ISO/TR 17622:2015

Molecular biomarker analysis — SSR analysis of sunflower

The methods and SSR markers included in ISO/TR 17622:2015 can be used for testing hybrid conformity and other applications such as molecular fingerprinting of varieties and checking variety identity.

Analyse moléculaire de biomarqueurs — Méthode d'analyse SSR sur le tournesol

Les méthodes et les marqueurs SSR décrits dans l'ISO/TR 17622:2015 peuvent être utilisés pour réaliser des contrôles de la conformité des hybrides et pour d'autres applications telles que la caractérisation moléculaire des variétés ou le contrôle d'identité variétale.

General Information

• Status: Published
• Publication Date: 05-Nov-2015
• ICS: 67.050 - General methods of tests and analysis for food products
• Technical Committee: ISO/TC 34/SC 16 - Horizontal methods for molecular biomarker analysis
• Drafting Committee: ISO/TC 34/SC 16 - Horizontal methods for molecular biomarker analysis
• Current Stage: 9093 - International Standard confirmed
• Completion Date: 18-Mar-2021

Standards Content (Sample)

TECHNICAL ISO/TR
REPORT 17622
First edition
2015-11-01
Molecular biomarker analysis — SSR
analysis of sunflower
Analyse moléculaire de biomarqueurs — Méthode d’analyse SSR
sur le tournesol
Reference number
ISO/TR 17622:2015(E)
©
ISO 2015

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ISO/TR 17622:2015(E)

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ii © ISO 2015 – All rights reserved

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ISO/TR 17622:2015(E)

Contents Page
Foreword .iv
Introduction .v
1 Scope . 1
2 Principle . 1
3 Consumables and equipment . 1
4 Procedure. 1
4.1 Sample preparation . 1
4.2 DNA Extraction and Quantification . 2
4.3 PCR amplification . 2
5 Established list of SSR markers for sunflower hybrid conformity testing .3
5.1 Characteristics of the SSRs . 3
5.2 SSR primer sequences . 4
5.3 Observed SSR profiles of sunflower lines . 5
Bibliography . 6
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ISO/TR 17622:2015(E)

Foreword
ISO (the International Organization for Standardization) is a worldwide federation of national standards
bodies (ISO member bodies). The work of preparing International Standards is normally carried out
through ISO technical committees. Each member body interested in a subject for which a technical
committee has been established has the right to be represented on that committee. International
organizations, governmental and non-governmental, in liaison with ISO, also take part in the work.
ISO collaborates closely with the International Electrotechnical Commission (IEC) on all matters of
electrotechnical standardization.
The procedures used to develop this document and those intended for its further maintenance are
described in the ISO/IEC Directives, Part 1. In particular the different approval criteria needed for the
different types of ISO documents should be noted. This document was drafted in accordance with the
editorial rules of the ISO/IEC Directives, Part 2 (see www.iso.org/directives).
Attention is drawn to the possibility that some of the elements of this document may be the subject of
patent rights. ISO shall not be held responsible for identifying any or all such patent rights. Details of
any patent rights identified during the development of the document will be in the Introduction and/or
on the ISO list of patent declarations received (see www.iso.org/patents).
Any trade name used in this document is information given for the convenience of users and does not
constitute an endorsement.
For an explanation on the meaning of ISO specific terms and expressions related to conformity
assessment, as well as information about ISO’s adherence to the WTO principles in the Technical
Barriers to Trade (TBT) see the following URL: Foreword - Supplementary information.
The committee responsible for this document is ISO/TC 34, Food products, Subcommittee SC 16,
Horizontal methods for molecular biomarker analysis.
iv © ISO 2015 – All rights reserved

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ISO/TR 17622:2015(E)

Introduction
Varietal identification testing requires high-quality markers, which are able to provide reproducible
data using a variety of equipment, chemistries, and reagents. Accordingly, this Technical Report only
addresses specific amplification methods for sunflower.
The aims of this Technical Report are to provide a list of simple sequence repeat (SSR) markers and
methods of analysis for sunflower. The set of SSR markers was established based on expert advice
from molecular biologists using lists of publicly-available markers (for ORS markers: Tang et al., 2002:
TAG 105:1124-1136 and for SSL markers: GIE Cartisol – Paris – France), and then validated through
an intralaboratory study at GEVES (Laboratoire BioGEVES, Domaine du Magneraud, CS40052, 17700
SURGERES). The method is applied in officially testing hybrid conformity as part of the process of
registering sunflower varieties in the French national varieties catalogue.
This document is linked to ISO 13495 where the different steps towards method validation are listed,
and acceptance criteria are defined.
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TECHNICAL REPORT ISO/TR 17622:2015(E)
Molecular biomarker analysis — SSR analysis of sunflower
1 Scope
The methods and SSR markers included in this Technical Report can be used for testing hybrid conformity
and other applications such as molecular fingerprinting of varieties and checking variety identity.
2 Principle
SSR analysis is based on
...

