ISO/TS 5798:2022
(Main)In vitro diagnostic test systems — Requirements and recommendations for detection of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) by nucleic acid amplification methods
In vitro diagnostic test systems — Requirements and recommendations for detection of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) by nucleic acid amplification methods
This document provides requirements and recommendations for the design, development, verification, validation and implementation of analytical tests for detecting the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) using nucleic acid amplification. It addresses pre-examination, examination and post-examination process steps for human specimens. This document is applicable to medical laboratories. It is also intended to be used by in vitro diagnostic developers and manufacturers, as well as by institutions and organizations supporting SARS-CoV-2 research and diagnostics. This document does not apply to environmental samples.
Systèmes d’essai pour diagnostic in vitro — Exigences et recommandations pour la détection du coronavirus 2 associé au syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) par des méthodes d’amplification des acides nucléiques
Le présent document fournit des exigences et des recommandations pour la conception, le développement, la vérification, la validation et la mise en œuvre d’analyses afin de détecter le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS‑CoV‑2) au moyen de l’amplification de l’acide nucléique. Il aborde les étapes du processus préanalytique, de l’analyse et du processus postanalytique pour des spécimens humains. Le présent document s’applique aux laboratoires de biologie médicale. Il est également destiné aux concepteurs et fabricants de diagnostics in vitro, ainsi qu’aux institutions et aux organisations soutenant la recherche et le diagnostic du SARS‑CoV‑2. Le présent document ne s’applique pas aux échantillons environnementaux.
General Information
Relations
Buy Standard
Standards Content (Sample)
TECHNICAL ISO/TS
SPECIFICATION 5798
First edition
2022-04
In vitro diagnostic test systems —
Requirements and recommendations
for detection of severe acute
respiratory syndrome coronavirus 2
(SARS-CoV-2) by nucleic acid
amplification methods
Systèmes d’essai pour diagnostic in vitro — Exigences et
recommandations pour la détection du coronavirus 2 associé au
syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) par des méthodes
d’amplification des acides nucléiques
Reference number
ISO/TS 5798:2022(E)
© ISO 2022
---------------------- Page: 1 ----------------------
ISO/TS 5798:2022(E)
COPYRIGHT PROTECTED DOCUMENT
© ISO 2022
All rights reserved. Unless otherwise specified, or required in the context of its implementation, no part of this publication may
be reproduced or utilized otherwise in any form or by any means, electronic or mechanical, including photocopying, or posting on
the internet or an intranet, without prior written permission. Permission can be requested from either ISO at the address below
or ISO’s member body in the country of the requester.ISO copyright office
CP 401 • Ch. de Blandonnet 8
CH-1214 Vernier, Geneva
Phone: +41 22 749 01 11
Email: copyright@iso.org
Website: www.iso.org
Published in Switzerland
© ISO 2022 – All rights reserved
---------------------- Page: 2 ----------------------
ISO/TS 5798:2022(E)
Contents Page
Foreword ..........................................................................................................................................................................................................................................v
Introduction .............................................................................................................................................................................................................................. vi
1 Scope ................................................................................................................................................................................................................................. 1
2 Normative references ..................................................................................................................................................................................... 1
3 Terms and definitions .................................................................................................................................................................................... 1
4 Overview ....................................................................................................................................................................................................................... 7
4.1 SARS-CoV-2 ................................................................................................................................................................................................ 7
4.1.1 General ........................................................................................................................................................................................ 7
4.1.2 Pre-examination ................................................................................................................................................................. 9
4.1.3 Examination — Overview .......................................................................................................................................... 9
4.1.4 Post-examination ............................................................................................................................................................ 11
4.2 Nucleic acid amplification methods .................................................................................................................................. 11
4.2.1 Reverse transcription qPCR (RT-qPCR) ...................................................................................................... 11
4.2.2 Reverse transcription digital PCR (RT-dPCR) .......................................................................................12
4.2.3 Isothermal amplification methods ..................................................................................................................12
5 Laboratory requirements .......................................................................................................................................................................12
5.1 General ........................................................................................................................................................................................................12
5.2 Biosafety requirements ............................................................................................................................................................... 13
5.2.1 Laboratory area ............................................................................................................................................................... 13
5.2.2 Risk control .......................................................................................................................................................................... 13
5.2.3 Personal protective equipment (PPE) .......................................................................................................... 13
5.3 General laboratory set-up ..........................................................................................................................................................13
5.4 Instrumentation ................................................................................................................................................................................. 14
5.5 Laboratory personnel .................................................................................................................................................................... 14
6 Design and development ..........................................................................................................................................................................14
6.1 Customer, patient and stakeholder needs ................................................................................................................... 14
6.2 Intended use of analytical test .............................................................................................................................................. 14
6.3 Institutional guideline strategy ........................................................................................................................................... 15
6.3.1 Laboratory developed tests (LDTs) versus in vitro diagnostic medicaldevices (IVD medical devices) ............................................................................................................................ 15
6.3.2 Emergency use authorization .............................................................................................................................. 15
6.4 Clinical strategy ................................................................................................................................................................................. 15
6.5 Design and development planning ..................................................................................................................................... 16
6.5.1 Pre-examination of respiratory specimens for SARS-CoV-2 testing................................. 16
6.5.2 Examination design specifications (analytical test specifications) ..................................22
6.5.3 Design risk management .......................................................................................................................................... 27
6.6 Optimization of reagents and methods .........................................................................................................................28
6.6.1 Selection of SARS-CoV-2 target sequences ...............................................................................................28
6.6.2 Potential impact of variants of concern (VOCs) on the quality of NAATdiagnostic methods for detecting SARS-CoV-2.....................................................................................28
6.6.3 Selection of amplification methods ................................................................................................................28
6.6.4 Design and selection of primers ........................................................................................................................28
6.6.5 Optimization of the reaction system .............................................................................................................29
6.6.6 Determination of cut-off values .........................................................................................................................29
6.6.7 Verification and validation of test design .................................................................................................29
7 Verification for patient care .................................................................................................................................................................31
7.1 General ...................................................................................................................................................................................................... 31
7.2 Confirmation of analytical performance characteristics .............................................................................. 31
7.2.1 Accuracy ................................................................................................................................................................................. 31
7.2.2 Limit of detection (LOD) ........................................................................................................................................... 31
7.2.3 Inclusivity .............................................................................................................................................................................. 32
7.2.4 Specificity .............................................................................................................................................................................. 32
iii© ISO 2022 – All rights reserved
---------------------- Page: 3 ----------------------
ISO/TS 5798:2022(E)
7.2.5 Robustness ................................... ........................................................................................................ ................................. 32
7.3 Clinical evidence ................................................................................................................................................................................ 33
8 Validation for patient care ........................................................................................................................................... ...........................33
8.1 General consideration ................................................................................................................................................................... 33
8.2 Clarification of the intended use ......................................................................................................................................... 33
8.3 Performance with clinical specimens or samples ................................................................................................34
9 Design transfer to production ............................................................................................................................................................34
10 Implementation and use in the laboratory and reporting of results ........................................................34
10.1 Implementation and use in the laboratory .................................................................................................................34
10.2 Reporting and interpretation of results ....................................................................................................................... 35
11 Quality assurance ............................................................................................................................................................................................36
11.1 Performance monitoring ............................................................................................................................................................ 36
11.2 Design change including optimization of analytical test ...............................................................................36
11.3 Interlaboratory comparison .................................................................................................................................................... 37
Annex A (informative) Nucleic acid amplification techniques ..............................................................................................38
Bibliography .............................................................................................................................................................................................................................41
© ISO 2022 – All rights reserved---------------------- Page: 4 ----------------------
ISO/TS 5798:2022(E)
Foreword
ISO (the International Organization for Standardization) is a worldwide federation of national standards
bodies (ISO member bodies). The work of preparing International Standards is normally carried out
through ISO technical committees. Each member body interested in a subject for which a technical
committee has been established has the right to be represented on that committee. International
organizations, governmental and non-governmental, in liaison with ISO, also take part in the work.
ISO collaborates closely with the International Electrotechnical Commission (IEC) on all matters of
electrotechnical standardization.The procedures used to develop this document and those intended for its further maintenance are
described in the ISO/IEC Directives, Part 1. In particular, the different approval criteria needed for the
different types of ISO documents should be noted. This document was drafted in accordance with the
editorial rules of the ISO/IEC Directives, Part 2 (see www.iso.org/directives).Attention is drawn to the possibility that some of the elements of this document may be the subject of
patent rights. ISO shall not be held responsible for identifying any or all such patent rights. Details of
any patent rights identified during the development of the document will be in the Introduction and/or
on the ISO list of patent declarations received (see www.iso.org/patents).Any trade name used in this document is information given for the convenience of users and does not
constitute an endorsement.For an explanation of the voluntary nature of standards, the meaning of ISO specific terms and
expressions related to conformity assessment, as well as information about ISO’s adherence to
the World Trade Organization (WTO) principles in the Technical Barriers to Trade (TBT), see
www.iso.org/iso/foreword.html.This document was prepared by Technical Committee ISO/TC 212, Clinical laboratory testing and in
vitro diagnostic test systems, in collaboration with Technical Committee ISO/TC 276, Biotechnology.
