Molecular biomarker analysis -- SSR analysis of sunflower

The methods and SSR markers included in ISO/TR 17622:2015 can be used for testing hybrid conformity and other applications such as molecular fingerprinting of varieties and checking variety identity.

Analyse moléculaire de biomarqueurs -- Méthode d'analyse SSR sur le tournesol

Les méthodes et les marqueurs SSR décrits dans l'ISO/TR 17622:2015 peuvent ętre utilisés pour réaliser des contrôles de la conformité des hybrides et pour d'autres applications telles que la caractérisation moléculaire des variétés ou le contrôle d'identité variétale.

General Information

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Published
Publication Date
05-Nov-2015
Current Stage
9093 - International Standard confirmed
Start Date
18-Mar-2021
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Technical report
ISO/TR 17622:2015 - Molecular biomarker analysis -- SSR analysis of sunflower
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ISO/TR 17622:2015 - Analyse moléculaire de biomarqueurs -- Méthode d'analyse SSR sur le tournesol
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Standards Content (sample)

TECHNICAL ISO/TR
REPORT 17622
First edition
2015-11-01
Molecular biomarker analysis — SSR
analysis of sunflower
Analyse moléculaire de biomarqueurs — Méthode d’analyse SSR
sur le tournesol
Reference number
ISO/TR 17622:2015(E)
ISO 2015
---------------------- Page: 1 ----------------------
ISO/TR 17622:2015(E)
COPYRIGHT PROTECTED DOCUMENT
© ISO 2015, Published in Switzerland

All rights reserved. Unless otherwise specified, no part of this publication may be reproduced or utilized otherwise in any form

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written permission. Permission can be requested from either ISO at the address below or ISO’s member body in the country of

the requester.
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www.iso.org
ii © ISO 2015 – All rights reserved
---------------------- Page: 2 ----------------------
ISO/TR 17622:2015(E)
Contents Page

Foreword ........................................................................................................................................................................................................................................iv

Introduction ..................................................................................................................................................................................................................................v

1 Scope ................................................................................................................................................................................................................................. 1

2 Principle ........................................................................................................................................................................................................................ 1

3 Consumables and equipment .................................................................................................................................................................. 1

4 Procedure..................................................................................................................................................................................................................... 1

4.1 Sample preparation ............................................................................................................................................................................ 1

4.2 DNA Extraction and Quantification ....................................................................................................................................... 2

4.3 PCR amplification ................................................................................................................................................................................. 2

5 Established list of SSR markers for sunflower hybrid conformity testing ...............................................3

5.1 Characteristics of the SSRs ............................................................................................................................................................ 3

5.2 SSR primer sequences ...................................................................................................................................................................... 4

5.3 Observed SSR profiles of sunflower lines ........................................................................................................................ 5

Bibliography ................................................................................................................................................................................................................................ 6

© ISO 2015 – All rights reserved iii
---------------------- Page: 3 ----------------------
ISO/TR 17622:2015(E)
Foreword

ISO (the International Organization for Standardization) is a worldwide federation of national standards

bodies (ISO member bodies). The work of preparing International Standards is normally carried out

through ISO technical committees. Each member body interested in a subject for which a technical

committee has been established has the right to be represented on that committee. International

organizations, governmental and non-governmental, in liaison with ISO, also take part in the work.

ISO collaborates closely with the International Electrotechnical Commission (IEC) on all matters of

electrotechnical standardization.

The procedures used to develop this document and those intended for its further maintenance are

described in the ISO/IEC Directives, Part 1. In particular the different approval criteria needed for the

different types of ISO documents should be noted. This document was drafted in accordance with the

editorial rules of the ISO/IEC Directives, Part 2 (see www.iso.org/directives).

Attention is drawn to the possibility that some of the elements of this document may be the subject of

patent rights. ISO shall not be held responsible for identifying any or all such patent rights. Details of

any patent rights identified during the development of the document will be in the Introduction and/or

on the ISO list of patent declarations received (see www.iso.org/patents).

Any trade name used in this document is information given for the convenience of users and does not

constitute an endorsement.

For an explanation on the meaning of ISO specific terms and expressions related to conformity

assessment, as well as information about ISO’s adherence to the WTO principles in the Technical

Barriers to Trade (TBT) see the following URL: Foreword - Supplementary information.

