EN ISO 23418:2022
(Main)Microbiology of the food chain - Whole genome sequencing for typing and genomic characterization of bacteria - General requirements and guidance (ISO 23418:2022)
Microbiology of the food chain - Whole genome sequencing for typing and genomic characterization of bacteria - General requirements and guidance (ISO 23418:2022)
This document specifies the minimum requirements for generating and analysing whole genome sequencing (WGS) data of bacteria obtained from the food chain. This process can include the following stages:
a) handling of bacterial cultures;
b) axenic genomic DNA isolation;
c) library preparation, sequencing, and assessment of raw DNA sequence read quality and storage;
d) bioinformatics analysis for determining genetic relatedness, genetic content and predicting phenotype, and bioinformatics pipeline validation;
e) metadata capture and sequence repository deposition;
f) validation of the end-to-end WGS workflow (fit for purpose for intended application).
This document is applicable to bacteria isolated from:
— products intended for human consumption;
— products intended for animal feed;
— environmental samples from food and feed handling and production areas;
— samples from the primary production stage.
Mikrobiologie der Lebensmittelkette - Gesamtgenomsequenzierung zur Typisierung und genomischen Charakterisierung von Bakterien - Allgemeine Anforderungen und Leitfaden (ISO 23418:2022)
Dieses Dokument legt die Mindestanforderungen für die Generierung und Analyse von Daten der Gesamtgenomsequenzierung (WGS) für Bakterien, die aus der Lebensmittelkette gewonnen wurden, fest. Dieser Prozess kann die folgenden Phasen umfassen:
a) Umgang mit Bakterienkulturen;
b) keimfreie Isolierung der genomischen DNA;
c) Vorbereitung der genomischen DNA Bibliothek, Sequenzierung und Beurteilung der Read-Qualität von Rohdaten und deren Speicherung;
d) bioinformatische Analyse zur Bestimmung der genetischen Verwandtschaft, des genetischen Gehalts und zur Vorhersage des Phänotyps sowie Validierung der bioinformatischen Pipeline;
e) die Erfassung von Metadaten und die Hinterlegung von Sequenzdaten in Repositorien;
f) Validierung des Gesamt-WGS-Workflows (gebrauchstauglich für die beabsichtigte Anwendung).
Dieses Dokument ist anwendbar auf Bakterien, die isoliert wurden aus:
— Produkten, die für den menschlichen Verzehr vorgesehen sind;
— Produkten, die als Futtermittel vorgesehen sind;
— Umgebungsproben aus Bereichen, in denen Lebensmittel und Futtermittel gehandhabt und hergestellt werden;
— Proben aus dem Bereich der Primärproduktion.
WARNHINWEIS — Zum Schutz der Gesundheit des Laborpersonals ist es unerlässlich, dass der Umgang mit Bakterienkulturen nur in Laboratorien mit geeigneter Ausstattung und unter der Leitung eines qualifizierten Mikrobiologen erfolgt und dass bei der Entsorgung allen inkubierten Materials mit äußerster Vorsicht vorgegangen wird. Personen, die dieses Dokument anwenden, sollten mit der üblichen Laborpraxis vertraut sein. Dieses Dokument erhebt nicht den Anspruch, alle gegebenenfalls zutreffenden Sicherheitsaspekte im Zusammenhang mit seiner Anwendung zu behandeln. Es liegt in der Verantwortung des Anwenders, angemessene Sicherheits- und Schutzmaßnahmen zu treffen.
Microbiologie de la chaîne alimentaire - Séquençage de génome entier pour le typage et la caractérisation génomique des bactéries - Exigences générales et recommandations (ISO 23418:2022)
Le présent document spécifie les exigences minimales pour générer et analyser des données de séquençage de génome entier (WGS) de bactéries provenant de la chaîne alimentaire. Ce processus peut comprendre les étapes suivantes:
a) manipulation des cultures bactériennes;
b) isolement de l’ADN génomique axène;
c) préparation de la librairie, séquençage et évaluation de la qualité et du stockage des lectures de séquences brutes d’ADN;
d) analyse bioinformatique visant à déterminer la parenté génétique et le contenu génétique, à prédire le phénotype et à valider le pipeline bioinformatique;
e) capture des métadonnées et dépôt dans des bases de données de séquences;
f) validation du processus de WGS de bout en bout (adapté à l’application prévue).