Any feedback or questions on this document should be directed to the user’s national standards body. A
complete listing of these bodies can be found at www.iso.org/members.html.© ISO 2022 – All rights reserved
---------------------- Page: 5 ----------------------
ISO/TS 5798:2022(E)
Introduction
Coronaviruses are enveloped RNA viruses that are broadly distributed in the animal kingdom. They
have been identified in humans, other mammals, and birds. Coronaviruses were named because the
spike proteins known to facilitate viral attachment and cell entry appear like a halo on the virus surface
when viewed under an electron microscope. Coronaviruses are roughly spherical with a diameter
ranging from 118 nm to 136 nm. The coronavirus genome, which ranges from 26 kb to 32 kb, is the
largest among all RNA viruses, including RNA viruses that have segmented genomes. Until 2019, six
coronaviruses have been associated with human diseases:— severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (SARS-CoV),
— Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV),
— human coronavirus 229E (HCoV-229E),
— human coronavirus OC43 (HCoV-OC43),
— human coronavirus NL63 (HCoV-NL63), and
[1]
— human coronavirus HKU1 (HCoV-HKU1) .
In 2019, a cluster of patients presenting with a respiratory disease were shown, by sequencing, to be
[2]infected with a novel coronavirus . The coronavirus associated with this cluster was subsequently
named severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) by the International Committee
[3]on Taxonomy of Viruses . SARS-CoV-2 is the seventh coronavirus known to infect humans. The disease
caused by SARS-CoV-2 was designated as coronavirus infectious disease 2019 (COVID-19) by the World
[4]Health Organization (WHO) .
The host range for SARS-CoV-2 is not yet fully defined. SARS-CoV-2 is a beta-coronavirus. The receptor
for SARS-CoV-2 is the angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). ACE2 is a cell-surface, zinc-binding
carboxypeptidase involved in regulation of cardiac function and blood pressure. It is expressed in
epithelial cells of the lung and the small intestine, which are the primary targets of SARS-CoV-2, as well
as the heart, kidney, and other tissues.SARS-CoV-2 replicates in the upper and lower respiratory tracts and is transmitted by droplets and
aerosols and most likely other contact with asymptomatic and symptomatic infected persons. The basic
reproduction number (R ) of the original variant is between 2 and 3, but significantly more contagious
[5]variants have developed. The median incubation period is 5,7 (range 2 to 14) days . Similarly to SARS
and MERS, superspreading events have been reported, with a dispersion parameter (kappa) estimated
at 0,1. Most infections are uncomplicated, and 5 % to 10 % of patients are hospitalized mainly due to
pneumonia with severe inflammation. However, complications include respiratory and multiorgan
failures. Risk factors for the complicated disease increase with age and include hypertension, diabetes,
chronic cardiovascular and chronic pulmonary diseases, and immunodeficiency.Clinical management of COVID-19 and control of infections and spread of SARS-CoV-2 require effective
and efficient in vitro diagnostics. There are a number of tests and kits in use for the detection of SARS-
CoV-2 and the number of methods will continue to increase. Acceptable design, development and
establishment of quality SARS-CoV-2 diagnostics based on nucleic acid detection methods is critical
to ensure COVID-19 infection control. Establishing indices for conducting comprehensive quality
evaluation of these methods and kits both during development and in routine application will ensure
the accuracy of the test results and support epidemic prevention and control. This document provides
requirements and recommendations to consider for the quality practice of SARS-CoV-2 nucleic acid
amplification methods.© ISO 2022 – All rights reserved
---------------------- Page: 6 ----------------------
TECHNICAL SPECIFICATION ISO/TS 5798:2022(E)
In vitro diagnostic test systems — Requirements and
recommendations for detection of severe acute respiratory
syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) by nucleic acid
amplification methods
1 Scope
This document provides requirements and recommendations for the design, development, verification,
validation and implementation of analytical tests for detecting the severe acute respiratory syndrome
coronavirus 2 (SARS-CoV-2) using nucleic acid amplification. It addresses pre-examination, examination
and post-examination process steps for human specimens.This document is applicable to medical laboratories. It is also intended to be used by in vitro diagnostic
developers and manufacturers, as well as by institutions and organizations supporting SARS-CoV-2
research and diagnostics.This document does not apply to environmental samples.
2 Normative references
There are no normative references in this document.
3 Terms and definitions
For the purposes of this document, the following terms and definitions apply.
ISO and IEC maintain terminology databases for use in standardization at the following addresses:
— ISO Online browsing platform: available at https:// www .iso .org/ obp— IEC Electropedia: available at https:// www .electropedia .org/
3.1
severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
SARS-CoV-2
virus that causes coronavirus infectious disease 2019 (COVID-19)
3.2
specimen
primary sample
discrete portion of a body fluid, breath, hair or tissue taken for examination, study or analysis of one or
more quantities or properties assumed to apply for the wholeNote 1 to entry: The Global Harmonisation Task Force (GHTF) uses the term specimen in its harmonized guidance
documents to mean a sample of biological origin intended for examination by a medical laboratory.
Note 2 to entry: In some countries, the term “specimen” is used instead of “primary sample” (or a subsample
of it), which is the sample prepared for sending to, or as received by, the laboratory and which is intended for
examination.[6]
[SOURCE: ISO 15189:2012, 3.16 modified — Note 2 to entry was removed and Note 3 to entry was
renumbered as Note 2 to entry.]© ISO 2022 – All rights reserved
---------------------- Page: 7 ----------------------
ISO/TS 5798:2022(E)
3.3
sample
one or more parts taken from a primary sample (3.2)
EXAMPLE A volume of serum taken from a larger volume of serum.
[6]
[SOURCE: ISO 15189:2012, 3.24 ]
3.4
reverse transcription
process of making complementary DNA [cDNA (3.6)] from an RNA (3.20) template (3.22), using the
enzymatic activity of a reverse transcriptase associated with one or more oligonucleotide primers
under a suitable set of conditions[7]
[SOURCE: ISO 16577:2016, 3.180 , modified — Replaced “DNA” with “complementary DNA (cDNA)”.]
3.5deoxyribonucleic acid
DNA
polymer of deoxyribonucleotides occurring in a double-stranded (dsDNA) or single-stranded (ssDNA)
form[8]
[SOURCE: ISO 22174:2005, 3.1.2 ]
3.6
complementary DNA
cDNA
single-stranded DNA (3.5), complementary to a given RNA (3.20) and synthesised in the presence of
reverse transcriptase to serve as a template (3.22) for DNA amplification[9]
[SOURCE: ISO 20395:2019, 3.5 ]
3.7
analytical specificity
capability of a measuring system, using a specified measurement procedure, to provide measurement
results for one or more measurands which do not depend on each other nor on any other quantity in the
system undergoing measurementNote 1 to entry: Lack of analytical specificity is called analytical interference (see ISO 18113-1:2009, A.3.2).
[10][SOURCE: ISO 18113-1:2009, A.3.4 ]
3.8
limit of detection
LOD
measured quantity value, obtained by a given measurement procedure, for which the probability of
falsely claiming the absence of a component in a material is 0,05, given a probability of 0,05 of falsely
claiming its presence[11]
[SOURCE: ISO/IEC Guide 99:2007, 4.18 , modified — “β, given a probability α” was replaced by “0,05,
given a probability of 0,05” and Notes 1 to 3 to entry were deleted.]3.9
verification
provision of objective evidence that a given item fulfils specified requirements
[11]
[SOURCE: ISO/IEC Guide 99:2007, 2.44 , modified — EXAMPLES 1 to 3 and Notes 1 to 6 to entry were
deleted.]© ISO 2022 – All rights reserved
---------------------- Page: 8 ----------------------
ISO/TS 5798:2022(E)
3.10
validation
confirmation, through the provision of objective evidence, that the requirements for a specific intended
use or application have been fulfilledNote 1 to entry: The word “validated” is used to designate the corresponding status.
