nucleic acid

Note 1 to entry: The nucleic acid extraction procedure is used for isolating nucleic acids from other cellular

components, such as protein, lipids, carbohydrates and other impurities in a test sample.

[SOURCE: ISO 22174:2005, definition 3.2.1, modified — Note 1 has been added.]
3.2.2
nucleic acid purification
method resulting in a more purified DNA

Note 1 to entry: A procedure or process involving sequential steps used to separate DNA and/or RNA from other

components in a sample. A highly purified DNA or RNA sample contains negligible observable or measurable

effects attributable to inhibitors of the polymerase chain reaction.

Note 2 to entry: In this context, purity refers to the reduction of observable and measurable effects of PCR inhibitors.

[SOURCE: ISO 22174:2005, definition 3.2.2, modified — Note 1 has been added; Note 2 has been modified.]

3.3 Terms related to PCR amplification of nucleic acids
3.3.1
amplicon

specific DNA fragment produced by a DNA-amplification technology, such as the polymerase chain

reaction (PCR)
3.3.2
hybridization

specific binding of complementary nucleic acid sequences under suitable reaction conditions

[SOURCE: ISO 22174:2005, definition 3.6.3]
3.3.3
multiplex PCR

PCR that uses multiple pairs of primers in different loci combined within a single reaction mixture to

produce multiple amplicons simultaneously

[SOURCE: ISO 22174:2005, definition 3.4.11, modified — the phrase following “primers” has been added.]

3.3.4
polymerase chain reaction
PCR
enzymatic procedure which allows in vitro amplification of DNA
[SOURCE: ISO 22174:2005, definition 3.4.1]
2 © ISO 2013 – All rights reserved
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ISO 13495:2013(E)
3.3.5
primer

oligonucleotide of defined length and sequence complementary to a segment of an analytically

relevant DNA sequence
[SOURCE: ISO 22174:2005, definition 3.4.12]
3.3.6
probe

labelled nucleic acid molecule with a defined sequence used to detect target DNA by hybridization

[SOURCE: ISO 22174:2005, definition 3.6.1, modified — the term was originally “DNA probe”.]

3.3.7
specificity

property of a method to respond exclusively to the characteristic or analyte under investigation

Note 1 to entry: It describes the ability to specifically recognize the nucleic acid sequence to be detected by

distinguishing it from other nucleic acid sequences, and the tendency for a primer or probe to hybridize with its

intended target and not hybridize with other non-target sequences.
[SOURCE: ISO 24276:2006, definition 3.1.4, modified — Note 1 has been added.]
3.3.8
thermocycler

automated laboratory apparatus used to repeatedly raise and lower the temperature of a sample by

cycling through a series of discrete, pre-programmed steps
Note 1 to entry: This cycling of temperatures drives the PCR process.
3.4 Terms related to detection
3.4.1
electrophoresis

method of separating electrically-charged particles by their differential migration under an electric field

Note 1 to entry: PCR products can be separated by various types of electrophoresis.

3.5 Terms related to controls
3.5.1
reference sample
reference material

material or substance, one or more of whose property values are sufficiently homogeneous and well

established to be used for the calibration of an apparatus, the assessment of a measurement method, or

for assigning values to materials

Note 1 to entry: The reference material may be either provided by the customer, internal to the laboratory, or an

officially-designated reference.
[SOURCE: ISO Guide 30]
[SOURCE: ISO 24276:2006, definition 3.5.1, modified — Note 1 has been added.]
3.5.2
test control

one or more samples that have undergone all or part of the analytical process designed for the target

samples and which can reveal known alleles of the markers used, thereby signalling any process errors

and providing reference alleles which can facilitate the reading of results
© ISO 2013 – All rights reserved 3
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ISO 13495:2013(E)
3.6 Terms related to markers
3.6.1
allele competition

preferential amplification of one allele over another in a heterozygote or a mixture

3.6.2
allele frequency

measure of how common an allele is in a population; the proportion or percentage of all of the occurrences

of a locus that is occupied by a given allele
3.6.3
marker

genetic marker that typically applies to DNA fragments matching a given locus that gives information on

the genotype of the carrier or on the genotype of neighbouring loci
3.6.4
null allele

sequence variant that precludes PCR amplification of a particular target, resulting in

the absence of detectable PCR product
3.6.5
repeat region

genomic region in which a particular DNA or RNA sequence occurs as multiple copies

3.6.6
simple sequence repeat
SSR

region of DNA consisting of a short (1 bp to 6 bp) sequence (repeat unit) that is tandemly repeated many

(typically five to 50) times
Note 1 to entry: SSRs are commonly known as microsatellites.

