ISO 21286:2019
(Main)Soil quality — Identification of ecotoxicological test species by DNA barcoding
Soil quality — Identification of ecotoxicological test species by DNA barcoding
This document specifies a protocol to identify ecotoxicological test specimens (mainly invertebrates and plants) to the species level, based on the DNA barcoding technique. This protocol can be used by laboratories performing DNA barcoding in order to standardize both the wet-lab and data analysis workflows as much as possible, and make them compliant with community standards and guidelines. This document does not intend to specify one particular strain for each test method, but to accurately document the species/strain which was used. NOTE 1 This does not imply that DNA barcoding is performed in parallel to each test run, but rather regularly (e.g. once a year, such as reference substance testing) and each time a new culture is started or new individuals are added to an ongoing culture. This document does not aim at duplicating or replacing morphological-based species identifications. On the contrary, DNA barcoding is proposed as a complementary identification tool where morphology is inconclusive, or to diagnose cryptic species, in order to ensure that the results obtained from different ecotoxicological laboratories are referring to the same species or strain. This document is applicable to identifications of immature forms which lack morphological diagnostic characters (eggs, larvae, juveniles), as well as the streamline identification of specimens collected in field monitoring studies, where large numbers of organisms from diverse taxa are classified. NOTE 2 In principle, all species regularly used in ecotoxicological testing can be analysed by DNA barcoding. Besides the earthwoms Eisenia fetida and E. andrei, further examples for terrestrial species are Lumbricus terrestris, L. rubellus, Allolobophora chlorotica, Aporrectodea rosea, and A. caliginosa, Dendrodrilus rubidus, Enchytraeus albidus, and E. crypticus (Haplotaxida); Folsomia candida, F. fimetaria, Proisotoma minuta, and Sinella curviseta (Collembola); Hypoaspis aculeifer and Oppia nitens (Acari); Aleochara bilineata and Poecilus cupreus (Coleoptera); Scathophaga stercoraria, Musca autumnalis (Diptera) or Pardosa sp. (Arachnida). Nematodes or snails and even plants can also be added to this list.
Qualité du sol — Identification des espèces par codes-barres ADN dans les essais d'écotoxicologie
Le présent document spécifie un protocole d'identification de spécimens d'essais écotoxicologiques (principalement des invertébrés et des végétaux) au niveau de l'espèce, reposant sur la technique du code-barres ADN. Ce protocole peut être utilisé par les laboratoires effectuant le code-barres ADN afin de normaliser le plus possible les travaux de laboratoire et les flux d'analyse de données, et de les mettre en conformité avec les normes et les lignes directrices communautaires. Le présent document ne prévoit pas de spécifier une souche particulière pour chaque méthode d'essai, mais de documenter avec exactitude l'espèce/la souche qui a été utilisée. NOTE 1 Cela ne veut pas dire que le code-barres ADN est effectué parallèlement à chaque cycle d'essai, mais qu'il est effectué régulièrement (par exemple, une fois par an, notamment pour l'essai mené avec la substance de référence) et à chaque fois qu'une nouvelle culture est démarrée ou que de nouveaux individus sont ajoutés à une culture existante. Le présent document ne vise pas à reproduire ou remplacer les identifications d'espèces reposant sur des caractéristiques morphologiques. En revanche, le code-barres ADN est proposé comme outil d'identification complémentaire lorsque l'identification morphologique est incertaine, ou pour diagnostiquer les espèces cryptiques, afin d'assurer que les résultats obtenus auprès de différents laboratoires d'écotoxicologie font référence à la même espèce ou souche. Le présent document est applicable à l'identification de formes immatures n'ayant pas de caractéristiques morphologiques de diagnostic (œufs, larves, juvéniles) ainsi qu'à l'identification rationalisée des spécimens prélevés lors d'études de surveillance sur le terrain, où un grand nombre d'organismes de taxons divers sont classés. NOTE 2 En principe, toutes les espèces régulièrement utilisées lors des essais écotoxicologiques peuvent être analysées par code-barres ADN. Outre les vers de terre Eisenia fetida et E. andrei, d'autres exemples d'espèces terrestres sont Lumbricus terrestris, L. rubellus, Allolobophora chlorotica, Aporrectodea rosea, A. caliginosa, Dendrodrilus rubidus, Enchytraeus albidus et E. crypticus (Haplotaxida) ; Folsomia candida, F. fimetaria, Proisotoma minuta et Sinella curviseta (Collembola) ; Hypoaspis aculeifer et Oppia nitens (Acari) ; Aleochara bilineata et Poecilus cupreus (Coleoptera) ; Scathophaga stercoraria, Musca autumnalis (Diptera) ou Pardosa sp. (Arachnida). De plus, les nématodes ou les escargots et même les plantes peuvent être ajoutés à cette liste non exhaustive.
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INTERNATIONAL ISO
STANDARD 21286
First edition
2019-03
Soil quality — Identification of
ecotoxicological test species by DNA
barcoding
Qualité du sol — Identification des espèces par code-bare ADN dans
les essais d'écotoxicologie
Reference number
ISO 21286:2019(E)
©
ISO 2019
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COPYRIGHT PROTECTED DOCUMENT
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All rights reserved. Unless otherwise specified, or required in the context of its implementation, no part of this publication may
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on the internet or an intranet, without prior written permission. Permission can be requested from either ISO at the address
below or ISO’s member body in the country of the requester.