[12][SOURCE: ISO 9000:2015, 3.8.13 , modified — Notes 1 and 3 to entry were deleted and Note 2 to
entry was renamed Note 1 to entry.]3.11
amplicon
specific DNA (3.5) fragment produced by a DNA-amplification technology, such as the polymerase chain
reaction (PCR) (3.12)[13]
[SOURCE: ISO 13495:2013, 3.3.1 ]
3.12
polymerase chain reaction
PCR
enzymatic procedure which allows in vitro amplification of DNA (3.5) or RNA (3.20)
[8][SOURCE: ISO 22174:2005, 3.4.1 , modified — “or RNA” added to the end of the definition and “in vitro”
has been unitalicized in accordance with the ISO House Style.]3.13
reference material
material, sufficiently homogeneous and stable with reference to specified properties, which has been
established to be fit for its intended use in measurement or in examination of nominal properties
[11][SOURCE: ISO/IEC Guide 99:2007, 5.13 , modified — Notes 1 to 8 to entry and EXAMPLES 1 to 5 were
deleted.]3.14
pseudo-virus
virus or virus-like particle that can integrate the envelope glycoprotein of another virus to form a virus
with an exogenous viral envelope, and the genome retains the characteristics of the retrovirus itself
3.15digital PCR
dPCR
procedure in which nucleic acid templates (3.22) are distributed across multiple partitions of nominally
equivalent volume, such that some partitions contain template and others do not, followed by PCR
(3.12) amplification of target sequences and detection of specific PCR products, providing a count of the
number of partitions with a positive and negative signal for the target templateNote 1 to entry: Nucleic acid target sequences are assumed to be randomly and independently distributed across
the partitions during the partitioning process.Note 2 to entry: The count of positive and negative partitions is normally based on end point detection of PCR
products following thermal cycling, however real-time qPCR (3.16) monitoring of PCR product accumulation is
additionally possible for some dPCR platforms.[9]
[SOURCE: ISO 20395:2019, 3.10 ]
© ISO 2022 – All rights reserved
---------------------- Page: 9 ----------------------
ISO/TS 5798:2022(E)
3.16
quantitative real-time PCR
qPCR
enzymatic procedure which combines the in vitro amplification of specific DNA (3.5) or RNA (3.20)
segments with the detection and quantification of specific PCR (3.12) products during the amplification
processNote 1 to entry: While the PCR is producing copies of the relevant DNA sequence, the fluorescent marker
fluoresces in direct proportion to the amount of DNA present, which can theoretically be back-calculated to infer
the original amount of that particular DNA present in a sample (3.3) prior to initiation of PCR.
[9][SOURCE: ISO 20395:2019, 3.25 , modified — “RNA” was added.]
3.17
quantification cycle
quantitative real-time PCR (qPCR) (3.16) cycle at which the fluorescence from the reaction crosses a
specified threshold level at which the signal can be distinguished from background levels
Note 1 to entry: Quantification cycle is a generic term which includes cycle threshold (C ), crossing point (C ),
t ptake off point and all other instrument specific terms referring to the fractional cycle which is proportional to
the concentration of target in the qPCR assay.Note 2 to entry: The quantification cycle is based either on a threshold applied to all samples (3.3) or on a
regression analysis of the signal, for each sample.Note 3 to entry: The quantification cycle is a measure with poor reproducibility and cannot be used when
comparing kit performance.Note 4 to entry: Laboratory based considerations sometimes lead to selection of a cut-off for the cycle number.
The cut-off cannot be chosen not to have a detrimental influence on available limit of detection (3.8).
Note 5 to entry: C does not apply for digital PCR (3.15) and isothermal amplification methods.
[9][SOURCE: ISO 20395:2019, 3.8 , modified — Notes 3 to 5 to entry have been added.]
3.18clinical specificity
diagnostic specificity
ability of an in vitro diagnostic examination procedure to recognize the absence of a target marker
associated with a particular disease or conditionNote 1 to entry: Also defined as “percent negativity” in samples (3.3) where the target marker is known to be
absent.Note 2 to entry: Clinical specificity is expressed as a percentage (number fraction multiplied by 100), calculated
as 100 × the number of true negative values (TN) divided by the sum of the number of true negative plus the
number of false positive (FP) values, or 100 × TN/ (TN + FP). This calculation is based on a study design where
only one sample is taken from each subject.Note 3 to entry: The target condition is defined by criteria independent of the examination procedure under
consideration.[10]
[SOURCE: ISO 18113-1:2009, A.3.16 ]
3.19
clinical sensitivity
diagnostic sensitivity
ability of an in vitro diagnostic examination procedure to identify the presence of a target marker
associated with a particular disease or conditionNote 1 to entry: Also defined as “percent positivity” in samples (3.3) where the target marker is known to be
present.© ISO 2022 – All rights reserved
---------------------- Page: 10 ----------------------
ISO/TS 5798:2022(E)
Note 2 to entry: Diagnostic sensitivity is expressed as a percentage (number fraction multiplied by 100),
calculated as 100 × the number of true positive values (TP) divided by the sum of the number of true positive
values (TP) plus the number of false negative values (FN), or 1...
SPÉCIFICATION ISO/TS
TECHNIQUE 5798
Première édition
2022-04
Systèmes d’essai pour diagnostic
in vitro — Exigences et
recommandations pour la détection
du coronavirus 2 du syndrome
respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2)
au moyen de méthodes d’amplification
de l’acide nucléique
In vitro diagnostic test systems — Requirements and
recommendations for detection of severe acute respiratory syndrome
coronavirus 2 (SARS-CoV-2) by nucleic acid amplification methods
Numéro de référence
ISO/TS 5798:2022(F)
© ISO 2022
---------------------- Page: 1 ----------------------
ISO/TS 5798:2022(F)
DOCUMENT PROTÉGÉ PAR COPYRIGHT
© ISO 2022
Tous droits réservés. Sauf prescription différente ou nécessité dans le contexte de sa mise en œuvre, aucune partie de cette
publication ne peut être reproduite ni utilisée sous quelque forme que ce soit et par aucun procédé, électronique ou mécanique,
y compris la photocopie, ou la diffusion sur l’internet ou sur un intranet, sans autorisation écrite préalable. Une autorisation peut
être demandée à l’ISO à l’adresse ci-après ou au comité membre de l’ISO dans le pays du demandeur.
ISO copyright officeCase postale 401 • Ch. de Blandonnet 8
CH-1214 Vernier, Genève
Tél.: +41 22 749 01 11
E-mail: copyright@iso.org
Web: www.iso.org
Publié en Suisse
© ISO 2022 – Tous droits réservés
---------------------- Page: 2 ----------------------
ISO/TS 5798:2022(F)
Sommaire Page
Avant-propos ...............................................................................................................................................................................................................................v
Introduction .............................................................................................................................................................................................................................. vi
1 Domaine d'application ...................................................................................................................................................................................1
2 Références normatives ..................................................................................................................................................................................1
3 Termes et définitions ...................................................................................................................................................................................... 1
4 Vue d’ensemble ......................................................................................................................................................................................................7
4.1 SARS-CoV-2 ................................................................................................................................................................................................ 7
4.1.1 Généralités ............................................................................................................................................................................... 7
4.1.2 Préanalyse ................................................................................................................................................................................ 9
4.1.3 Analyse — Vue d’ensemble ........................................................................................................................................ 9
4.1.4 Phase postanalytique .................................................................................................................................................. 11
4.2 Méthodes d’amplification de l’acide nucléique ........................................................................................................ 11
4.2.1 qPCR à transcription inverse (RT-qPCR) ................................................................................................... 11
4.2.2 PCR numérique à transcription inverse (RT-dPCR) .........................................................................12
4.2.3 Méthodes d’amplification isotherme .............................................................................................................12
5 Exigences imposées aux laboratoires.........................................................................................................................................13
5.1 Généralités ..............................................................................................................................................................................................13
5.2 Exigences de biosécurité ............................................................................................................................................................13
5.2.1 Au sein du laboratoire ................................................................................................................................................ 13
5.2.2 Maîtrise des risques ..................................................................................................................................................... 13
5.2.3 Équipement de protection individuelle (EPI) ........................................................................................ 14
5.3 Configuration générale du laboratoire .......................................................................................................................... 14
5.4 Appareillage ........................................................................................................................................................................................... 14
5.5 Personnel de laboratoire ............................................................................................................................................................ 14
6 Conception et développement ........................................................................................................................................... ..................15
6.1 Besoins des clients, des patients et des parties prenantes .......................................................................... 15
6.2 Usage prévu de l’analyse ............................................................................................................................................................. 15
6.3 Stratégie institutionnelle ...........................................................................................................................................................15
6.3.1 Tests développés en laboratoire (LDT) et dispositifs médicaux dediagnostic in vitro (dispositifs médicaux de DIV) .............................................................................15
6.3.2 Autorisation d’utilisation d’urgence .............................................................................................................. 16
6.4 Stratégie clinique ........................................................................................................................................... .................................... 16
6.5 Spécification des besoins de conception et de développement ................................................................ 17
6.5.1 Préanalyse des spécimens respiratoires en vue du dépistage du SARS-CoV-2 ....... 17
6.5.2 Spécifications de conception de l’analyse (spécifications de l’analyse).......................... 24
6.5.3 Gestion du risque de conception .......................................................................................................................30
6.6 Optimisation des réactifs et des méthodes ................................................................................................................30
6.6.1 Sélection des séquences cibles du SARS-CoV-2 ....................................................................................30
6.6.2 Impact potentiel de variants préoccupants sur la qualité des méthodesdiagnostiques des TAAN pour la détection du SARS-CoV-2...................................................... 31
6.6.3 Sélection des méthodes d’amplification ..................................................................................................... 31
6.6.4 Conception et sélection des amorces............................................................................................................. 31
6.6.5 Optimisation du système réactionnel .......................................................................................................... 32
6.6.6 Détermination des valeurs seuils ..................................................................................................................... 32
6.6.7 Vérification et validation de la conception de l’essai....................................................................... 32
7 Vérification en vue de la prise en charge des patients .............................................................................................34
7.1 Généralités ..............................................................................................................................................................................................34
7.2 Confirmation des caractéristiques de performance analytique .............................................................34
7.2.1 Exactitude..............................................................................................................................................................................34
7.2.2 Limite de détection (LD) .......................................................................................................................................... 35
7.2.3 Inclusivité .............................................................................................................................................................................. 35
7.2.4 Spécificité .............................................................................................................................................................................. 36
iii© ISO 2022 – Tous droits réservés
---------------------- Page: 3 ----------------------
ISO/TS 5798:2022(F)
7.2.5 Robustesse ............................................................................................................................................................................ 36
7.3 Preuves cliniques ...................................................................... ......................................................................................................... 36
8 Validation en vue de la prise en charge des patients .................................................................................................37
8.1 Critères généraux .............................................................................................................................................................................. 37
8.2 Clarification de l’usage prévu ................................................................................................................................................. 37
8.3 Performance avec des échantillons ou des spécimens cliniques ............................................................ 37
9 Transfert de la conception à la production ..........................................................................................................................38
10 Mise en œuvre et utilisation en laboratoire et publication des résultats ............................................38
10.1 Mise en œuvre et utilisation en laboratoire ..............................................................................................................38
10.2 Publication et interprétation des résultats ................................................................................................................39
11 Assurance qualité ............................................................................................................................................................................................40
11.1 Surveillance de la performance ............................................................................................................................................40
11.2 Changement de conception, y compris optimisation de l’analyse ..........................................................40
11.3 Comparaison interlaboratoires ............................................................................................................................................ 41
Annexe A (informative) Techniques d’amplification de l’acide nucléique ................................................................42
Bibliographie ...........................................................................................................................................................................................................................45
© ISO 2022 – Tous droits réservés---------------------- Page: 4 ----------------------
ISO/TS 5798:2022(F)
Avant-propos
L’ISO (Organisation internationale de normalisation) est une fédération mondiale d’organismes
nationaux de normalisation (comités membres de l’ISO). L’élaboration des Normes internationales est
en général confiée aux comités techniques de l’ISO. Chaque comité membre intéressé par une étude
a le droit de faire partie du comité technique créé à cet effet. Les organisations internationales,
gouvernementales et non gouvernementales, en liaison avec l’ISO participent également aux travaux.