Note 2 to entry: The number of repeat units present at a specified SSR, and thus the overall length of the SSR, often

varies among individuals.
3.6.7
single nucleotide polymorphism
SNP

single nucleotide variation in a genetic sequence that occurs at appreciable frequency in the population

Note 1 to entry: SNP is often pronounced “snip”.
[SOURCE: ISO 25720:2009, definition 4.23, modified — Note 1 has been added.]
4 Quality assurance on the test results
The requirements and guidelines set out in Table 1 are coded as follows:
— C: compulsory;
...

NORME ISO
INTERNATIONALE 13495
Première édition
2013-11-01
Produits alimentaires — Principes
de sélection et critères de validation
des méthodes d’identification
variétale utilisant des acides
nucléiques spécifiques
Foodstuffs — Principles of selection and criteria of validation for
varietal identification methods using specific nucleic acid
Numéro de référence
ISO 13495:2013(F)
ISO 2013
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ISO 13495:2013(F)
DOCUMENT PROTÉGÉ PAR COPYRIGHT
© ISO 2013

Droits de reproduction réservés. Sauf indication contraire, aucune partie de cette publication ne peut être reproduite ni utilisée

sous quelque forme que ce soit et par aucun procédé, électronique ou mécanique, y compris la photocopie, l’affichage sur

l’internet ou sur un Intranet, sans autorisation écrite préalable. Les demandes d’autorisation peuvent être adressées à l’ISO à

l’adresse ci-après ou au comité membre de l’ISO dans le pays du demandeur.
ISO copyright office
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Tel. + 41 22 749 01 11
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Web www.iso.org
Publié en Suisse
ii © ISO 2013 – Tous droits réservés
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ISO 13495:2013(F)
Sommaire Page

Avant-propos ..............................................................................................................................................................................................................................iv

Introduction ..................................................................................................................................................................................................................................v

1 Domaine d’application ................................................................................................................................................................................... 1

2 Références normatives ................................................................................................................................................................................... 1

3 Termes et définitions ....................................................................................................................................................................................... 1

3.1 Termes relatifs à la variété ............................................................................................................................................................ 1

3.2 Termes relatifs à l’extraction et à la purification de l’ADN/ARN .................................................................. 2

3.3 Termes relatifs à l’amplification des acides nucléiques par PCR ................................................................. 2

3.4 Termes relatifs à la détection ..................................................................................................................................................... 3

3.5 Termes relatifs aux témoins ........................................................................................................................................................ 3

3.6 Termes relatifs aux marqueurs ................................................................................................................................................. 4

4 Assurance qualité des résultats d’essai ........................................................................................................................................ 4

5 Choix des méthodes ........................................................................................................................................................................................... 6

6 Choix des marqueurs ....................................................................................................................................................................................... 6

6.1 Critères généraux .................................................................................................................................................................................. 6

6.2 Choix du jeu de marqueurs .......................................................................................................................................................... 6

6.3 Marqueurs SSR ........................................................................................................................................................................................ 6

6.4 Polymorphisme mononucléotidique (SNP) ................................................................................................................... 7

7 Échantillons pour laboratoire ................................................................................................................................................................ 7

7.1 Échantillon .................................................................................................................................................................................................. 7

7.2 Taille de l’échantillon ......................................................................................................................................................................... 7

7.3 Matériau de référence ....................................................................................................................................................................... 7

8 Validation en laboratoire ............................................................................................................................................................................. 8

8.1 Généralités .................................................................................................................................................................................................. 8

8.2 Critères de validation intralaboratoire .............................................................................................................................. 8

8.3 Critères de validation interlaboratoires ............................................................................................................................ 9

9 Interprétation et expression des résultats ............................................................................................................................11

9.1 Généralités ...............................................................................................................................................................................................11

9.2 Système de notation des données .......................................................................................................................................11

9.3 Analyse des résultats ......................................................................................................................................................................11

9.4 Expression des résultats ..............................................................................................................................................................12

10 Rapport d’essai ....................................................................................................................................................................................................12

Bibliographie ...........................................................................................................................................................................................................................13

© ISO 2013 – Tous droits réservés iii
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ISO 13495:2013(F)
Avant-propos

L’ISO (Organisation internationale de normalisation) est une fédération mondiale d’organismes

nationaux de normalisation (comités membres de l’ISO). L’élaboration des Normes internationales est

en général confiée aux comités techniques de l’ISO. Chaque comité membre intéressé par une étude

a le droit de faire partie du comité technique créé à cet effet. Les organisations internationales,

gouvernementales et non gouvernementales, en liaison avec l’ISO participent également aux travaux.