ISO copyright office
CP 401 • Ch. de Blandonnet 8
CH-1214 Vernier, Geneva
Phone: +41 22 749 01 11
Fax: +41 22 749 09 47
Email: copyright@iso.org
Website: www.iso.org
Published in Switzerland
ii © ISO 2019 – All rights reserved
---------------------- Page: 2 ----------------------
ISO 21286:2019(E)
Contents Page
Foreword .iv
Introduction .v
1 Scope . 1
2 Normative references . 1
3 Terms and definitions . 1
4 Principle . 2
5 Reagents and material . 3
5.1 Biological material . 3
5.2 Enzyme . 3
5.3 Oligonucleotide PCR primers . 3
5.4 Reagents. 3
6 Apparatus . 4
7 General requirements . 5
7.1 Experimental precaution and contamination avoidance . 5
7.2 Safety precautions . 5
7.2.1 Chemical hazards. 5
7.2.2 Physical hazards . 6
8 Procedure. 6
8.1 DNA isolation .
...
INTERNATIONAL ISO
STANDARD 21286
First edition
2019-03
Soil quality — Identification of
ecotoxicological test species by DNA
barcoding
Qualité du sol — Identification des espèces par code-bare ADN dans
les essais d'écotoxicologie
Reference number
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Foreword .iv
Introduction .v
1 Scope . 1
2 Normative references . 1
3 Terms and definitions . 1
4 Principle . 2
5 Reagents and material . 3
5.1 Biological material . 3
5.2 Enzyme . 3
5.3 Oligonucleotide PCR primers . 3
5.4 Reagents. 3
6 Apparatus . 4
7 General requirements . 5
7.1 Experimental precaution and contamination avoidance . 5
7.2 Safety precautions . 5
7.2.1 Chemical hazards. 5
7.2.2 Physical hazards . 6
8 Procedure. 6
8.1 DNA isolation .
...
NORME ISO
INTERNATIONALE 21286
Première édition
2019-03
Version corrigée
2019-12
Qualité du sol — Identification des
espèces par codes-barres ADN dans
les essais d'écotoxicologie
Soil quality — Identification of ecotoxicological test species by DNA
barcoding
Numéro de référence
ISO 21286:2019(F)
©
ISO 2019
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DOCUMENT PROTÉGÉ PAR COPYRIGHT
© ISO 2019
Tous droits réservés. Sauf prescription différente ou nécessité dans le contexte de sa mise en œuvre, aucune partie de cette
publication ne peut être reproduite ni utilisée sous quelque forme que ce soit et par aucun procédé, électronique ou mécanique,
y compris la photocopie, ou la diffusion sur l’internet ou sur un intranet, sans autorisation écrite préalable. Une autorisation peut
être demandée à l’ISO à l’adresse ci-après ou au comité membre de l’ISO dans le pays du demandeur.
ISO copyright office
Case postale 401 • Ch. de Blandonnet 8
CH-1214 Vernier, Genève
Tél.: +41 22 749 01 11
Fax: +41 22 749 09 47
E-mail: copyright@iso.org
Web: www.iso.org
Publié en Suisse
ii © ISO 2019 – Tous droits réservés
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ISO 21286:2019(F)
Sommaire Page
Avant-propos .iv
Introduction .v
1 Domaine d'application . 1
2 Références normatives . 1
3 Termes et définitions . 1
4 Principe . 2
5 Réactifs et matériel . 3
5.1 Matériel biologique . 3
5.2 Enzyme . 3
5.3 Amorces oligonucléotidiques de PCR . 4
5.4 Réactifs . 4
6 Appareillage . 5
7 Exigences générales . 5
7.1 Précautions expérimentales et prévention de la contamination . 5
7.2 Précautions de sécurité . 6
7.2.1 Dangers chimiques . . 6
7.2.2 Dangers physiques . 6
8 Mode opératoire. 6
8.1 Isolement de l’ADN .
...
NORME ISO
INTERNATIONALE 21286
Première édition
2019-03
Version corrigée
2019-12
Qualité du sol — Identification des
espèces par codes-barres ADN dans
les essais d'écotoxicologie
Soil quality — Identification of ecotoxicological test species by DNA
barcoding
Numéro de référence
ISO 21286:2019(F)
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Sommaire Page
Avant-propos .iv
Introduction .v
1 Domaine d'application . 1
2 Références normatives . 1
3 Termes et définitions . 1
4 Principe . 2
5 Réactifs et matériel . 3
5.1 Matériel biologique . 3
5.2 Enzyme . 3
5.3 Amorces oligonucléotidiques de PCR . 4
5.4 Réactifs . 4
6 Appareillage . 5
7 Exigences générales . 5
7.1 Précautions expérimentales et prévention de la contamination . 5
7.2 Précautions de sécurité . 6
7.2.1 Dangers chimiques . . 6
7.2.2 Dangers physiques . 6
8 Mode opératoire. 6
8.1 Isolement de l’ADN .
...
Questions, Comments and Discussion
Ask us and Technical Secretary will try to provide an answer. You can facilitate discussion about the standard in here.