L’ISO collabore étroitement avec la Commission électrotechnique internationale (IEC) en ce qui
concerne la normalisation électrotechnique.Les procédures utilisées pour élaborer le présent document et celles destinées à sa mise à jour sont
décrites dans les Directives ISO/IEC, Partie 1. Il convient, en particulier de prendre note des différents
critères d’approbation requis pour les différents types de documents ISO. Le présent document
a été rédigé conformément aux règles de rédaction données dans les Directives ISO/IEC, Partie 2
(voir www.iso.org/directives).L’attention est attirée sur le fait que certains des éléments du présent document peuvent faire l’objet de
droits de propriété intellectuelle ou de droits analogues. L’ISO ne saurait être tenue pour responsable
de ne pas avoir identifié de tels droits de propriété et averti de leur existence. Les détails concernant
les références aux droits de propriété intellectuelle ou autres droits analogues identifiés lors de
l’élaboration du document sont indiqués dans l’Introduction et/ou dans la liste des déclarations de
brevets reçues par l’ISO (voir www.iso.org/brevets).Les appellations commerciales éventuellement mentionnées dans le présent document sont données
pour information, par souci de commodité, à l’intention des utilisateurs et ne sauraient constituer un
engagement.Pour une explication de la nature volontaire des normes, la signification des termes et expressions
spécifiques de l’ISO liés à l’évaluation de la conformité, ou pour toute information au sujet de l’adhésion
de l’ISO aux principes de l’Organisation mondiale du commerce (OMC) concernant les obstacles
techniques au commerce (OTC), voir le lien suivant : www.iso.org/iso/fr/avant-propos.
Le présent document a été élaboré par le comité technique ISO/TC 212, Laboratoires de biologie médicale
et systèmes de diagnostic in vitro, en collaboration avec le comité technique ISO/TC 276, Biotechnologie.
Il convient que l’utilisateur adresse tout retour d’information ou toute question concernant le présent
document à l’organisme national de normalisation de son pays. Une liste exhaustive desdits organismes
se trouve à l’adresse www.iso.org/fr/members.html.© ISO 2022 – Tous droits réservés
---------------------- Page: 5 ----------------------
ISO/TS 5798:2022(F)
Introduction
Les coronavirus sont des virus à ARN enveloppés qui sont largement répandus dans le règne animal.
Ils ont été identifiés chez les humains, d’autres mammifères, ainsi que les oiseaux. Les coronavirus
doivent leur nom au halo que semblent former les protéines spike, connues pour faciliter l’attachement
viral et la pénétration du virus dans les cellules, à leur surface lorsqu’ils sont observés sous un
microscope électronique. À peu près sphériques, les coronavirus mesurent de 118 nm à 136 nm de
diamètre. Le génome des coronavirus, qui comprend de 26 kb à 32 kb, est le plus gros de tous les virus
à ARN, y compris les virus à ARN qui disposent de génomes segmentés. Jusqu’en 2019, six coronavirus
étaient associés à des maladies humaines :— le coronavirus lié au syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV) ;
— le coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV) ;
— le coronavirus humain 229E (HCoV-229E) ;
— le coronavirus humain OC43 (HCoV-OC43) ;
— le coronavirus humain NL63 (HCoV-NL63) ; et
[1]
— le coronavirus humain HKU1 (HCoV-HKU1) .
En 2019, un groupe de patients présentant une maladie respiratoire s’est révélé, après séquençage,
[2]être infecté par un nouveau coronavirus . Le coronavirus associé à ce cluster a été ensuite baptisé
coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) par l’International Committee on
[3]Taxonomy of Viruses . Le SARS-CoV-2 est le septième coronavirus connu qui infecte les humains.
La maladie provoquée par le SARS-CoV-2 a été désignée comme la maladie infectieuse à coronavirus
[4]2019 (COVID-19) par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) .
La gamme d’hôtes pour le SARS‑CoV‑2 n’est pas encore totalement définie. Le SARS‑CoV‑2 est un
bétacoronavirus. Le récepteur du SARS‑CoV‑2 est une enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2).
L’ACE2 est une carboxypeptidase contenant du zinc exposée à la surface des cellules qui est impliquée
dans la régulation de la fonction cardiaque et de la pression sanguine. Elle s’exprime dans les cellules
épithéliales des poumons et de l’intestin grêle, qui sont les principales cibles du SARS-CoV-2, ainsi que
du cœur, des reins et d’autres tissus.Le SARS-CoV-2 se reproduit dans les voies supérieures et inférieures de l’appareil respiratoire et
est transmis par des gouttelettes et des aérosols, mais aussi très probablement par le contact avec
d’autres personnes infectées, qu’elles soient symptomatiques ou non. Le nombre de reproduction de
base (R ) du variant d’origine est compris entre 2 et 3, mais des variants nettement plus contagieux
[5]ont fait leur apparition. La période d’incubation médiane est de 5,7 (2 à 14) jours . Comme pour le
SARS et le MERS, des épisodes de supercontamination ont été rapportés, avec un facteur de dispersion
(kappa) estimé à 0,1. Si la plupart des infections ne présentent pas de complications, entre 5 % à
10 % des patients sont hospitalisés en raison d’une pneumonie associée à une inflammation sévère.
Cependant, les complications comprennent des insuffisances respiratoires et des défaillances
multi-organiques. Les facteurs de risque contribuant à l’apparition de formes graves augmentent
avec l’âge et comprennent l’hypertension, le diabète, les maladies cardiovasculaires et pulmonaires
chroniques, ainsi que l’immunodéficience.La gestion clinique du COVID-19 et la maîtrise des infections et de la propagation du SARS-CoV-2
nécessitent des diagnostics in vitro efficaces et efficients. Il existe un certain nombre d’essais et de kits
visant à détecter le SARS-CoV-2 et le nombre de méthodes disponibles va continuer d’augmenter. Il est
essentiel de concevoir, de mettre au point et d’établir des diagnostics du SARS-CoV-2 de qualité fondés
sur des méthodes de détection utilisant l’acide nucléique afin de s’assurer que l’infection de COVID‑19
est sous contrôle. L’établissement d’indices pour la réalisation d’une évaluation de la qualité complète
de ces méthodes et de ces kits, que ce soit au cours de leur élaboration qu’en application de routine,
permettra de garantir l’exactitude des résultats d’essai et de soutenir la prévention et la maîtrise de
l’épidémie. Le présent document fournit des exigences et des recommandations à prendre en compte
pour une mise en œuvre de qualité des méthodes d’amplification de l’acide nucléique du SARS‑CoV‑2.