L’ISO collabore étroitement avec la Commission électrotechnique internationale (CEI) en ce qui concerne

la normalisation électrotechnique.

Les procédures utilisées pour élaborer le présent document et celles destinées à sa mise à jour sont

décrites dans les Directives ISO/CEI, Partie 1. Il convient, en particulier, de prendre note des différents

critères d’approbation requis pour les différents types de documents ISO. Le présent document a été

rédigé conformément aux règles de rédaction données dans les Directives ISO/CEI, Partie 2, www.iso.

org/directives.

L’attention est appelée sur le fait que certains des éléments du présent document peuvent faire l’objet de

droits de propriété intellectuelle ou de droits analogues. L’ISO ne saurait être tenue pour responsable

de ne pas avoir identifié de tels droits de propriété et averti de leur existence. Les détails concernant les

références aux droits de propriété intellectuelle ou autres droits analogues identifiés lors de l’élaboration

du document sont indiqués dans l’Introduction et/ou sur la liste ISO des déclarations de brevets reçues,

www.iso.org/brevets.

Les éventuelles appellations commerciales utilisées dans le présent document sont données pour

information à l’intention des utilisateurs et ne constituent pas une approbation ou une recommandation.

Le comité chargé de l’élaboration du présent document est l’ISO/TC 34, Produits alimentaires, sous-

comité SC 16, Méthodes horizontales pour l’analyse moléculaire de biomarqueurs.
iv © ISO 2013 – Tous droits réservés
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ISO 13495:2013(F)
Introduction

La présente Norme internationale présente des lignes directrices en vue du choix et de la validation

des méthodologies utilisées pour produire des données moléculaires de haute qualité destinées à

l’identification variétale.

Les essais d’identification variétale nécessitent des marqueurs de haute qualité capables de fournir des

données reproductibles en utilisant une diversité d’équipements, de produits chimiques et de réactifs.

Par conséquent, seules des méthodes d’amplification spécifiques sont traitées dans la présente Norme

internationale.

La présente Norme internationale a pour objectif d’assurer la compatibilité des méthodes d’analyse

par rapport aux demandes du client, de lister les différentes étapes pour la validation des méthodes

et de définir des critères d’acceptation. Elle garantit également que les principes généraux utilisés

pour effectuer ces analyses seront identiques dans tous les laboratoires (matériau de référence, taille

de l’échantillon, échantillon pour laboratoire, prise d’essai, extraction, analyse et interprétation des

résultats, certificat d’analyse).

Enfin, la présente Norme internationale participe à l’homogénéisation des résultats obtenus dans les

différents laboratoires.
© ISO 2013 – Tous droits réservés v
---------------------- Page: 5 ----------------------
NORME INTERNATIONALE ISO 13495:2013(F)
Produits alimentaires — Principes de sélection et critères
de validation des méthodes d’identification variétale
utilisant des acides nucléiques spécifiques
1 Domaine d’application

La présente Norme internationale spécifie des outils moléculaires qui permettent d’établir des profils

moléculaires de variétés d’espèces végétales aux fins de l’identification variétale, c’est-à-dire la

confirmation d’identité par rapport à une ou plusieurs références.

La présente Norme internationale s’applique à différentes matrices (semences, feuilles, racines, produits

industriels) constituées d’une seule variété. Les matrices se présentant sous forme de mélanges de

variétés (purées, compotes, farines) sont exclues du domaine d’application du présent document.

La présente Norme internationale ne traite pas de la pureté génétique.
2 Références normatives

Les documents suivants, en tout ou partie, sont référencés de manière normative dans le présent

document et sont indispensables pour son application. Pour les références datées, seule l’édition citée

s’applique. Pour les références non datées, la dernière édition du document de référence s’applique (y

compris les éventuels amendements).

ISO/CEI 17025:2005, Exigences générales concernant la compétence des laboratoires d’étalonnages et d’essais

3 Termes et définitions

Pour les besoins du présent document, les termes et définitions suivants s’appliquent.