RAPPORT ISO/TR
TECHNIQUE 17622
Première édition
2015-11-01
Analyse moléculaire de
biomarqueurs — Méthode d’analyse
SSR sur le tournesol
Molecular biomarker analysis — SSR analysis of sunflower
Numéro de référence
ISO/TR 17622:2015(F)
©
ISO 2015

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ISO/TR 17622:2015(F)

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ISO/TR 17622:2015(F)

Sommaire Page
Avant-propos .iv
Introduction .v
1 Domaine d’application . 1
2 Principe . 1
3 Consommables et équipements . 1
4 Mode opératoire. 1
4.1 Préparation de l’échantillon . 1
4.2 Extraction et quantification de l’ADN . 1
4.3 Amplification par PCR. 2
5 Liste établie de marqueurs SSR pour le contrôle de la conformité des variétés
hybrides de tournesol . 3
5.1 Caractéristiques des marqueurs SSR . 3
5.2 Séquence des amorces des marqueurs SSR . 4
5.3 Profils SSR observés sur les lignées de tournesol . 5
Bibliographie . 6
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ISO/TR 17622:2015(F)

Avant-propos
L’ISO (Organisation internationale de normalisation) est une fédération mondiale d’organismes
nationaux de normalisation (comités membres de l’ISO). L’élaboration des Normes internationales est
en général confiée aux comités techniques de l’ISO. Chaque comité membre intéressé par une étude
a le droit de faire partie du comité technique créé à cet effet. Les organisations internationales,
gouvernementales et non gouvernementales, en liaison avec l’ISO participent également aux travaux.
L’ISO collabore étroitement avec la Commission électrotechnique internationale (IEC) en ce qui
concerne la normalisation électrotechnique.
Les procédures utilisées pour élaborer le présent document et celles destinées à sa mise à jour sont
décrites dans les Directives ISO/IEC, Partie 1. Il convient, en particulier, de prendre note des différents
critères d’approbation requis pour les différents types de documents ISO. Le présent document a été
rédigé conformément aux règles de rédaction données dans les Directives ISO/IEC, Partie 2 (voir www.
iso.org/directives).
L’attention est appelée sur le fait que certains des éléments du présent document peuvent faire l’objet de
droits de propriété intellectuelle ou de droits analogues. L’ISO ne saurait être tenue pour responsable
de ne pas avoir identifié de tels droits de propriété et averti de leur existence. Les détails concernant
les références aux droits de propriété intellectuelle ou autres droits analogues identifiés lors de
l’élaboration du document sont indiqués dans l’Introduction et/ou dans la liste des déclarations de
brevets reçues par l’ISO (voir www.iso.org/brevets).
Les appellations commerciales éventuellement mentionnées dans le présent document sont données
pour information, par souci de commodité, à l’intention des utilisateurs et ne sauraient constituer
un engagement.
Pour une explication de la signification des termes et expressions spécifiques de l’ISO liés à
l’évaluation de la conformité, ou pour toute information au sujet de l’adhésion de l’ISO aux principes
de l’OMC concernant les obstacles techniques au commerce (OTC), voir le lien suivant: Avant-propos —
Informations supplémentaires.
Le comité chargé de l’élaboration du présent document est l’ISO/TC 34, Produits alimentaires, Sous-
comité SC 16, Méthodes horizontales pour l’analyse moléculaire de biomarqueurs.
iv © ISO 2015 – Tous droits réservés

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ISO/TR 17622:2015(F)

Introduction
Les essais d’identification variétale nécessitent l’utilisation de marqueurs de haute qualité qui
permettent d’obtenir des données reproductibles à l’aide de différents équipements, produits chimiques
et réactifs. Par conséquent, le présent Rapport technique ne traite que de méthodes d’amplification
spécifiques du tournesol.
Le présent Rapport technique vise à fournir une liste de marqueurs SSR («simple sequence repeat»
en anglais, répétition de séquences simples) et des méthodes d’analyse applicables au tournesol.
Le jeu de marqueurs SSR a été établi sur la base de recommandations formulées par des biologistes
moléculaires à l’aide de listes de marqueurs accessibles au public (pour les marqueurs ORS: Tang et al.,
2002: TAG 105:1124-1136 et pour les marqueurs SSL: GIE Cartisol – Paris – France); ce jeu a ensuite été
validé au moyen d’une étude intralaboratoire menée par le GEVES (Laboratoire BioGEVES, Domaine
du Magneraud, CS40052, 17700 SURGERES). La méthode est utilisée lors des contrôles officiels de la
conformité des hybrides, dans le cadre du processus d’inscription des variétés de tournesol au catalogue
français des variétés.
Le présent document est lié à l’ISO 13495, dans laquelle les différentes étapes de la validation de la
méthode sont décrites, et dans laquelle les critères d’acceptation sont définis.
© ISO 2015 – Tous droits réservés v

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RAPPORT TECHNIQUE ISO/TR 17622:2015(F)
Analyse moléculaire de biomarqueurs — Méthode
d’analyse SSR sur le tournesol
1 Domaine d’application
Les méthodes et les marqueurs SSR décrits dans le présent Rapport technique peuvent être utilisés
pour réaliser des contrôles de la conformité des hybrides et pour d’autres applications telles que la
caractérisation moléculaire des variétés ou le contrôle d’identité variétale.
2 Principe
L’analyse SSR repose sur l’amplification d’une séquence et
...