© ISO 2022 – Tous droits réservés---------------------- Page: 6 ----------------------
SPÉCIFICATION TECHNIQUE ISO/TS 5798:2022(F)
Systèmes d’essai pour diagnostic in vitro — Exigences et
recommandations pour la détection du coronavirus 2 du
syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) au moyen
de méthodes d’amplification de l’acide nucléique
1 Domaine d'application
Le présent document fournit des exigences et des recommandations pour la conception,
le développement, la vérification, la validation et la mise en œuvre d’analyses afin de détecter le
coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS‑CoV‑2) au moyen de l’amplification de l’acide
nucléique. Il aborde les étapes du processus préanalytique, de l’analyse et du processus postanalytique
pour des spécimens humains.Le présent document s’applique aux laboratoires de biologie médicale. Il est également destiné aux
concepteurs et fabricants de diagnostics in vitro, ainsi qu’aux institutions et aux organisations
soutenant la recherche et le diagnostic du SARS-CoV-2.Le présent document ne s’applique pas aux échantillons environnementaux.
2 Références normatives
Le présent document ne contient aucune référence normative.
3 Termes et définitions
Pour les besoins du présent document, les termes et définitions suivants s’appliquent.
L’ISO et l’IEC tiennent à jour des bases de données terminologiques destinées à être utilisées en
normalisation, consultables aux adresses suivantes :— ISO Online browsing platform : disponible à l’adresse http:// www .iso .org/ obp ;
— IEC Electropedia : disponible à l’adresse http:// www .electropedia .org/ .3.1
coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère
SARS-CoV-2
virus provoquant la maladie infectieuse à coronavirus 2019 (COVID-19)
3.2
spécimen
échantillon primaire
partie discrète d’un fluide corporel, d’une haleine, d’un cheveu ou d’un tissu prélevé à des fins d’examens,
d’étude ou d’analyse d’une ou plusieurs grandeurs ou propriétés pour déterminer le caractère de
l’ensembleNote 1 à l'article: à l’article La Global Harmonisation Task Force (GHTF) utilise le terme spécimen dans ses
guides harmonisés pour désigner un échantillon d’origine biologique destiné à être analysé par un laboratoire de
biologie médicale.Note 2 à l'article: Dans certains pays, le terme « spécimen » est utilisé au lieu du terme « échantillon primaire »
(ou l’un de ses sous-produits), lequel correspond à l’échantillon préparé pour envoi ou tel qu’il est reçu par le
laboratoire et destiné à être analysé.© ISO 2022 – Tous droits réservés
---------------------- Page: 7 ----------------------
ISO/TS 5798:2022(F)
[6]
[SOURCE: : ISO 15189:2012, 3.16 modifié — La Note 2 à l’article a été supprimée et la Note 3 à l’article
a été renumérotée pour former la Note 2 à l’article.]3.3
échantillon
une ou plusieurs parties prélevées à partir d’un échantillon primaire (3.2)
EXEMPLE Un volume de sérum prélevé à partir d’un volume de sérum plus important.
[6]
[SOURCE: : ISO 15189:2012, 3.24 ]
3.4
transcription inverse
méthode de synthèse de l’ADN complémentaire [ADNc (3.6)] à partir d’une matrice (3.22) d’ARN (3.20),
qui utilise l’activité enzymatique d’une transcriptase inverse couplée à une ou plusieurs amorces
oligonucléotidiques dans des conditions appropriées[7]
[SOURCE: : ISO 16577:2016, 3.180 , modifié — « ADN » a été remplacé par « ADN complémentaire
(ADNc) ».]3.5
acide désoxyribonucléique
ADN
polymère de désoxyribonucléotides se présentant sous la forme de double brin (ADNdb) ou de brin
simple (ADNsb)[8]
[SOURCE: : ISO 22174:2005, 3.1.2 ]
3.6
ADN complémentaire
ADNc
ADN (3.5) simple brin, complémentaire à de l’ARN (3.20) donné et synthétisé en présence de
transcriptase inverse servant de matrice (3.22) pour l’amplification de l’ADN[9]
[SOURCE: : ISO 20395:2019, 3.5 ]
3.7
spécificité analytique
capacité d’un système de mesure, utilisant une procédure de mesure spécifiée, à produire des résultats
de mesure, pour un ou plusieurs mesurandes, qui ne dépendent ni les uns des autres ni de toute autre
grandeur dans le système soumis au mesurageNote 1 à l'article: Le manque de spécificité analytique est appelé interférence analytique
(voir l’ISO 18113-1:2009, A.3.2).[10]
[SOURCE: : ISO 18113-1:2009, A.3.4 ]
3.8
limite de détection
valeur mesurée, obtenue par une procédure de mesure donnée, pour laquelle la probabilité de déclarer
faussement l’absence d’un constituant dans un matériau est 0,05, étant donnée une probabilité de 0,05
de déclarer faussement sa présence[11]
[SOURCE: : ISO/IEC Guide 99:2007, 4.18 , modifié — « β, étant donnée la probabilité α » a été remplacé
par « 0,05, étant donné une probabilité de 0,05 », et les Notes 1 à 3 à l’article ont été supprimées.]
© ISO 2022 – Tous droits réservés---------------------- Page: 8 ----------------------
ISO/TS 5798:2022(F)
3.9
vérification
fourniture de preuves tangibles qu’une entité donnée satisfait à des exigences spécifiées
[11][SOURCE: : ISO/IEC Guide 99:2007, 2.44 , modifié — Les EXEMPLES 1 à 3 et les Notes 1 à 6 à l’article
ont été supprimés.]3.10
validation
confirmation par des preuves objectives que les exigences pour une utilisation spécifique ou une
application prévues ont été satisfaitesNote 1 à l'article: Le terme « validé » est utilisé pour désigner l’état correspondant.
[12][SOURCE: : ISO 9000:2015, 3.8.13 , modifié — Les Notes 1 à 3 à l’article ont été supprimées et la Note 2
à l’article a été renommée Note 1 à l’article.]3.11
amplicon
fragment d’ADN (3.5) spécifique produit par une technologie d’amplification de l’ADN, telle que la
réaction de polymérisation en chaîne (PCR) (3.12)[13]
[SOURCE: : ISO 13495:2013, 3.3.1 ]
3.12
réaction de polymérisation en chaîne
PCR
méthode enzymatique permettant l’amplification in vitro de l’ADN (3.5) ou de l’ARN (3.20)
[8][SOURCE: : ISO 22174:2005, 3.4.1 , modifié — « ou de l’ARN » a été ajouté à la fin de définition et la mise
en forme en italique d’« in vitro » a été supprimée conformément au Guide de style interne de l’ISO.]
3.13matériau de référence
matériau suffisamment homogène et stable en ce qui concerne des propriétés spécifiées, qui a été
préparé pour être adapté à son utilisation prévue pour un mesurage ou pour l’examen de propriétés
qualitatives[11]
[SOURCE: : ISO/IEC Guide 99:2007, 5.13 , modifié — Les Notes 1 à 8 à l’article et les EXEMPLES 1 à 5
ont été supprimés.]3.14
pseudovirus
particule virale ou pseudovirale pouvant intégrer l’enveloppe glycoprotéique d’un autre virus pour
former un virus avec l’enveloppe du virus exogène, tandis que le génome conserve les caractéristiques
du rétrovirus3.15
PCR numérique
dPCR
méthode consistant à répartir des matrices (3.22) d’acide nucléique entre plusieurs partitions d’un
volume nominal équivalent, de sorte que certaines partitions contiennent de la matrice et d’autres non,
puis à soumettre les séquences cibles à une amplification par PCR (3.12) pour détecter les produits
spécifiques de la PCR, en dénombrant les partitions avec un signal positif et négatif pour la matrice cible
Note 1 à l'article: Les séquences d’acide nucléique cibles sont présumées être réparties de manière aléatoire et
indépendante entre les partitions au cours du processus de partitionnement.Note 2 à l'article: Le comptage de partitions positives et négatives s’appuie normalement sur la détection du point
final des produits de la PCR suivie par un cycle thermique, néanmoins il est également possible que certaines
plateformes de dPCR procèdent à une surveillance par qPCR (3.16) en temps réel de l’accumulation de produits
de PCR.© ISO 2022 – Tous droits réservés
---------------------- Page: 9 ----------------------
ISO/TS 5798:2022(F)
[9]
[SOURCE: : ISO 20395:2019, 3.10 ]
3.16
PCR quantitative en temps réel
qPCR
technique de réaction enzymatique qui combine l’amplification in vitro de segments d’ADN (3.5) ou
d’ARN (3.20) spécifiques, la détection et la quantification de produits de PCR (3.12) spécifiques pendant
le processus d’amplificationNote 1 à l'article: Tandis que la PCR produit des copies de la séquence d’ADN pertinente, le marqueur fluorescent
émet une fluorescence directement proportionnelle à la quantité d’ADN présente, qui peut, en théorie, être
rétrocalculée pour déduire la quantité initiale de cet ADN spécifique présente dans un échantillon (3.3) avant la
réaction de PCR.[9]
[SOURCE: : ISO 20395:2019, 3.25 , modifié — « ARN » a été ajouté.]