3.1 Termes relatifs à la variété
3.1.1
cultivar

ensemble de plantes cultivées pouvant être clairement défini par des caractéristiques morphologiques,

physiques, cytologiques, chimiques ou autres et qui, après reproduction sexuée ou asexuée, conserve ses

caractères distinctifs
[SOURCE: ISO 7563:1998, définition 1.12]

Note 1 à l’article: Le concept de «cultivar» diffère essentiellement du concept de variété botanique «varietas» en ce que:

— «cultivar» est une division infraspécifique résultant d’une sélection contrôlée, même empirique;

— «varietas» est une division infraspécifique résultant d’une sélection naturelle.

Les termes «cultivar» et «variété» (au sens de variété cultivée) sont équivalents. Dans les traductions ou les

adaptations de la nomenclature botanique à des fins particulières, les termes «cultivar» ou «variété» (ou leurs

équivalents dans d’autres langues) peuvent être employés dans le texte.

Note 2 à l’article: Les noms des propriétés et des espèces botaniques sont toujours présentés sous forme latine et

sont régis par la nomenclature botanique.
© ISO 2013 – Tous droits réservés 1
---------------------- Page: 6 ----------------------
ISO 13495:2013(F)
3.1.2
espèce

groupe d’organismes présentant un haut niveau de similitude génétique (ADN) et pouvant se croiser

entre eux; contenant souvent des sous-espèces, des variétés ou des races

Note 1 à l’article: Une espèce est désignée en italique par le nom du genre suivi du nom spécifique, par exemple

Ananas comosus.
3.1.3
variété

individu unique et uniforme d’une espèce végétale (à l’exception des espèces hybrides) qui conserve ses

caractéristiques de génération en génération, par son mode de reproduction naturel

[SOURCE: ISO 5527:—, définition 2.1.7, modifiée — l’autre terme préféré «cultivar» a été supprimé.]

3.2 Termes relatifs à l’extraction et à la purification de l’ADN/ARN
3.2.1
extraction de l’acide nucléique
préparation d’un échantillon pour la libération de l’acide nucléique cible

Note 1 à l’article: Le mode opératoire d’extraction de l’acide nucléique est utilisé pour isoler les acides nucléiques

des autres composants cellulaires tels que les protéines, les lipides, les glucides, ainsi que les autres impuretés

dans un échantillon pour essai.
[SOURCE: ISO 22174:2005, définition 3.2.1, modifiée — La Note 1 a été ajoutée.]
3.2.2
purification de l’acide nucléique
méthode permettant d’obtenir un ADN purifié

Note 1 à l’article: Mode opératoire ou méthode impliquant des étapes séquentielles et utilisé(e) pour séparer

l’ADN et/ou l’ARN des autres composants dans un échantillon Un échantillon d’ADN ou d’ARN hautement purifié

contient des effets observables et mesurables négligeables pouvant être attribués aux inhibiteurs de la réaction

de polymérisation en chaîne.

Note 2 à l’article: Dans ce contexte, la pureté renvoie à la réduction d’effets observables et mesurables

d’inhibiteurs de PCR.

[SOURCE: ISO 22174:2005, définition 3.2.2, modifiée — La Note 1 a été ajoutée; la Note 2 a été modifiée.]

3.3 Termes relatifs à l’amplification des acides nucléiques par PCR
3.3.1
amplicon

fragment d’ADN spécifique produit par une technologie d’amplification de l’ADN telle que la réaction de

polymérisation en chaîne (PCR)
3.3.2
hybridation

liaison spécifique de séquences complémentaires d’acides nucléiques dans les conditions de réaction

appropriées
[SOURCE: ISO 22174:2005, définition 3.6.3]
3.3.3
PCR multiplex

PCR qui utilise des paires d’amorces multiples dans différents loci combinés au sein d’un seul mélange

de réaction pour produire plusieurs amplicons simultanément

[SOURCE: ISO 22174:2005, définition 3.4.11, modifiée — la portion de phrase suivant «amorces multiples»

a été ajoutée.]
2 © ISO 2013 – Tous droits réservés
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ISO 13495:2013(F)
3.3.4
réaction de polymérisation en chaîne
PCR
méthode enzymatique permettant l’amplification in vitro de l’ADN
[SOURCE: ISO 22174:2005, définition 3.4.1]
3.3.5
amorce

oligonucléotide de longueur et de séquence définies, complémentaire d’un segment d’une séquence

d’ADN pertinente pour l’analyse
[SOURCE: ISO 22174:2005, définition 3.4.12]
3.3.6
sonde d’ADN

molécule d’acide nucléique marqué ayant une séquence définie, utilisée pour détecter l’ADN cible

par hybridation
[SOURCE: ISO 22174:2005, définition 3.6.1]
3.3.7
spécificité

propriété d’une méthode à répondre exclusivement à la caractéristique ou à l’analyte soumis à essai

