EN ISO 21286:2020
(Main)Soil quality - Identification of ecotoxicological test species by DNA barcoding (ISO 21286:2019)
Soil quality - Identification of ecotoxicological test species by DNA barcoding (ISO 21286:2019)
This document specifies a protocol to identify ecotoxicological test specimens (mainly invertebrates and plants) to the species level, based on the DNA barcoding technique. This protocol can be used by laboratories performing DNA barcoding in order to standardize both the wet-lab and data analysis workflows as much as possible, and make them compliant with community standards and guidelines.
This document does not intend to specify one particular strain for each test method, but to accurately document the species/strain which was used.
NOTE 1 This does not imply that DNA barcoding is performed in parallel to each test run, but rather regularly (e.g. once a year, such as reference substance testing) and each time a new culture is started or new individuals are added to an ongoing culture.
This document does not aim at duplicating or replacing morphological-based species identifications. On the contrary, DNA barcoding is proposed as a complementary identification tool where morphology is inconclusive, or to diagnose cryptic species, in order to ensure that the results obtained from different ecotoxicological laboratories are referring to the same species or strain.
This document is applicable to identifications of immature forms which lack morphological diagnostic characters (eggs, larvae, juveniles), as well as the streamline identification of specimens collected in field monitoring studies, where large numbers of organisms from diverse taxa are classified.
NOTE 2 In principle, all species regularly used in ecotoxicological testing can be analysed by DNA barcoding. Besides the earthwoms Eisenia fetida and E. andrei, further examples for terrestrial species are Lumbricus terrestris, L. rubellus, Allolobophora chlorotica, Aporrectodea rosea, and A. caliginosa, Dendrodrilus rubidus, Enchytraeus albidus, and E. crypticus (Haplotaxida); Folsomia candida, F. fimetaria, Proisotoma minuta, and Sinella curviseta (Collembola); Hypoaspis aculeifer and Oppia nitens (Acari); Aleochara bilineata and Poecilus cupreus (Coleoptera); Scathophaga stercoraria, Musca autumnalis (Diptera) or Pardosa sp. (Arachnida). Nematodes or snails and even plants can also be added to this list.
Bodenbeschaffenheit - Identifizierung der Testorganismenarten für ökotoxikologische Tests mit Hilfe von DNA-Barcoding (ISO 21286:2019)
Dieses Dokument beschreibt ein Protokoll für die Identifizierung ökotoxikologischer Testorganismen (hauptsächlich Invertebraten und Pflanzen) auf Artenebene mit Hilfe des DNA Barcodings. Dieses Protokoll kann von Labors verwendet werden, die das DNA Barcoding für die weitgehende Standardisierung des Labor und Datenanalyse Workflows einsetzen, damit diese Labors im Einklang mit üblichen Standards und Leitfäden arbeiten.
Dieses Dokument soll keinen bestimmten Stamm für jedes Prüfverfahren, sondern das präzise Dokumentieren der verwendeten Arten/Stämme vorgeben.
ANMERKUNG 1 Dies bedeutet nicht, dass das DNA Barcoding parallel zu jedem Prüfungsdurchgang durchgeführt werden muss, sondern nur regelmäßig (z. B. einmal jährlich, zum Beispiel bei Prüfungen von Referenzstoffen) und immer, wenn eine neue Kultur angelegt oder einer vorhandenen Kultur neue Individuen hinzugefügt werden.
Dieses Dokument hat nicht das Ziel, die morphologisch basierte Identifizierung von Arten zu kopieren oder zu ersetzen. Das DNA Barcoding wird vielmehr als ein ergänzendes Instrument zur Identifizierung vorgeschlagen, wenn die Morphologie keine schlüssigen Ergebnisse liefert oder für die Diagnose kryptischer Arten. Damit wird sichergestellt, dass die Ergebnisse verschiedener Ökotoxikologie Labors sich auf die gleiche Art oder den gleichen Stamm beziehen.