3.17
cycle de quantification
cycle de PCR quantitative en temps réel (qPCR) (3.16), au cours duquel la fluorescence provoquée par
la réaction atteint un niveau de seuil spécifié auquel le signal peut être distingué des niveaux de bruit
de fondNote 1 à l'article: « Cycle de quantification » est un terme générique qui couvre le cycle seuil (C ), le point de
franchissement (C ), le point de décollage et tous les autres termes spécifiques à l’instrument faisant référence au
cycle fractionnel qui est proportionnel à la concentration d’ADN cible dans l’essai par qPCR.
Note 2 à l'article: Le cycle de quantification s’appuie soit sur un seuil appliqué à tous les échantillons (3.3) soit à
une analyse de régression du signal, pour chaque échantillon.Note 3 à l'article: Le cycle de quantification est une mesure offrant une mauvaise reproductibilité qui ne peut pas
être utilisée pour comparer la performance de différents kits.Note 4 à l'article: Il arrive que des considérations pratiques en laboratoire conduisent à sélectionner une valeur
seuil pour le nombre de cycles. Cette vale...
© ISO 2022 – Tous droits réservés
ISO/TC 212
Date : 2022-06-13
Deleted: 04
ISO/TS 5798:2022(F)
ISO/TC 212/JGT 6
Secrétariat : ANSI
Systèmes d’essai pour diagnostic in vitro — Exigences et recommandations pour la détection du
coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) au moyen de méthodes
d’amplification de l’acide nucléiqueIn vitro diagnostic test systems — Requirements and recommendations for detection of severe
acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) by nucleic acid amplification methods
ICS : 11.100.01Type du document : Spécification technique
Sous-type du document :
Stade du document : (60) Publication
Langue du document : F
---------------------- Page: 1 ----------------------
ISO/TS 5798:2022(F)
DOCUMENT PROTÉGÉ PAR COPYRIGHT
© ISO 2022
Deleted:
Droits de reproduction réservés. Sauf indication contraire, aucune partie de cette publication ne
peut être reproduite ni utilisée sous quelque forme que ce soit et par aucun procédé, électronique
ou mécanique, y compris la photocopie, l’affichage sur l’internet ou sur un Intranet, sans
autorisation écrite préalable. Les demandes d’autorisation peuvent être adressées à l’ISO à
l’adresse ci-après ou au comité membre de l’ISO dans le pays du demandeur.ISO copyright office
Ch. de Blandonnet 8 • CP 401 Deleted: •
CH-1214 Vernier, Geneva, Switzerland
Tel. + 41 22 749 01 11
Fax + 41 22 749 09 47
copyright@iso.org
www.iso.org
Publié en Suisse
2 © ISO 2022 – Tous droits réservés
---------------------- Page: 2 ----------------------
ISO/TS 5798:2022(F)
Sommaire Page
Avant-propos ................................................................................................................................................................... v Deleted: 5
Introduction ................................................................................................................................................................... vi
Deleted: 61 Domaine d'application ......................................................................................................................................... 1 Deleted: 8
2 Références normatives ........................................................................................................................................ 1 Deleted: 8
3 Termes et définitions ........................................................................................................................................... 1 Deleted: 8
4 Vue d’ensemble .................................................................................................................................................... 16
4.1 SARS-CoV-2 ...................................................................................................................................................... 16
4.1.1 Généralités ...................................................................................................................................................... 16
4.1.2 Préanalyse ....................................................................................................................................................... 18
4.1.3 Analyse — Vue d’ensemble ....................................................................................................................... 18
4.1.4 Phase postanalytique .................................................................................................................................. 20
4.2 Méthodes d’amplification de l’acide nucléique ................................................................................. 21
4.2.1 qPCR à transcription inverse (RT-qPCR) ............................................................................................. 21
4.2.2 PCR numérique à transcription inverse (RT-dPCR) ........................................................................ 21
4.2.3 Méthodes d’amplification isotherme..................................................................................................... 22
5 Exigences imposées aux laboratoires .......................................................................................................... 22
5.1 Généralités ...................................................................................................................................................... 22
5.2 Exigences de biosécurité ............................................................................................................................ 22
5.2.1 Au sein du laboratoire ................................................................................................................................ 22
5.2.2 Maîtrise des risques ..................................................................................................................................... 23
5.2.3 Équipement de protection individuelle (EPI) .................................................................................... 23
5.3 Configuration générale du laboratoire ................................................................................................. 24
5.4 Appareillage ................................................................................................................................................... 24
5.5 Personnel de laboratoire ........................................................................................................................... 24
6 Conception et développement........................................................................................................................ 24
6.1 Besoins des clients, des patients et des parties prenantes ............................................................ 24
6.2 Usage prévu de l’analyse ............................................................................................................................ 25
6.3 Stratégie institutionnelle ........................................................................................................................... 25
6.3.1 Tests développés en laboratoire (LDT) et dispositifs médicaux de diagnostic in vitro
(dispositifs médicaux de DIV) .................................................................................................................. 25
6.3.2 Autorisation d’utilisation d’urgence ...................................................................................................... 26
6.4 Stratégie clinique .......................................................................................................................................... 26
6.5 Spécification des besoins de conception et de développement ................................................... 26
6.5.1 Préanalyse des spécimens respiratoires en vue du dépistage du SARS-CoV-2 ...................... 26
6.5.2 Spécifications de conception de l’analyse (spécifications de l’analyse) ................................... 34
6.5.3 Gestion du risque de conception ............................................................................................................. 41
6.6 Optimisation des réactifs et des méthodes ......................................................................................... 41
6.6.1 Sélection des séquences cibles du SARS-CoV-2 .................................................................................. 41
6.6.2 Impact potentiel de variants préoccupants sur la qualité des méthodesdiagnostiques des TAAN pour la détection du SARS-CoV-2 ........................................................... 42
© ISO 2022 – Tous droits réservés iii---------------------- Page: 3 ----------------------
ISO/TS 5798:2022(F)
6.6.3 Sélection des méthodes d’amplification .............................................................................................. 42
6.6.4 Conception et sélection des amorces .................................................................................................... 42
6.6.5 Optimisation du système réactionnel ................................................................................................... 43
6.6.6 Détermination des valeurs seuils ........................................................................................................... 43
6.6.7 Vérification et validation de la conception de l’essai ...................................................................... 43
7 Vérification en vue de la prise en charge des patients ......................................................................... 45
7.1 Généralités...................................................................................................................................................... 45
7.2 Confirmation des caractéristiques de performance analytique ................................................. 46
7.2.1 Exactitude ....................................................................................................................................................... 46
7.2.2 Limite de détection (LD) ............................................................................................................................ 46
7.2.3 Inclusivité ....................................................................................................................................................... 47
7.2.4 Spécificité ........................................................................................................................................................ 47
7.2.5 Robustesse ...................................................................................................................................................... 47
7.3 Preuves cliniques ......................................................................................................................................... 48
8 Validation en vue de la prise en charge des patients ............................................................................ 48
8.1 Critères généraux ......................................................................................................................................... 48
8.2 Clarification de l’usage prévu .................................................................................................................. 48
8.3 Performance avec des échantillons ou des spécimens cliniques ................................................ 49
9 Transfert de la conception à la production ............................................................................................... 49
10 Mise en œuvre et utilisation en laboratoire et publication des résultats ...................................... 49
10.1 Mise en œuvre et utilisation en laboratoire ....................................................................................... 49
10.2 Publication et interprétation des résultats ........................................................................................ 50
11 Assurance qualité ............................................................................................................................................... 51
11.1 Surveillance de la performance .............................................................................................................. 51
11.2 Changement de conception, y compris optimisation de l’analyse .............................................. 52
11.3 Comparaison interlaboratoires .............................................................................................................. 52
Annexe A (informative) Techniques d’amplification de l’acide nucléique .................................... 54
Bibliographie ............................................................................................................................................................... 57
4 © ISO 2022 – Tous droits réservés---------------------- Page: 4 ----------------------
ISO/TS 5798:2022(F)
Avant-propos
L’ISO (Organisation internationale de normalisation) est une fédération mondiale d’organismes
nationaux de normalisation (comités membres de l’ISO). L’élaboration des Normes internationales est
en général confiée aux comités techniques de l’ISO. Chaque comité membre intéressé par une étude a le
droit de faire partie du comité technique créé à cet effet. Les organisations internationales,
gouvernementales et non gouvernementales, en liaison avec l’ISO participent également aux travaux.