The committee responsible for this document is ISO/TC 34, Food products, Subcommittee SC 16,

Horizontal methods for molecular biomarker analysis.
iv © ISO 2015 – All rights reserved
---------------------- Page: 4 ----------------------
ISO/TR 17622:2015(E)
Introduction

Varietal identification testing requires high-quality markers, which are able to provide reproducible

data using a variety of equipment, chemistries, and reagents. Accordingly, this Technical Report only

addresses specific amplification methods for sunflower.

The aims of this Technical Report are to provide a list of simple sequence repeat (SSR) markers and

methods of analysis for sunflower. The set of SSR markers was established based on expert advice

from molecular biologists using lists of publicly-available markers (for ORS markers: Tang et al., 2002:

TAG 105:1124-1136 and for SSL markers: GIE Cartisol – Paris – France), and then validated through

an intralaboratory study at GEVES (Laboratoire BioGEVES, Domaine du Magneraud, CS40052, 17700

SURGERES). The method is applied in officially testing hybrid conformity as part of the process of

registering sunflower varieties in the French national varieties catalogue.

This document is linked to ISO 13495 where the different steps towards method validation are listed,

and acceptance criteria are defined.
© ISO 2015 – All rights reserved v
---------------------- Page: 5 ----------------------
TECHNICAL REPORT ISO/TR 17622:2015(E)
Molecular biomarker analysis — SSR analysis of sunflower
1 Scope

The methods and SSR markers included in this Technical Report can be used for testing hybrid conformity

and other applications such as molecular fingerprinting of varieties and checking variety identity.

2 Principle
SSR analysis is based on
...

RAPPORT ISO/TR
TECHNIQUE 17622
Première édition
2015-11-01
Analyse moléculaire de
biomarqueurs — Méthode d’analyse
SSR sur le tournesol
Molecular biomarker analysis — SSR analysis of sunflower
Numéro de référence
ISO/TR 17622:2015(F)
ISO 2015
---------------------- Page: 1 ----------------------
ISO/TR 17622:2015(F)
DOCUMENT PROTÉGÉ PAR COPYRIGHT
© ISO 2015, Publié en Suisse

Droits de reproduction réservés. Sauf indication contraire, aucune partie de cette publication ne peut être reproduite ni utilisée

sous quelque forme que ce soit et par aucun procédé, électronique ou mécanique, y compris la photocopie, l’affichage sur

l’internet ou sur un Intranet, sans autorisation écrite préalable. Les demandes d’autorisation peuvent être adressées à l’ISO à

l’adresse ci-après ou au comité membre de l’ISO dans le pays du demandeur.
ISO copyright office
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Fax +41 22 749 09 47
copyright@iso.org
www.iso.org
ii © ISO 2015 – Tous droits réservés
---------------------- Page: 2 ----------------------
ISO/TR 17622:2015(F)
Sommaire Page

Avant-propos ..............................................................................................................................................................................................................................iv

Introduction ..................................................................................................................................................................................................................................v

1 Domaine d’application ................................................................................................................................................................................... 1

2 Principe .......................................................................................................................................................................................................................... 1

3 Consommables et équipements ............................................................................................................................................................ 1

4 Mode opératoire.................................................................................................................................................................................................... 1

4.1 Préparation de l’échantillon ........................................................................................................................................................ 1

4.2 Extraction et quantification de l’ADN .................................................................................................................................. 1

4.3 Amplification par PCR....................................................................................................................................................................... 2

5 Liste établie de marqueurs SSR pour le contrôle de la conformité des variétés

hybrides de tournesol ..................................................................................................................................................................................... 3

5.1 Caractéristiques des marqueurs SSR ................................................................................................................................... 3

5.2 Séquence des amorces des marqueurs SSR ................................................................................................................... 4

5.3 Profils SSR observés sur les lignées de tournesol ..................................................................................................... 5

Bibliographie .............................................................................................................................................................................................................................. 6

© ISO 2015 – Tous droits réservés iii
---------------------- Page: 3 ----------------------
ISO/TR 17622:2015(F)
Avant-propos

L’ISO (Organisation internationale de normalisation) est une fédération mondiale d’organismes

nationaux de normalisation (comités membres de l’ISO). L’élaboration des Normes internationales est

en général confiée aux comités techniques de l’ISO. Chaque comité membre intéressé par une étude

a le droit de faire partie du comité technique créé à cet effet. Les organisations internationales,

gouvernementales et non gouvernementales, en liaison avec l’ISO participent également aux travaux.