Dieses Dokument ist anwendbar für die Identifizierung unreifer Formen ohne morphologische Diagnosemerkmale (Eier, Larven, Jugendstadium), sowie für die durchgängige Identifizierung von Proben, die in Feldüberwachungsstudien gesammelt wurden und bei denen zahlreiche Organismen unterschiedlicher Taxa klassifiziert werden.
ANMERKUNG 2 Grundsätzlich können alle Arten, die üblicherweise für ökotoxikologische Prüfungen verwendet werden, durch DNA Barcoding analysiert werden. Neben den Regenwürmern Eisenia fetida und E. andrei sind weitere Beispiele landbewohnender Arten Lumbricus terrestris, L. rubellus, Allolobophora chlorotica, Aporrectodea rosea und A. caliginosa, Dendrodrilus rubidus, Enchytraeus albidus und E. crypticus (Haplotaxida); Folsomia candida, F. fimetaria, Proisotoma minuta und Sinella curviseta (Collembola); Hypoaspis aculeifer und Oppia nitens (Acari); Aleochara bilineata und Poecilus cupreus (Coleoptera); Scathophaga stercoraria, Musca autumnalis (Diptera) oder Pardosa sp. (Arachnida). Nematoden oder Schnecken und sogar Pflanzen können dieser Liste auch hinzugefügt werden.
Qualité du sol - Identification des espèces par codes-barres ADN dans les essais d'écotoxicologie (ISO 21286:2019)
Le présent document spécifie un protocole d'identification de spécimens d'essais écotoxicologiques (principalement des invertébrés et des végétaux) au niveau de l'espèce, reposant sur la technique du code-barres ADN. Ce protocole peut être utilisé par les laboratoires effectuant le code-barres ADN afin de normaliser le plus possible les travaux de laboratoire et les flux d'analyse de données, et de les mettre en conformité avec les normes et les lignes directrices communautaires.
Le présent document ne prévoit pas de spécifier une souche particulière pour chaque méthode d'essai, mais de documenter avec exactitude l'espèce/la souche qui a été utilisée.
NOTE 1 Cela ne veut pas dire que le code-barres ADN est effectué parallèlement à chaque cycle d'essai, mais qu'il est effectué régulièrement (par exemple, une fois par an, notamment pour l'essai mené avec la substance de référence) et à chaque fois qu'une nouvelle culture est démarrée ou que de nouveaux individus sont ajoutés à une culture existante.
Le présent document ne vise pas à reproduire ou remplacer les identifications d'espèces reposant sur des caractéristiques morphologiques. En revanche, le code-barres ADN est proposé comme outil d'identification complémentaire lorsque l'identification morphologique est incertaine, ou pour diagnostiquer les espèces cryptiques, afin d'assurer que les résultats obtenus auprès de différents laboratoires d'écotoxicologie font référence à la même espèce ou souche.
Le présent document est applicable à l'identification de formes immatures n'ayant pas de caractéristiques morphologiques de diagnostic (œufs, larves, juvéniles) ainsi qu'à l'identification rationalisée des spécimens prélevés lors d'études de surveillance sur le terrain, où un grand nombre d'organismes de taxons divers sont classés.
NOTE 2 En principe, toutes les espèces régulièrement utilisées lors des essais écotoxicologiques peuvent être analysées par code-barres ADN. Outre les vers de terre Eisenia fetida et E. andrei, d'autres exemples d'espèces terrestres sont Lumbricus terrestris, L. rubellus, Allolobophora chlorotica, Aporrectodea rosea, A. caliginosa, Dendrodrilus rubidus, Enchytraeus albidus et E. crypticus (Haplotaxida) ; Folsomia candida, F. fimetaria, Proisotoma minuta et Sinella curviseta (Collembola) ; Hypoaspis aculeifer et Oppia nitens (Acari) ; Aleochara bilineata et Poecilus cupreus (Coleoptera) ; Scathophaga stercoraria, Musca autumnalis (Diptera) ou Pardosa sp. (Arachnida). De plus, les nématodes ou les escargots et même les plantes peuvent être ajoutés à cette liste non exhaustive.