L’ISO collabore étroitement avec la Commission électrotechnique internationale (IEC) en ce qui
concerne la normalisation électrotechnique.Les procédures utilisées pour élaborer le présent document et celles destinées à sa mise à jour sont
décrites dans les Directives ISO/IEC, Partie 1. Il convient, en particulier de prendre note des différents
critères d’approbation requis pour les différents types de documents ISO. Le présent document a été
rédigé conformément aux règles de rédaction données dans les Directives ISO/IEC, Partie 2
(voir www.iso.org/directives).L’attention est attirée sur le fait que certains des éléments du présent document peuvent faire l’objet de
droits de propriété intellectuelle ou de droits analogues. L’ISO ne saurait être tenue pour responsable
de ne pas avoir identifié de tels droits de propriété et averti de leur existence. Les détails concernant les
références aux droits de propriété intellectuelle ou autres droits analogues identifiés lors de
l’élaboration du document sont indiqués dans l’Introduction et/ou dans la liste des déclarations de
brevets reçues par l’ISO (voir www.iso.org/brevets).Les appellations commerciales éventuellement mentionnées dans le présent document sont données
pour information, par souci de commodité, à l’intention des utilisateurs et ne sauraient constituer un
engagement.Pour une explication de la nature volontaire des normes, la signification des termes et expressions
spécifiques de l’ISO liés à l’évaluation de la conformité, ou pour toute information au sujet de l’adhésion
de l’ISO aux principes de l’Organisation mondiale du commerce (OMC) concernant les obstacles
techniques au commerce (OTC), voir le lien suivant : www.iso.org/iso/fr/avant-propos.
Le présent document a été élaboré par le comité technique ISO/TC 212, Laboratoires de biologie
médicale et systèmes de diagnostic in vitro, en collaboration avec le comité technique ISO/TC 276,
Biotechnologie.Il convient que l’utilisateur adresse tout retour d’information ou toute question concernant le présent
document à l’organisme national de normalisation de son pays. Une liste exhaustive desdits organismes
se trouve à l’adresse www.iso.org/fr/members.html.© ISO 2022 – Tous droits réservés v
---------------------- Page: 5 ----------------------
ISO/TS 5798:2022(F)
Introduction
Les coronavirus sont des virus à ARN enveloppés qui sont largement répandus dans le règne animal.
Ils ont été identifiés chez les humains, d’autres mammifères, ainsi que les oiseaux. Les coronavirus
doivent leur nom au halo que semblent former les protéines spike, connues pour faciliter l’attachement
viral et la pénétration du virus dans les cellules, à leur surface lorsqu’ils sont observés sous un
microscope électronique. À peu près sphériques, les coronavirus mesurent de 118 nm à 136 nm de
diamètre. Le génome des coronavirus, qui comprend de 26 kb à 32 kb, est le plus gros de tous les virus
à ARN, y compris les virus à ARN qui disposent de génomes segmentés. Jusqu’en 2019, six coronavirus
étaient associés à des maladies humaines :— le coronavirus lié au syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV) ;
— le coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV) ;
— le coronavirus humain 229E (HCoV-229E) ;
— le coronavirus humain OC43 (HCoV-OC43) ;
— le coronavirus humain NL63 (HCoV-NL63) ; et
[1]
— le coronavirus humain HKU1 (HCoV-HKU1) .
En 2019, un groupe de patients présentant une maladie respiratoire s’est révélé, après séquençage,
[2]être infecté par un nouveau coronavirus . Le coronavirus associé à ce cluster a été ensuite baptisé
coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) par l’International Committee on
[3]Taxonomy of Viruses . Le SARS-CoV-2 est le septième coronavirus connu qui infecte les humains.
La maladie provoquée par le SARS-CoV-2 a été désignée comme la maladie infectieuse à coronavirus
[4]2019 (COVID-19) par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) .
La gamme d’hôtes pour le SARS-CoV-2 n’est pas encore totalement définie. Le SARS-CoV-2 est un
bétacoronavirus. Le récepteur du SARS-CoV-2 est une enzyme de conversion de l’angiotensine 2
(ACE2). L’ACE2 est une carboxypeptidase contenant du zinc exposée à la surface des cellules qui est
impliquée dans la régulation de la fonction cardiaque et de la pression sanguine. Elle s’exprime dans les
cellules épithéliales des poumons et de l’intestin grêle, qui sont les principales cibles du SARS-CoV-2,
ainsi que du cœur, des reins et d’autres tissus.Le SARS-CoV-2 se reproduit dans les voies supérieures et inférieures de l’appareil respiratoire et est
transmis par des gouttelettes et des aérosols, mais aussi très probablement par le contact avec d’autres
personnes infectées, qu’elles soient symptomatiques ou non. Le nombre de reproduction de base (R0)
du variant d’origine est compris entre 2 et 3, mais des variants nettement plus contagieux ont fait leur
[5]apparition. La période d’incubation médiane est de 5,7 (2 à 14) jours . Comme pour le SARS et le
MERS, des épisodes de supercontamination ont été rapportés, avec un facteur de dispersion (kappa)
estimé à 0,1. Si la plupart des infections ne présentent pas de complications, entre 5 % à 10 % des
patients sont hospitalisés en raison d’une pneumonie associée à une inflammation sévère.
Cependant, les complications comprennent des insuffisances respiratoires et des défaillances
multi-organiques. Les facteurs de risque contribuant à l’apparition de formes graves augmentent avec
l’âge et comprennent l’hypertension, le diabète, les maladies cardiovasculaires et pulmonaires
chroniques, ainsi que l’immunodéficience.La gestion clinique du COVID-19 et la maîtrise des infections et de la propagation du SARS-CoV-2
nécessitent des diagnostics in vitro efficaces et efficients. Il existe un certain nombre d’essais et de kits
visant à détecter le SARS-CoV-2 et le nombre de méthodes disponibles va continuer d’augmenter. Il est
6 © ISO 2022 – Tous droits réservés---------------------- Page: 6 ----------------------
ISO/TS 5798:2022(F)
essentiel de concevoir, de mettre au point et d’établir des diagnostics du SARS-CoV-2 de qualité fondés
sur des méthodes de détection utilisant l’acide nucléique afin de s’assurer que l’infection de COVID-19
est sous contrôle. L’établissement d’indices pour la réalisation d’une évaluation de la qualité complète
de ces méthodes et de ces kits, que ce soit au cours de leur élaboration qu’en application de routine,
permettra de garantir l’exactitude des résultats d’essai et de soutenir la prévention et la maîtrise de
l’épidémie. Le présent document fournit des exigences et des recommandations à prendre en compte
pour une mise en œuvre de qualité des méthodes d’amplification de l’acide nucléique du SARS-CoV-2.
© ISO 2022 – Tous droits réservés vii---------------------- Page: 7 ----------------------
SPÉCIFICATION TECHNIQUE ISO/TS 5798:2022(F)
Systèmes d’essai pour diagnostic in vitro — Exigences et
recommandations pour la détection du coronavirus 2 du
syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) au moyen de
méthodes d’amplification de l’acide nucléique
1 Domaine d'application
Le présent document fournit des exigences et des recommandations pour la conception,
le développement, la vérification, la validation et la mise en œuvre d’analyses afin de détecter le
coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) au moyen de l’amplification de
l’acide nucléique. Il aborde les étapes du processus préanalytique, de l’analyse et du processus
postanalytique pour des spécimens humains.Le présent document s’applique aux laboratoires de biologie médicale. Il est également destiné aux
concepteurs et fabricants de diagnostics in vitro, ainsi qu’aux institutions et aux organisations
soutenant la recherche et le diagnostic du SARS-CoV-2.Le présent document ne s’applique pas aux échantillons environnementaux.
2 Références normatives
Le présent document ne contient aucune référence normative.
3 Termes et définitions
Pour les besoins du présent document, les termes et définitions suivants s’appliquent.
L’ISO et l’IEC tiennent à jour des bases de données terminologiques destinées à être utilisées en
normalisation, consultables aux adresses suivantes :— ISO Online browsing platform : disponible à l’adresse http://www.iso.org/obp ;
— IEC Electropedia : disponible à l’adresse http://www.electropedia.org/.
3.1
coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère
SARS-CoV-2
virus provoquant la maladie infectieuse à coronavirus 2019 (COVID-19)
© ISO 2022 – Tous droits réservés 8
---------------------- Page: 8 ----------------------
ISO/TS 5798:2022(F)
3.2
spécimen
échantillon primaire
partie discrète d’un fluide corporel, d’une haleine, d’un cheveu ou d’un tissu prélevé à des fins
d’examens, d’étude ou d’analyse d’une ou plusieurs grandeurs ou propriétés pour déterminer le
caractère de l’ensembleNote 1 à l’article La Global Harmonisation Task Force (GHTF) utilise le terme spécimen dans ses guides
Deleted: :harmonisés pour désigner un échantillon d’origine biologique destiné à être analysé par un laboratoire de biologie
médicale.Note 2 à l’article: Dans certains pays, le terme « spécimen » est utilisé au lieu du terme « échantillon primaire »
Deleted: :(ou l’un de ses sous-produits), lequel correspond à l’échantillon préparé pour envoi ou tel qu’il est reçu par le
laboratoire et destiné à être analysé.[6]
[SOURCE : ISO 15189:2012, 3.16 modifié — La Note 2 à l’article a été supprimée et la Note 3 à l’article
a été renumérotée pour former la Note 2 à l’article.]3.3
échantillon
une ou plusieurs parties prélevées à partir d’un échantillon primaire (3.2)
EXEMPLE: Un volume de sérum prélevé à partir d’un volume de sérum plus important.