L’ISO collabore étroitement avec la Commission électrotechnique internationale (IEC) en ce qui

concerne la normalisation électrotechnique.

Les procédures utilisées pour élaborer le présent document et celles destinées à sa mise à jour sont

décrites dans les Directives ISO/IEC, Partie 1. Il convient, en particulier, de prendre note des différents

critères d’approbation requis pour les différents types de documents ISO. Le présent document a été

rédigé conformément aux règles de rédaction données dans les Directives ISO/IEC, Partie 2 (voir www.

iso.org/directives).

L’attention est appelée sur le fait que certains des éléments du présent document peuvent faire l’objet de

droits de propriété intellectuelle ou de droits analogues. L’ISO ne saurait être tenue pour responsable

de ne pas avoir identifié de tels droits de propriété et averti de leur existence. Les détails concernant

les références aux droits de propriété intellectuelle ou autres droits analogues identifiés lors de

l’élaboration du document sont indiqués dans l’Introduction et/ou dans la liste des déclarations de

brevets reçues par l’ISO (voir www.iso.org/brevets).

Les appellations commerciales éventuellement mentionnées dans le présent document sont données

pour information, par souci de commodité, à l’intention des utilisateurs et ne sauraient constituer

un engagement.

Pour une explication de la signification des termes et expressions spécifiques de l’ISO liés à

l’évaluation de la conformité, ou pour toute information au sujet de l’adhésion de l’ISO aux principes

de l’OMC concernant les obstacles techniques au commerce (OTC), voir le lien suivant: Avant-propos —

Informations supplémentaires.

Le comité chargé de l’élaboration du présent document est l’ISO/TC 34, Produits alimentaires, Sous-

comité SC 16, Méthodes horizontales pour l’analyse moléculaire de biomarqueurs.
iv © ISO 2015 – Tous droits réservés
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ISO/TR 17622:2015(F)
Introduction

Les essais d’identification variétale nécessitent l’utilisation de marqueurs de haute qualité qui

permettent d’obtenir des données reproductibles à l’aide de différents équipements, produits chimiques

et réactifs. Par conséquent, le présent Rapport technique ne traite que de méthodes d’amplification

spécifiques du tournesol.

Le présent Rapport technique vise à fournir une liste de marqueurs SSR («simple sequence repeat»

en anglais, répétition de séquences simples) et des méthodes d’analyse applicables au tournesol.

Le jeu de marqueurs SSR a été établi sur la base de recommandations formulées par des biologistes

moléculaires à l’aide de listes de marqueurs accessibles au public (pour les marqueurs ORS: Tang et al.,

2002: TAG 105:1124-1136 et pour les marqueurs SSL: GIE Cartisol – Paris – France); ce jeu a ensuite été

validé au moyen d’une étude intralaboratoire menée par le GEVES (Laboratoire BioGEVES, Domaine

du Magneraud, CS40052, 17700 SURGERES). La méthode est utilisée lors des contrôles officiels de la

conformité des hybrides, dans le cadre du processus d’inscription des variétés de tournesol au catalogue

français des variétés.

Le présent document est lié à l’ISO 13495, dans laquelle les différentes étapes de la validation de la

méthode sont décrites, et dans laquelle les critères d’acceptation sont définis.
© ISO 2015 – Tous droits réservés v
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RAPPORT TECHNIQUE ISO/TR 17622:2015(F)
Analyse moléculaire de biomarqueurs — Méthode
d’analyse SSR sur le tournesol
1 Domaine d’application

Les méthodes et les marqueurs SSR décrits dans le présent Rapport technique peuvent être utilisés

pour réaliser des contrôles de la conformité des hybrides et pour d’autres applications telles que la

caractérisation moléculaire des variétés ou le contrôle d’identité variétale.
2 Principe
L’analyse SSR repose sur l’amplification d’une séquence et
...

Questions, Comments and Discussion

Ask us and Technical Secretary will try to provide an answer. You can facilitate discussion about the standard in here.