Note 1 à l’article: Elle décrit l’aptitude à reconnaître spécifiquement la séquence d’acide nucléique à détecter en la

distinguant des autres séquences d’acide nucléique et la tendance d’une amorce ou d’une sonde à s’hybrider avec

sa cible prévue et à ne pas s’hybrider avec les autres séquences non cibles.
[SOURCE: ISO 24276:2006, définition 3.1.4, modifiée — La Note 1 a été ajoutée.]
3.3.8
thermocycleur

appareil de laboratoire automatique utilisé pour augmenter et baisser la température d’un échantillon de

façon répétée en réalisant des cycles par l’intermédiaire d’une série d’étapes discrètes préprogrammées

Note 1 à l’article: Ce cyclage des températures amorce le processus de PCR.
3.4 Termes relatifs à la détection
3.4.1
électrophorèse

méthode de séparation de particules chargées électriquement par migration différentielle sous l’action

d’un champ électrique

Note 1 à l’article: Les produits PCR peuvent être séparés par différents types d’électrophorèse.

3.5 Termes relatifs aux témoins
3.5.1
témoin d’identification
matériau de référence

matériau ou substance dont une ou plusieurs valeurs des propriétés sont suffisamment homogènes et

bien définies pour permettre de l’utiliser pour l’étalonnage d’un appareil, l’évaluation d’une méthode de

mesure ou l’attribution de valeurs aux matériaux

Note 1 à l’article: Le matériau de référence peut être fourni par le client, être interne au laboratoire ou être une

référence officielle.
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ISO 13495:2013(F)
[SOURCE: Guide ISO 30]
[SOURCE: ISO 24276:2006, définition 3.5.1, modifiée — La Note 1 a été ajoutée.]
3.5.2
témoin de manipulation

un ou plusieurs échantillons ayant subi une partie ou la totalité du processus analytique des échantillons

cibles et permettant de révéler des allèles connus des marqueurs utilisés, en servant ainsi à repérer les

erreurs de processus et en fournissant des allèles de référence susceptibles de faciliter la lecture des résultats

3.6 Termes relatifs aux marqueurs
3.6.1
compétition allélique

amplification préférentielle d’un allèle par rapport à un autre dans le cas d’un hétérozygote ou d’un mélange

3.6.2
fréquence allélique

mesure de la fréquence d’un allèle dans une population; proportion ou pourcentage total(e) d’apparition

d’un locus occupé par un allèle donné
3.6.3
marqueur

marqueur génétique qui s’applique généralement aux fragments d’ADN correspondant à un locus donné

qui renseigne sur le génotype de l’individu qui le porte ou sur le génotype des loci voisins

3.6.4
allèle nul

variant de séquence qui exclut l’amplification par PCR d’une cible particulière,

résultant en l’absence de produit PCR détectable
3.6.5
région répétée

région du génome dans laquelle une séquence d’ADN ou d’ARN spécifique est présente en plusieurs copies

3.6.6
marqueur SSR
[abréviation de Simple Sequence Repeat]

région de l’ADN constituée d’une courte (1 pb à 6 pb) séquence (unité de répétition) qui est répétée en

tandem à de nombreuses (généralement 5 à 50) reprises
Note 1 à l’article: Les SSR sont généralement appelés «microsatellites».

Note 2 à l’article: Le nombre d’unités de répétition présentes à un SSR spécifié, et donc la longueur globale du SSR,

varie souvent selon les individus.
3.6.7
polymorphisme mononucléotidique
SNP

variation mononucléotidique dans une séquence génétique qui se produit à une fréquence appréciable

dans la population
Note 1 à l’article: SNP se prononce souvent «snip».
[SOURCE: ISO 25720:2009, définition 4.23, modifiée — La Note 1 a été ajoutée.]
4 Assurance qualité des résultats d’essai

Les exigences et lignes directrices présentées dans le Tableau 1 utilisent le code suivant:

— O: Obligatoire; C: Conseillé.
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ISO 13495:2013(F)
Tableau 1 — Exigences et lignes directrices relatives aux résultats d’essai
PERSONNEL

Le personnel qui exécute des tâches spécifiques doit être qualifié sur la base d’un niveau d’études, d’une forma-

tion, d’une expérience appropriés et/ou de compétences démontrées, selon les tâches exigées.

Critères Exigence (O ou C)
Formation à l’utilisation du ma
...

Questions, Comments and Discussion

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