[6][SOURCE : ISO 15189:2012, 3.24 ]
3.4
transcription inverse
méthode de synthèse de l’ADN complémentaire [ADNc (3.6)] à partir d’une matrice (3.22) d’ARN (3.20),
qui utilise l’activité enzymatique d’une transcriptase inverse couplée à une ou plusieurs amorces
oligonucléotidiques dans des conditions appropriées[7]
[SOURCE : ISO 16577:2016, 3.180 , modifié — « ADN » a été remplacé par « ADN complémentaire
(ADNc) ».]3.5
acide désoxyribonucléique
ADN
polymère de désoxyribonucléotides se présentant sous la forme de double brin (ADNdb) ou de brin
simple (ADNsb)[8]
[SOURCE : ISO 22174:2005, 3.1.2 ]
3.6
ADN complémentaire
ADNc
ADN (3.5) simple brin, complémentaire à de l’ARN (3.20) donné et synthétisé en présence de
transcriptase inverse servant de matrice (3.22) pour l’amplification de l’ADN[9]
[SOURCE : ISO 20395:2019, 3.5 ]
© ISO 2022 – Tous droits réservés 9
---------------------- Page: 9 ----------------------
ISO/TS 5798:2022(F)
3.7
spécificité analytique
capacité d’un système de mesure, utilisant une procédure de mesure spécifiée, à produire des résultats
de mesure, pour un ou plusieurs mesurandes, qui ne dépendent ni les uns des autres ni de toute autre
grandeur dans le système soumis au mesurageNote 1 à l’article: Le manque de spécificité analytique est appelé interférence analytique
Deleted: :(voir l’ISO 18113-1:2009, A.3.2).
[10]
[SOURCE : ISO 18113-1:2009, A.3.4 ]
3.8
limite de détection
valeur mesurée, obtenue par une procédure de mesure donnée, pour laquelle la probabilité de déclarer
faussement l’absence d’un constituant dans un matériau est 0,05, étant donnée une probabilité de 0,05
de déclarer faussement sa présence[11]
[SOURCE : ISO/IEC Guide 99:2007, 4.18 , modifié — « β, étant donnée la probabilité α » a été remplacé
par « 0,05, étant donné une probabilité de 0,05 », et les Notes 1 à 3 à l’article ont été supprimées.]
3.9vérification
fourniture de preuves tangibles qu’une entité donnée satisfait à des exigences spécifiées
[11][SOURCE : ISO/IEC Guide 99:2007, 2.44 , modifié —Les EXEMPLES 1 à 3 et les Notes 1 à 6 à l’article
ont été supprimés.]3.10
validation
confirmation par des preuves objectives que les exigences pour une utilisation spécifique ou une
application prévues ont été satisfaitesNote 1 à l’article: Le terme « validé » est utilisé pour désigner l’état correspondant.
Deleted: :[12]
[SOURCE : ISO 9000:2015, 3.8.13 , modifié — Les Notes 1 à 3 à l’article ont été supprimées et la
Note 2 à l’article a été renommée Note 1 à l’article.]3.11
amplicon
fragment d’ADN (3.5) spécifique produit par une technologie d’amplification de l’ADN, telle que la
réaction de polymérisation en chaîne (PCR) (3.12)[13]
[SOURCE : ISO 13495:2013, 3.3.1 ]
3.12
réaction de polymérisation en chaîne
PCR
méthode enzymatique permettant l’amplification in vitro de l’ADN (3.5) ou de l’ARN (3.20)
[8][SOURCE : ISO 22174:2005, 3.4.1 , modifié — « ou de l’ARN » a été ajouté à la fin de définition et
la mise en forme en italique d’« in vitro » a été supprimée conformément au Guide de style interne
de l’ISO.]10 © ISO 2022 – Tous droits réservés
---------------------- Page: 10 ----------------------
ISO/TS 5798:2022(F)
3.13
matériau de référence
matériau suffisamment homogène et stable en ce qui concerne des propriétés spécifiées, qui a été
préparé pour être adapté à son utilisation prévue pour un mesurage ou pour l’examen de propriétés
qualitatives[11]
[SOURCE : ISO/IEC Guide 99:2007, 5.13 , modifié — Les Notes 1 à 8 à l’article et les EXEMPLES 1 à 5
ont été supprimés.]3.14
pseudovirus
particule virale ou pseudovirale pouvant intégrer l’enveloppe glycoprotéique d’un autre virus pour
former un virus avec l’enveloppe du virus exogène, tandis que le génome conserve les caractéristiques
du rétrovirus3.15
PCR numérique
dPCR
méthode consistant à répartir des matrices (3.22) d’acide nucléique entre plusieurs partitions d’un
volume nominal équivalent, de sorte que certaines partitions contiennent de la matrice et d’autres non,
puis à soumettre les séquences cibles à une amplification par PCR (3.12) pour détecter les produits
spécifiques de la PCR, en dénombrant les partitions avec un signal positif et négatif pour la matrice cible
Note 1 à l’article: Les séquences d’acide nucléique cibles sont présumées être réparties de manière aléatoire et
Deleted: :indépendante entre les partitions au cours du processus de partitionnement.
Note 2 à l’article: Le comptage de partitions positives et négatives s’appuie normalement sur la détection du
Deleted: :point final des produits de la PCR suivie par un cycle thermique, néanmoins il est également possible que certaines
plateformes de dPCR procèdent à une surveillance par qPCR (3.16) en temps réel de l’accumulation de produits
de PCR.[9]
[SOURCE : ISO 20395:2019, 3.10 ]
3.16
PCR quantitative en temps réel
qPCR
technique de réaction enzymatique qui combine l’amplification in vitro de segments d’ADN (3.5) ou
d’ARN (3.20) spécifiques, la détection et la quantification de produits de PCR (3.12) spécifiques pendant
le processus d’amplificationNote 1 à l’article: Tandis que la PCR produit des copies de la séquence d’ADN pertinente, le marqueur
Deleted: :fluorescent émet une fluorescence directement proportionnelle à la quantité d’ADN présente, qui peut, en théorie,
être rétrocalculée pour déduire la quantité initiale de cet ADN spécifique présente dans un échantillon (3.3) avant
la réaction de PCR.[9]
[SOURCE : ISO 20395:2019, 3.25 , modifié — « ARN » a été ajouté.]
© ISO 2022 – Tous droits réservés 11
---------------------- Page: 11 ----------------------
ISO/TS 5798:2022(F)
3.17
cycle de quantification
cycle de PCR quantitative en temps réel (qPCR) (3.16), au cours duquel la fluorescence provoquée par la
réaction atteint un niveau de seuil spécifié auquel le signal peut être distingué des niveaux de bruit
de fondNote 1 à l’article: « Cycle de quantification » est un terme générique qui couvre le cycle seuil (C ), le point de
t Deleted: :franchissement (Cp), le point de décollage et tous les autres termes spécifiques à l’instrument faisant référence au
cycle fractionnel qui est proportionnel à la concentration d’ADN cible dans l’essai par qPCR.
Note 2 à l’article: Le cycle de quantification s’appuie soit sur un seuil appliqué à tous les échantillons (3.3) soit à
Deleted: :une analyse de régression du signal, pour chaque échantillon.
Note 3 à l’article: Le cycle de quantification est une mesure offrant une mauvaise reproductibilité qui ne peut
Deleted: :pas être utilisée pour comparer la performance de différents kits.
Note 4 à l’article: Il arrive que des considérations pratiques en laboratoire conduisent à sélectionner une valeur
Deleted: :seuil pour le nombre de cycles. Cette valeur seuil ne peut pas être choisie de manière à éviter toute influence
néfaste sur la limite de détection (3.8) disponible.Note 5 à l’article: Le C ne s’applique pas aux méthodes de PCR numérique (3.15) et d’amplification isotherme.
q Deleted: :[9]
[SOURCE : ISO 20395:2019, 3.8 , modifié — Les Notes 3 et 5 à l’article ont été ajoutées.]
3.18spécificité clinique
spécificité diagnostique
aptitude d’une procédure d’analyse de diagnostic in vitro à reconnaître l’absence d’un marqueur cible
associé à une maladie particulière ou à un état particulierNote 1 à l’article: Elle est également définie comme le « pourcentage de négativité » dans les échantillo
...
Questions, Comments and Discussion
Ask us and Technical Secretary will try to provide an answer. You can facilitate discussion about the standard in here.