Kakovost tal - Identifikacija vrst preskusnih organizmov za ekotoksikološke preskuse s črtnim kodiranjem DNK (ISO 21286:2019)
General Information
Standards Content (Sample)
SLOVENSKI STANDARD
01-november-2020
Kakovost tal - Identifikacija vrst preskusnih organizmov za ekotoksikološke
preskuse s črtnim kodiranjem DNK (ISO 21286:2019)
Soil quality - Identification of ecotoxicological test species by DNA barcoding (ISO
21286:2019)
Bodenbeschaffenheit - Identifizierung der Testorganismenarten für ökotoxikologische
Tests mit Hilfe von DNA-Barcoding (ISO 21286:2019)
Qualité du sol - Identification des espèces par codes-barres ADN dans les essais
d'écotoxicologie (ISO 21286:2019)
Ta slovenski standard je istoveten z: EN ISO 21286:2020
ICS:
13.080.30 Biološke lastnosti tal Biological properties of soils
2003-01.Slovenski inštitut za standardizacijo. Razmnoževanje celote ali delov tega standarda ni dovoljeno.
EN ISO 21286
EUROPEAN STANDARD
NORME EUROPÉENNE
April 2020
EUROPÄISCHE NORM
ICS 13.080.30
English Version
Soil quality - Identification of ecotoxicological test species
by DNA barcoding (ISO 21286:2019)
Qualité du sol - Identification des espèces par codes- Bodenbeschaffenheit - Allgemeine Anleitung zur
barres ADN dans les essais d'écotoxicologie (ISO Verwendung des DNA-Barcodes in ökotoxikologischen
21286:2019) Untersuchungen (ISO 21286:2019)
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Contents Page
European foreword . 3
European foreword
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Endorsement notice
The text of ISO 21286:2019 has been approved by CEN as EN ISO 21286:2020 without any modification.
INTERNATIONAL ISO
STANDARD 21286
First edition
2019-03
Soil quality — Identification of
ecotoxicological test species by DNA
barcoding
Qualité du sol — Identification des espèces par code-bare ADN dans
les essais d'écotoxicologie
Reference number
ISO 21286:2019(E)
©
ISO 2019
ISO 21286:2019(E)
© ISO 2019
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ISO 21286:2019(E)
Contents Page
Foreword .iv
Introduction .v
1 Scope . 1
2 Normative references . 1
3 Terms and definitions . 1
4 Principle . 2
5 Reagents and material . 3
5.1 Biological material . 3
5.2 Enzyme . 3
5.3 Oligonucleotide PCR primers . 3
5.4 Reagents. 3
6 Apparatus . 4
7 General requirements . 5
7.1 Experimental precaution and contamination avoidance . 5
7.2 Safety precautions . 5
7.2.1 Chemical hazards. 5
7.2.2 Physical hazards . 6
8 Procedure. 6
8.1 DNA isolation . 6
8.2 Quantification . 7
8.3 PCR . 7
8.3.1 Target genomic region . 7
8.3.2 Primer design . 7
8.3.3 Primer synthesis . 7
8.3.4 PCR . 8
8.4 Checking the amplicon size . 9
8.5 Purification . 9
8.6 Sequencing . 9
8.7 Bioinformatics . 9
8.7.1 General. 9
8.7.2 Electropherogram or raw sequence quality checking .10
8.7.3 Trimming of low-quality regions and primers sequences .10
8.7.4 Sequence overlapping .10
8.7.5 Sequence verification . .11
8.7.6 Reviewing the edited sequence .11
8.7.7 Species assignment .11
8.7.8 Quality of the reference databases .12
9 Calculation and expression of results .13
10 Validity of the test .13
11 Test report .14
Annex A (informative) Eisenia Barcoding Initiative: A ring test to evaluate the applicability
of DNA barcoding for the identification of Eisenia species .15
Bibliography .18
ISO 21286:2019(E)
Foreword
ISO (the International Organization for Standardization) is a worldwide federation of national standards
bodies (ISO member bodies). The work of preparing International Standards is normally carried out
through ISO technical committees. Each member body interested in a subject for which a technical
committee has been established has the right to be represent
...
Questions, Comments and Discussion
Ask us and Technical Secretary will try to provide an answer. You can facilitate discussion about the standard in here.