Le présent document est applicable aux bactéries isolées à partir de ce qui suit:
— des produits destinés à la consommation humaine;
— des produits destinés à l’alimentation animale;
— des échantillons environnementaux prélevés dans des zones de production et de manipulation de produits alimentaires et d’aliments pour animaux;
— des échantillons de production primaire.
Mikrobiologija v prehranski verigi - Sekvenciranje celotnega genoma za tipizacijo in genomsko karakterizacijo bakterij - Splošne zahteve in smernice (ISO 23418:2022)
Ta mednarodni standard določa minimalne zahteve za ustvarjanje in analizo podatkov o sekvenciranju celotnega genoma (WGS), pridobljenih iz bakterij, ki se prenašajo s hrano. Te zahteve se uporabljajo za vse platforme ali kemijske postopke sekvenciranja. Ta proces lahko vključuje naslednje faze:
• ravnanje z bakterijskimi kulturami;
• izolacija genomske DNA;
• oblikovanje knjižnice sekvenciranja, sekvenciranje in ocena kakovosti odčitavanja in shranjevanja neobdelanih sekvenc DNK;
• bioinformacijska analiza, vključno z metodami, kot so visokokakovostna analiza polimorfizma posameznega nukleotida (hqSNP), tipizacija na osnovi zaporedij lokusov osrednjega in celotnega genoma (cgMLST, wgMLST) ter validacija bioinformacijskih algoritemskih procesov za obdelavo neobdelanih podatkov o sekvenciranju; in
• zajemanje metapodatkov in shranjevanje sekvenc v repozitorij.
General Information
Standards Content (Sample)
SLOVENSKI STANDARD
SIST EN ISO 23418:2022
01-september-2022
Mikrobiologija v prehranski verigi - Sekvenciranje celotnega genoma za tipizacijo
in genomsko karakterizacijo bakterij - Splošne zahteve in smernice (ISO
23418:2022)
Microbiology of the food chain - Whole genome sequencing for typing and genomic
characterization of bacteria - General requirements and guidance (ISO 23418:2022)
Mikrobiologie der Lebensmittelkette - Gesamtgenomsequenzierung zur Typisierung und
genomischen Charakterisierung von Bakterien - Allgemeine Anforderungen und
Leitfaden (ISO 23418:2022)
Microbiologie de la chaîne alimentaire - Séquençage de génome entier pour le typage et
la caractérisation génomique des bactéries - Exigences générales et recommandations
(ISO 23418:2022)
Ta slovenski standard je istoveten z: EN ISO 23418:2022
ICS:
07.100.30 Mikrobiologija živil Food microbiology
SIST EN ISO 23418:2022 en,fr,de
2003-01.Slovenski inštitut za standardizacijo. Razmnoževanje celote ali delov tega standarda ni dovoljeno.
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SIST EN ISO 23418:2022
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SIST EN ISO 23418:2022
EN ISO 23418
EUROPEAN STANDARD
NORME EUROPÉENNE
June 2022
EUROPÄISCHE NORM
ICS 07.100.30
English Version
Microbiology of the food chain - Whole genome
sequencing for typing and genomic characterization of
bacteria - General requirements and guidance (ISO
23418:2022)
Microbiologie de la chaîne alimentaire - Séquençage de Mikrobiologie der Lebensmittelkette - Vollständige
génome entier pour le typage et la caractérisation Genomsequenzierung zur Typisierung und
génomique des bactéries - Exigences générales et genomischen Charakterisierung von Bakterien in
recommandations (ISO 23418:2022) Lebensmitteln - Allgemeine Anforderungen und
Leitfaden (ISO 23418:2022)
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European foreword . 3
2
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SIST EN ISO 23418:2022
EN ISO 23418:2022 (E)
European foreword
This document (EN ISO 23418:2022) has been prepared by Technical Committee ISO/TC 34 "Food
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